jasmine_amir@1: jasmine_amir@0: format from NCBI SRA jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: macros.xml jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: sam-dump --version | tr -d $'\n' jasmine_amir@0: /dev/null > "\$acc.bam" jasmine_amir@0: #elif str( $outputformat ) == "sam": jasmine_amir@0: > "\$acc.sam" jasmine_amir@0: #end if jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: #if $input.input_select != "sra_file": jasmine_amir@0: ); done; jasmine_amir@0: #end if jasmine_amir@0: echo "Done with all accessions." jasmine_amir@0: ]]> jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0:
jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0:
jasmine_amir@0:
jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: jasmine_amir@0: