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comparison test-data/test_1/amrfinderplus_nucleotide_output.fasta @ 6:3e93d920163b draft

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planemo upload commit 3773c71b3fac75f58b5af497e19d54dca0d81dfd
author estrain
date Thu, 12 Mar 2026 20:38:44 +0000
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children
comparison
equal deleted inserted replaced
5:8c275a8fae9b 6:3e93d920163b
1 >contig_26:6581-8545 strand:+ optrA ABC-F type ribosomal protection protein OptrA
2 TTGTCCAAAGCCACCTTTGCAATTGCTAGTACTAACGCAAAGGAGGATATGAAAATGCAA
3 TACAAAATAATTAATGGTGCCGTTTACTATGATGGTAATATGGTGTTGGAAAACATCGGT
4 ATTGAAATCAATGATAATGAAAAGATTGCTATTGTTGGTAGAAATGGATGTGGAAAAACA
5 ACCTTGCTAAAAGCTATTATAGGCGAAATTGAATTAGAAGAAGGAACTGGTGAAAGTGAG
6 TTTCAAGTAATAAAGACCGGTAACCCTTATATTAGCTATTTAAGACAGATGCCTTTTGAA
7 GATGAAAGTATATCAATGGTGGATGAAGTCCGTACGGTATTTAAGACGCTTATTGATATG
8 GAAAACAAGATGAAACAGCTGATAGATAAAATGGAGAATCAATATGATGATAAAATCATC
9 AATGAATACTCTGATATCAGTGAAAGGTATATGGCTCTTGGAGGTCTAACCTACCAAAAA
10 GAATATGAAACGATGATTCGTAGTATGGGTTTTACTGAAGCAGATTATAAAAAACCCATT
11 TCTGAATTTTCAGGTGGTCAGCGAACTAAGATAGCTTTTATAAAAATACTTTTAACAAAG
12 CCAGACATTCTATTACTTGATGAACCTACTAACCACCTTGATATAGAAACAATACAATGG
13 TTGGAGAGTTATTTGAGAAGTTATAAATCTACATTGGTTATTATTTCCCATGATAGAATG
14 TTTCTTAATCGAATTGTGGATAAGGTTTATGAAATCGAATGGGGAGAGACCAAATGTTAT
15 AAAGGTAATTATTCAGCCTTTGAGGAGCAAAAACGAGAAAATCATATCAAACAGCAAAAA
16 GATTACGACTTGCAACAGATAGAAATTGAAAGGATTACACGCTTGATTGAACGTTTTCGT
17 TATAAACCTACGAAAGCTAAAATGGTGCAATCTAAAATTAAATTATTACAGCGTATGCAA
18 ATATTAAATGCACCAGACCAATACGATACAAAAACTTATATGTCTAAATTTCAACCGAGA
19 ATCAGTAGTTCAAGGCAAGTATTAAGTGCTTCAGAACTTGTGATAGGCTATGATACTCCT
20 CTTGCAAAGGTTAATTTCAACCTTGAAAGGGGACAGAAGCTTGGAATTGTTGGGAGTAAT
21 GGTATTGGTAAATCCACGTTGCTTAAAACACTTATGGGTGGTGTGGCAGCATTGTCTGGA
22 GATTTTAAATTCGGATACAATGTTGAAATTAGCTATTTTGACCAACAGCTTGCTCAAATC
23 AGTGGAGATGATACACTATTCGAAATTTTTCAAAGCGAATACCCTGAGCTAAATGACACA
24 GAGGTCAGAACTGCTCTTGGCTCATTTCAGTTTAGTGGAGATGATGTTTTTAGACCGGTG
25 TCCTCTTTGTCAGGTGGAGAAAAGGTTAGATTGACATTATGTAAATTATTATATAAACGT
26 ACTAATGTTTTAATCTTAGATGAACCGACAAACCACATGGATATTATTGGAAAAGAGAAT
27 TTAGAGAATATCTTATGCAGTTATCAAGGTACAATTATTTTTGTGTCACATGATAGATAT
28 TTTACTAATAAGATTGCTGACAGATTACTTGTTTTTGATAAGGATGGTGTAGAGTTTGTA
29 CAATCTACTTATGGTGAGTACGAGAAAAAAAGGATGAATTCTGAAAAGCCATTTAATAAC
30 ATTAAAGTTGAGCAGAAAGTAGAGAAAAATAACACAGTAAAAGGCGATCGTAACTCCATT
31 GAGAAGGAGAAGGTTAAGAAGGAGAAACGAATTGAAAAGCTTGAAGTGTTAATAAATCAA
32 TATGATGAAGAATTAGAAAGATTGAATAAAATCATTTCTGAACCAAACAATTCTTCTGAT
33 TATATAGTACTGACGGAAATACAAAAATCAATTGATGATGTTAAAAGGTGTCAGGGTAAT
34 TATTTTAATGAATGGGAACAGTTGATGAGAGAATTGGAAGTTATG
35 >contig_46:2438-3229 strand:- aph(3')-IIIa aminoglycoside O-phosphotransferase APH(3')-IIIa
36 ATGGCTAAAATGAGAATATCACCGGAATTGAAAAAACTGATCGAAAAATACCGCTGCGTA
37 AAAGATACGGAAGGAATGTCTCCTGCTAAGGTATATAAGCTGGTGGGAGAAAATGAAAAC
38 CTATATTTAAAAATGACGGACAGCCGGTATAAAGGGACCACCTATGATGTGGAACGGGAA
39 AAGGACATGATGCTATGGCTGGAAGGAAAGCTGCCTGTTCCAAAGGTCCTGCACTTTGAA
40 CGGCATGATGGCTGGAGCAATCTGCTCATGAGTGAGGCCGATGGCGTCCTTTGCTCGGAA
41 GAGTATGAAGATGAACAAAGCCCTGAAAAGATTATCGAGCTGTATGCGGAGTGCATCAGG
42 CTCTTTCACTCCATCGACATATCGGATTGTCCCTATACGAATAGCTTAGACAGCCGCTTA
43 GCCGAATTGGATTACTTACTGAATAACGATCTGGCCGATGTGGATTGCGAAAACTGGGAA
44 GAAGACACTCCATTTAAAGATCCGCGCGAGCTGTATGATTTTTTAAAGACGGAAAAGCCC
45 GAAGAGGAACTTGTCTTTTCCCACGGCGACCTGGGAGACAGCAACATCTTTGTGAAAGAT
46 GGCAAAGTAAGTGGCTTTATTGATCTTGGGAGAAGCGGCAGGGCGGACAAGTGGTATGAC
47 ATTGCCTTCTGCGTCCGGTCGATCAGGGAGGATATCGGGGAAGAACAGTATGTCGAGCTA
48 TTTTTTGACTTACTGGGGATCAAGCCTGATTGGGAGAAAATAAAATATTATATTTTACTG
49 GATGAATTGTTT
50 >contig_46:3325-3864 strand:- sat4 streptothricin N-acetyltransferase Sat4
51 GTGATTACAGAAATGAAAGCAGGGCACCTGAAAGATATCGATAAACCCAGCGAACCATTT
52 GAGGTGATAGGTAAGATTATACCGAGGTATGAAAACGAGAATTGGACCTTTACAGAATTA
53 CTCTATGAAGCGCCATATTTAAAAAGCTACCAAGACGAAGAGGATGAAGAGGATGAGGAG
54 GCAGATTGCCTTGAATATATTGACAATACTGATAAGATAATATATCTTTACTACCAAGAC
55 GATAAATGCGTCGGAAAAGTTAAACTGCGAAAAAATTGGAACCGGTACGCTTATATAGAA
56 GATATCGCCGTATGTAAGGATTTCAGGGGGCAAGGCATAGGCAGCGCGCTTATCAATATA
57 TCTATAGAATGGGCAAAGCATAAAAACTTGCATGGACTAATGCTTGAAACCCAGGACAAT
58 AACCTTATAGCTTGTAAATTCTATCATAATTGTGGTTTCAAAATCGGCTCCGTCGATACT
59 ATGTTATACGCCAACTTTGAAAACAACTTTGAAAAAGCTGTTTTCTGGTATTTAAGGTTT
60 >contig_47:3996-5912 strand:- tet(M) tetracycline resistance ribosomal protection protein Tet(M)
61 ATGAAAATTATTAATATTGGAGTTTTAGCTCATGTTGATGCGGGAAAAACTACCTTAACA
62 GAAAGCTTATTATATAACAGTGGAGCGATTACAGAATTAGGAAGCGTGGACAAAGGTACA
63 ACGAGGACGGATAATACGCTTTTAGAACGTCAGAGAGGAATTACAATTCAGACAGGAATA
64 ACCTCTTTTCAGTGGGAAAATACGAAGGTGAACATCATAGACACGCCAGGACATATGGAT
65 TTCTTAGCAGAAGTATATCGTTCATTATCAGTTTTAGATGGGGCAATTCTACTGATTTCT
