Mercurial > repos > jasmine_amir > snrqk

comparison SNRQK.py @ 15:daaf2e30907c

Find changesets by keywords (author, files, the commit message), revision number or hash, or revset expression.
"planemo upload commit 8f1a1af449e1b5106f7dc7acd9c9393be253695b"
author jasmine_amir
date Wed, 04 May 2022 15:34:13 -0400
parents 98f4e5f40400
children
comparison
equal deleted inserted replaced
14:98f4e5f40400 15:daaf2e30907c
1 #!/usr/bin/python 1 #!/usr/bin/env python3
2 # coding: utf-8 2 # coding: utf-8
3 ########################################################### 3 ###########################################################
4 ########################################################### 4 ###########################################################
5 ## Jasmine Amirzadegan 5 ## Jasmine Amirzadegan
6 ## 2022 APRIL 14 6 ## 2022 APRIL 14
7 ########################################################### 7 ###########################################################
8 ## SNRQC.py: 8 ## SNRQC.py:
9 ## compute QC metrics specific to SSQuAWK v4 + workflows 9 ## compute QC metrics specific to SSQuAWK v4 + workflows
10 ## usage: python SNRQC.py intermediateSSQuAWKfile.txt 10 ## usage: python SNRQC.py intermediateSSQuAWKfile.txt
11 ## python 3.9 11 ## python 3.7
12 ########################################################### 12 ###########################################################
13 import pandas as pd 13 import pandas as pd
14 import sys 14 import sys
15 15
16 fn = sys.argv[1] 16 fn = sys.argv[1]