Mercurial > repos > jpayne > seqsero_v2

--- a/LICENSE	Tue Nov 06 09:45:57 2018 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,339 +0,0 @@
-GNU GENERAL PUBLIC LICENSE
-                       Version 2, June 1991
-
- Copyright (C) 1989, 1991 Free Software Foundation, Inc., <http://fsf.org/>
- 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA
- Everyone is permitted to copy and distribute verbatim copies
- of this license document, but changing it is not allowed.
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-                            Preamble
-
-  The licenses for most software are designed to take away your
-freedom to share and change it.  By contrast, the GNU General Public
-License is intended to guarantee your freedom to share and change free
-software--to make sure the software is free for all its users.  This
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-using it.  (Some other Free Software Foundation software is covered by
-the GNU Lesser General Public License instead.)  You can apply it to
-your programs, too.
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-  When we speak of free software, we are referring to freedom, not
-price.  Our General Public Licenses are designed to make sure that you
-have the freedom to distribute copies of free software (and charge for
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-in new free programs; and that you know you can do these things.
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-  To protect your rights, we need to make restrictions that forbid
-anyone to deny you these rights or to ask you to surrender the rights.
-These restrictions translate to certain responsibilities for you if you
-distribute copies of the software, or if you modify it.
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-  For example, if you distribute copies of such a program, whether
-gratis or for a fee, you must give the recipients all the rights that
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-source code.  And you must show them these terms so they know their
-rights.
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-  We protect your rights with two steps: (1) copyright the software, and
-(2) offer you this license which gives you legal permission to copy,
-distribute and/or modify the software.
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-program will individually obtain patent licenses, in effect making the
-program proprietary.  To prevent this, we have made it clear that any
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-  The precise terms and conditions for copying, distribution and
-modification follow.
-
-                    GNU GENERAL PUBLIC LICENSE
-   TERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
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-  0. This License applies to any program or other work which contains
-a notice placed by the copyright holder saying it may be distributed
-under the terms of this General Public License.  The "Program", below,
-refers to any such program or work, and a "work based on the Program"
-means either the Program or any derivative work under copyright law:
-that is to say, a work containing the Program or a portion of it,
-either verbatim or with modifications and/or translated into another
-language.  (Hereinafter, translation is included without limitation in
-the term "modification".)  Each licensee is addressed as "you".
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-Activities other than copying, distribution and modification are not
-covered by this License; they are outside its scope.  The act of
-running the Program is not restricted, and the output from the Program
-is covered only if its contents constitute a work based on the
-Program (independent of having been made by running the Program).
-Whether that is true depends on what the Program does.
-
-  1. You may copy and distribute verbatim copies of the Program's
-source code as you receive it, in any medium, provided that you
-conspicuously and appropriately publish on each copy an appropriate
-copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact all the
-notices that refer to this License and to the absence of any warranty;
-and give any other recipients of the Program a copy of this License
-along with the Program.
-
-You may charge a fee for the physical act of transferring a copy, and
-you may at your option offer warranty protection in exchange for a fee.
-
-  2. You may modify your copy or copies of the Program or any portion
-of it, thus forming a work based on the Program, and copy and
-distribute such modifications or work under the terms of Section 1
-above, provided that you also meet all of these conditions:
-
-    a) You must cause the modified files to carry prominent notices
-    stating that you changed the files and the date of any change.
-
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-    whole or in part contains or is derived from the Program or any
-    part thereof, to be licensed as a whole at no charge to all third
-    parties under the terms of this License.
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-    c) If the modified program normally reads commands interactively
-    when run, you must cause it, when started running for such
-    interactive use in the most ordinary way, to print or display an
-    announcement including an appropriate copyright notice and a
-    notice that there is no warranty (or else, saying that you provide
-    a warranty) and that users may redistribute the program under
-    these conditions, and telling the user how to view a copy of this
-    License.  (Exception: if the Program itself is interactive but
-    does not normally print such an announcement, your work based on
-    the Program is not required to print an announcement.)
-
-These requirements apply to the modified work as a whole.  If
-identifiable sections of that work are not derived from the Program,
-and can be reasonably considered independent and separate works in
-themselves, then this License, and its terms, do not apply to those
-sections when you distribute them as separate works.  But when you
-distribute the same sections as part of a whole which is a work based
-on the Program, the distribution of the whole must be on the terms of
-this License, whose permissions for other licensees extend to the
-entire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote it.