66 GCAAAAGATGGCGTACAAGCACAAACTCGTATATTATTTCATGCACTTAGGAAAATGGGG
67 ATTCCCACAATCTTTTTTATCAATAAGATTGACCAAAATGGAATTGATTTATCAACGGTT
68 TATCAGGATATTAAAGAGAAACTTTCTGCCGAAATTGTAATCAAACAGAAGGTAGAACTG
69 TATCCTAATATGTGTGTGACGAACTTTACCGAATCTGAACAATGGGATACGGTAATAGAG
70 GGAAACGATGACCTTTTAGAGAAATATATGTCCGGTAAATCATTAGAAGCATTGGAACTC
71 GAACAAGAGGAAAGCATAAGATTTCAGAATTGTTCCCTGTTCCCTGTTTATCACGGAAGT
72 GCAAAAAACAATATAGGGATTGATAACCTTATAGAAGTGATTACGAATAAATTTTATTCA
73 TCAACACATCGAGGTCAGTCTGAACTTTGCGGAAATGTTTTCAAAATTGAATATACAAAA
74 AAAAGACAACGTCTTGCATATATACGTCTTTATAGTGGCGTACTGCATTTGCGAGATTCG
75 GTTAGAATATCGGAAAAGGAAAAAATAAAAATTACAGAAATGTATACTTCAATAAATGGT
76 GAATTATGTAAAATCGATAAGGCTTATTCCGGGGAAATTGTTATTTTGCAGAATGAGTTT
77 TTGAAGTTAAATAGTGTTCTTGGAGATACAAAGCTATTGCCACAGAGAGAGAGAATTGAA
78 AATCCCCTCCCTCTGCTGCAAACGACTGTTGAACCGAGCAAACCTCAACAAAGGGAAATG
79 TTGCTTGATGCCCTTTTGGAAATCTCAGATAGTGATCCGCTTCTACGATATTACGTGGAT
80 TCTACGACACATGAAATTATACTTTCTTTCTTAGGGAAAGTACAAATGGAAGTGATTAGT
81 GCACTGTTGCAAGAAAAGTATCATGTGGAGATAGAACTAAAAGAGCCTACAGTCATTTAT
82 ATGGAGAGACCGTTAAAAAATGCAGAATATACCATTCACATCGAAGTGCCGCCAAATCCT
83 TTCTGGGCTTCCATTGGTTTATCTGTATCACCGCTTCCATTAGGGAGCGGAGTGCAGTAT
84 GAGAGCTCGGTTTCTCTTGGATACTTAAATCAATCGTTTCAAAATGCAGTTATGGAGGGG
85 ATACGCTATGGCTGTGAACAAGGATTGTATGGTTGGAATGTGACGGACTGTAAAATCTGT
86 TTTAAGTATGGCTTATACTATAGCCCTGTTAGTACCCCAGCAGATTTTCGGATGCTTGCT
87 CCTATTGTATTGGAACAAGTCTTAAAAAAAGCTGGAACAGAATTGTTAGAGCCATATCTT
88 AGTTTTAAAATTTATGCGCCACAGGAATATCTTTCACGAGCATACAACGATGCTCCTAAA
89 TATTGTGCGAACATCGTAGACACTCAATTGAAAAATAATGAGGTCATTCTTAGTGGAGAA
90 ATCCCTGCTCGGTGTATTCAAGAATATCGTAGTGATTTAACTTTCTTTACAAATGGACGT
91 AGTGTTTGTTTAACAGAGTTAAAAGGGTACCATGTTACTACCGGTGAACCTGTTTGCCAG
92 CCCCGTCGTCCAAATAGTCGGATAGATAAAGTACGATATATGTTCAATAAAATAACT
93 >contig_48:202-936 strand:- erm(B) 23S rRNA (adenine(2058)-N(6))-methyltransferase Erm(B)
94 ATGAACAAAAATATAAAATATTCTCAAAACTTTTTAACGAGTGAAAAAGTACTCAACCAA
95 ATAATAAAACAATTGAATTTAAAAGAAACCGATACCGTTTACGAAATTGGAACAGGTAAA
96 GGGCATTTAACGACGAAACTGGCTAAAATAAGTAAACAGGTAACGTCTATTGAATTAGAC
97 AGTCATCTATTCAACTTATCGTCAGAAAAATTAAAACTGAATACTCGTGTCACTTTAATT
98 CACCAAGATATTCTACAGTTTCAATTCCCTAACAAACAGAGGTATAAAATTGTTGGGAGT
99 ATTCCTTACCATTTAAGCACACAAATTATTAAAAAAGTGGTTTTTGAAAGCCATGCGTCT
100 GACATCTATCTGATTGTTGAAGAAGGATTCTACAAGCGTACCTTGGATATTCACCGAACA
101 CTAGGGTTGCTCTTGCACACTCAAGTCTCGATTCAGCAATTGCTTAAGCTGCCAGCGGAA
102 TGCTTTCATCCTAAACCAAAAGTAAACAGTGTCTTAATAAAACTTACCCGCCATACCACA
103 GATGTTCCAGATAAATATTGGAAGCTATATACGTACTTTGTTTCAAAATGGGTCAATCGA
104 GAATATCGTCAACTGTTTACTAAAAATCAGTTTCATCAAGCAATGAAACACGCCAAAGTA
105 AACAATTTAAGTACCGTTACTTATGAGCAAGTATTGTCTATTTTTAATAGTTATCTATTA
106 TTTAACGGGAGGAAA
107 >contig_48:4344-4988 strand:+ catA type A-7 chloramphenicol O-acetyltransferase
108 ATGACTTTTAATATTATTGAATTAGAAAATTGGGATAGAAAAGAATATTTTGAACACTAT
109 TTTAATCAGCAAACTACTTATAGCATTACTAAAGAAATTGATATTACTTTGTTTAAAGAT
110 ATGATAAAAAAGAAAGGATATGAAATTTATCCCTCTTTAATTTATGCAATTATGGAAGTT
111 GTAAATAAAAATAAAGTGTTTAGAACAGGAATTAATAGTGAGAATAAATTAGGTTATTGG
112 GATAAGTTAAATCCTTTGTATACAGTTTTTAATAAGCAAACTGAAAAATTTACTAACATT
113 TGGACTGAATCTGATAAAAACTTCATTTCTTTTTATAATAATTATAAAAATGACTTGCTT
114 GAATATAAAGATAAAGAAGAAATGTTTCCTAAAAAACCGATACCTGAAAACACCATACCG
115 ATTTCAATGATTCCTTGGATTGATTTTAGTTCATTTAATTTAAATATTGGTAACAATAGC
116 AGCTTTTTATTGCCTATTATTACGATAGGTAAATTTTATAGTGAGAATAATAAAATTTAT
117 ATACCAGTTGCTCTGCAACTTCATCATTCTGTATGTGATGGTTACCATGCTTCACTATTT
118 ATGAATGAATTTCAAGATATAATTCATAGGGTAGATGATTGGATT
119 >contig_50:282-1655 strand:+ tet(L) tetracycline efflux MFS transporter Tet(L)
120 GTGAATACATCCTATTCACAATCGAATTTACGACACAACCAAATTTTAATTTGGCTTTGC
121 ATTTTATCTTTTTTTAGCGTATTAAATGAAATGGTTTTGAACGTCTCATTACCTGATATT
122 GCAAATGATTTTAATAAACCACCTGCGAGTACAAACTGGGTGAACACAGCCTTTATGTTA
123 ACCTTTTCCATTGGAACAGCTGTATATGGAAAGCTATCTGATCAATTAGGCATCAAAAGG
124 TTACTCCTATTTGGAATTATAATAAATTGTTTCGGGTCGGTAATTGGGTTTGTTGGCCAT
125 TCTTTCTTTTCCTTACTTATTATGGCTCGTTTTATTCAAGGGGCTGGTGCAGCTGCATTT
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127 TTTGGTCTTATTGGATCGATAGTAGCCATGGGAGAAGGAGTCGGTCCAGCGATTGGTGGA
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129 ACTGTTCCGTTTCTTATGAAATTATTAAAGAAAGAAGTAAGGATAAAAGGTCATTTTGAT
130 ATCAAAGGAATTATACTAATGTCTGTAGGCATTGTATTTTTTATGTTGTTTACAACATCA
131 TATAGCATTTCTTTTCTTATCGTTAGCGTGCTGTCATTCCTGATATTTGTAAAACATATC
132 AGGAAAGTAACAGATCCTTTTGTTGATCCCGGATTAGGGAAAAATATACCTTTTATGATT
133 GGAGTTCTTTGTGGGGGAATTATATTTGGAACAGTAGCAGGGTTTGTCTCTATGGTTCCT
134 TATATGATGAAAGATGTTCACCAGCTAAGTACTGCCGAAATCGGAAGTGTAATTATTTTC
135 CCTGGAACAATGAGTGTCATTATTTTCGGCTACATTGGTGGGATACTTGTTGATAGAAGA
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137 TCCTTTCTTTTAGAAACAACATCATGGTTCATGACAATTATAATCGTATTTGTTTTAGGT
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