Mercurial > repos > jasmine_amir > snrqk

comparison SNRQK.py @ 14:98f4e5f40400

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"planemo upload commit 8f1a1af449e1b5106f7dc7acd9c9393be253695b-dirty"
author jasmine_amir
date Wed, 04 May 2022 15:31:01 -0400
parents 5960f43113c6
children daaf2e30907c
comparison
equal deleted inserted replaced
13:ab44e5f79fa4 14:98f4e5f40400
1 #!/usr/bin/env python3 1 #!/usr/bin/python
2 # coding: utf-8 2 # coding: utf-8
3 ########################################################### 3 ###########################################################
4 ########################################################### 4 ###########################################################
5 ## Jasmine Amirzadegan 5 ## Jasmine Amirzadegan
6 ## 2022 APRIL 14 6 ## 2022 APRIL 14
7 ########################################################### 7 ###########################################################
8 ## SNRQC.py: 8 ## SNRQC.py:
9 ## compute QC metrics specific to SSQuAWK v4 + workflows 9 ## compute QC metrics specific to SSQuAWK v4 + workflows
10 ## usage: python SNRQC.py intermediateSSQuAWKfile.txt 10 ## usage: python SNRQC.py intermediateSSQuAWKfile.txt
11 ## python 3.7 11 ## python 3.9
12 ########################################################### 12 ###########################################################
13 import pandas as pd 13 import pandas as pd
14 import sys 14 import sys
15 15
16 fn = sys.argv[1] 16 fn = sys.argv[1]