-
-Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest
-your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to
-exercise the right to control the distribution of derivative or
-collective works based on the Program.
-
-In addition, mere aggregation of another work not based on the Program
-with the Program (or with a work based on the Program) on a volume of
-a storage or distribution medium does not bring the other work under
-the scope of this License.
-
-  3. You may copy and distribute the Program (or a work based on it,
-under Section 2) in object code or executable form under the terms of
-Sections 1 and 2 above provided that you also do one of the following:
-
-    a) Accompany it with the complete corresponding machine-readable
-    source code, which must be distributed under the terms of Sections
-    1 and 2 above on a medium customarily used for software interchange; or,
-
-    b) Accompany it with a written offer, valid for at least three
-    years, to give any third party, for a charge no more than your
-    cost of physically performing source distribution, a complete
-    machine-readable copy of the corresponding source code, to be
-    distributed under the terms of Sections 1 and 2 above on a medium
-    customarily used for software interchange; or,
-
-    c) Accompany it with the information you received as to the offer
-    to distribute corresponding source code.  (This alternative is
-    allowed only for noncommercial distribution and only if you
-    received the program in object code or executable form with such
-    an offer, in accord with Subsection b above.)
-
-The source code for a work means the preferred form of the work for
-making modifications to it.  For an executable work, complete source
-code means all the source code for all modules it contains, plus any
-associated interface definition files, plus the scripts used to
-control compilation and installation of the executable.  However, as a
-special exception, the source code distributed need not include
-anything that is normally distributed (in either source or binary
-form) with the major components (compiler, kernel, and so on) of the
-operating system on which the executable runs, unless that component
-itself accompanies the executable.
-
-If distribution of executable or object code is made by offering
-access to copy from a designated place, then offering equivalent
-access to copy the source code from the same place counts as
-distribution of the source code, even though third parties are not
-compelled to copy the source along with the object code.
-
-  4. You may not copy, modify, sublicense, or distribute the Program
-except as expressly provided under this License.  Any attempt
-otherwise to copy, modify, sublicense or distribute the Program is
-void, and will automatically terminate your rights under this License.
-However, parties who have received copies, or rights, from you under
-this License will not have their licenses terminated so long as such
-parties remain in full compliance.
-
-  5. You are not required to accept this License, since you have not
-signed it.  However, nothing else grants you permission to modify or
-distribute the Program or its derivative works.  These actions are
-prohibited by law if you do not accept this License.  Therefore, by
-modifying or distributing the Program (or any work based on the
-Program), you indicate your acceptance of this License to do so, and
-all its terms and conditions for copying, distributing or modifying
-the Program or works based on it.
-
-  6. Each time you redistribute the Program (or any work based on the
-Program), the recipient automatically receives a license from the
-original licensor to copy, distribute or modify the Program subject to
-these terms and conditions.  You may not impose any further
-restrictions on the recipients' exercise of the rights granted herein.
-You are not responsible for enforcing compliance by third parties to
-this License.
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-  7. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent
-infringement or for any other reason (not limited to patent issues),
-conditions are imposed on you (whether by court order, agreement or
-otherwise) that contradict the conditions of this License, they do not
-excuse you from the conditions of this License.  If you cannot
-distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under this
-License and any other pertinent obligations, then as a consequence you
-may not distribute the Program at all.  For example, if a patent
-license would not permit royalty-free redistribution of the Program by
-all those who receive copies directly or indirectly through you, then
-the only way you could satisfy both it and this License would be to
-refrain entirely from distribution of the Program.
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-If any portion of this section is held invalid or unenforceable under
-any particular circumstance, the balance of the section is intended to
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-It is not the purpose of this section to induce you to infringe any
-patents or other property right claims or to contest validity of any
-such claims; this section has the sole purpose of protecting the
-integrity of the free software distribution system, which is
-implemented by public license practices.  Many people have made
-generous contributions to the wide range of software distributed
-through that system in reliance on consistent application of that
-system; it is up to the author/donor to decide if he or she is willing
-to distribute software through any other system and a licensee cannot
-impose that choice.
-
-This section is intended to make thoroughly clear what is believed to
-be a consequence of the rest of this License.
-
-  8. If the distribution and/or use of the Program is restricted in
-certain countries either by patents or by copyrighted interfaces, the
-original copyright holder who places the Program under this License
-may add an explicit geographical distribution limitation excluding
-those countries, so that distribution is permitted only in or among
-countries not thus excluded.  In such case, this License incorporates
-the limitation as if written in the body of this License.
-
-  9. The Free Software Foundation may publish revised and/or new versions
-of the General Public License from time to time.  Such new versions will
-be similar in spirit to the present version, but may differ in detail to
-address new problems or concerns.
-
-Each version is given a distinguishing version number.  If the Program
-specifies a version number of this License which applies to it and "any
-later version", you have the option of following the terms and conditions
-either of that version or of any later version published by the Free
-Software Foundation.  If the Program does not specify a version number of
-this License, you may choose any version ever published by the Free Software
-Foundation.
-
-  10. If you wish to incorporate parts of the Program into other free
-programs whose distribution conditions are different, write to the author
-to ask for permission.  For software which is copyrighted by the Free
-Software Foundation, write to the Free Software Foundation; we sometimes
-make exceptions for this.  Our decision will be guided by the two goals
-of preserving the free status of all derivatives of our free software and
-of promoting the sharing and reuse of software generally.
-
-                            NO WARRANTY
-
-  11. BECAUSE THE PROGRAM IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO WARRANTY
-FOR THE PROGRAM, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW.  EXCEPT WHEN
-OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR OTHER PARTIES
-PROVIDE THE PROGRAM "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EITHER EXPRESSED
-OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF
-MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  THE ENTIRE RISK AS
-TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE PROGRAM IS WITH YOU.  SHOULD THE
-PROGRAM PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING,
-REPAIR OR CORRECTION.
-
-  12. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO IN WRITING
-WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY AND/OR
-REDISTRIBUTE THE PROGRAM AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOU FOR DAMAGES,
-INCLUDING ANY GENERAL, SPECIAL, INCIDENTAL OR CONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING
-OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE PROGRAM (INCLUDING BUT NOT LIMITED
-TO LOSS OF DATA OR DATA BEING RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY
-YOU OR THIRD PARTIES OR A FAILURE OF THE PROGRAM TO OPERATE WITH ANY OTHER
-PROGRAMS), EVEN IF SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE
-POSSIBILITY OF SUCH DAMAGES.
-
-                     END OF TERMS AND CONDITIONS
-
-            How to Apply These Terms to Your New Programs
-
-  If you develop a new program, and you want it to be of the greatest
-possible use to the public, the best way to achieve this is to make it
-free software which everyone can redistribute and change under these terms.
-
-  To do so, attach the following notices to the program.  It is safest
-to attach them to the start of each source file to most effectively
-convey the exclusion of warranty; and each file should have at least
-the "copyright" line and a pointer to where the full notice is found.
-
-    {description}
-    Copyright (C) {year}  {fullname}
-
-    This program is free software; you can redistribute it and/or modify
-    it under the terms of the GNU General Public License as published by
-    the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
-    (at your option) any later version.
-
-    This program is distributed in the hope that it will be useful,
-    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
-    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
-    GNU General Public License for more details.
-
-    You should have received a copy of the GNU General Public License along
-    with this program; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
-    51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA.
-
-Also add information on how to contact you by electronic and paper mail.
-
-If the program is interactive, make it output a short notice like this
-when it starts in an interactive mode:
-
-    Gnomovision version 69, Copyright (C) year name of author
-    Gnomovision comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY; for details type `show w'.
-    This is free software, and you are welcome to redistribute it
-    under certain conditions; type `show c' for details.
-
-The hypothetical commands `show w' and `show c' should show the appropriate
-parts of the General Public License.  Of course, the commands you use may
-be called something other than `show w' and `show c'; they could even be
-mouse-clicks or menu items--whatever suits your program.
-
-You should also get your employer (if you work as a programmer) or your
-school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the program, if
-necessary.  Here is a sample; alter the names:
-
-  Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in the program
-  `Gnomovision' (which makes passes at compilers) written by James Hacker.
-
-  {signature of Ty Coon}, 1 April 1989
-  Ty Coon, President of Vice
-
-This General Public License does not permit incorporating your program into
-proprietary programs.  If your program is a subroutine library, you may
-consider it more useful to permit linking proprietary applications with the
-library.  If this is what you want to do, use the GNU Lesser General
-Public License instead of this License.
--- a/README.md	Tue Nov 06 09:45:57 2018 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,41 +0,0 @@
-# SeqSero2 alpha-test version
-Salmonella serotyping from genome sequencing data
-
-
-# Introduction
-SeqSero2 is a pipeline for Salmonella serotype determination from raw sequencing reads or genome assemblies. This is a alpha test version. For now, it can only accept separated paired-end reads. A web app will be available soon.
-
-# Dependencies
-SeqSero depends on:
-
-1. Python 2.7 and [Biopython 1.65](http://biopython.org/wiki/Download);
-
-2. [Burrows-Wheeler Aligner](http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/);
-
-3. [Samtools](http://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/);
-
-4. [NCBI BLAST](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download);
-
-5. [SRA Toolkit](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software);
-
-6. [SPAdes](http://bioinf.spbau.ru/spades);
-
-7. [Bedtools](http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/).
-
-# Executing the code
-    Usage: SeqSero2.py
-
-    -p <int> (number of threads, if p >4, only 4 threads will be used for assembly since the amount of extracted reads is small, default=1)
-
-    -i <file> (/path/to/input/file; for now, SeqSero2 only accepts separated paired-end reads )
-
-    -b <string> (algorithms for bwa mapping; 'mem' for mem, 'sam' for samse/sampe; default=mem; optional; for now SeqSero2 is only optimized for "mem" mode)
-
-# Output
-Upon executing the command, a directory named 'SeqSero_result_Time_your_run' will be created. Your result will be stored in 'Seqsero_result.txt' in that directory. And the assembled alleles can also be found in the directory.
-
-# Citation
-Zhang S, Yin Y, Jones MB, Zhang Z, Deatherage Kaiser BL, Dinsmore BA, Fitzgerald C, Fields PI, Deng X.
-Salmonella serotype determination utilizing high-throughput genome sequencing data.
-**J Clin Microbiol.** 2015 May;53(5):1685-92.[PMID:25762776](http://jcm.asm.org/content/early/2015/03/05/JCM.00323-15)
-
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/SalmID/LICENSE	Fri Nov 09 11:30:45 2018 -0500
@@ -0,0 +1,21 @@
+MIT License
+
+Copyright (c) 2017 Henk den Bakker
+
+Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
+of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
+in the Software without restriction, including without limitation the rights
+to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
+copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
+furnished to do so, subject to the following conditions:
+
+The above copyright notice and this permission notice shall be included in all
+copies or substantial portions of the Software.
+
+THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
+IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
+FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE
+AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
+LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM,
+OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE
+SOFTWARE.
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/SalmID/README.md	Fri Nov 09 11:30:45 2018 -0500
@@ -0,0 +1,49 @@
+[![DOI](https://zenodo.org/badge/97020646.svg)](https://zenodo.org/badge/latestdoi/97020646)
+
+# SalmID
+Rapid tool to check taxonomic ID of single isolate samples. Currently only IDs Salmonella species and subspecies, and some common contaminants (Listeria, Escherichia).
+
+## Requirements:
+Python 3
+
+## Installation:
+The easy way with homebrew ([Linux](http://linuxbrew.sh/) or [MacOS](https://brew.sh/)):
+```
+brew install brewsci/bio/salmid
+```
+Big thanks to [Torsten Seemann](https://tseemann.github.io/) for including this in homebrew!
+
+Alernatively git clone to your machine:
+```
+git clone --recursive https://github.com/hcdenbakker/SalmID.git
+```
+
+Make SalmID executable:
+```
+cd SalmID
+```
+
+```
+chmod +x SalmID.py
+```
+
+
+Add the SalmID folder to your path
+
+To execute:
+```
+SalmID.py -e .fastq.gz
+```
+This will perform a SalmID run on all fastq.gz files in the current directory.
+```
+SalmID.py -i your_fastq_gz.fastq.gz
+```
+This will perform a SalmID run on an individual file (i.e., your_fastq_gz.fastq.gz)
+```
+SalmID.py -d directory_with_data -e _1.fastq.gz
+```
+This will perform a SalmID run on all files in directory 'directory_with_data' with extension '_1.fastq.gz'
+
+## Todo's and thoughts for future releases:
+- Provide coverage estimates for genomes in sample based on kmer frequencies
+- Write code to use SalmID on long read (minion, pacbio) platforms
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/SalmID/SalmID.py	Fri Nov 09 11:30:45 2018 -0500
@@ -0,0 +1,371 @@
+#!/usr/bin/env python3
+
+
+import gzip
+import io
+import pickle
+import os
+import sys
+
+from argparse import ArgumentParser
+try:
+	from version import SalmID_version
+except:
+    SalmID_version = "version unknown"
+
+
+def reverse_complement(sequence):
+    complement = {'A': 'T', 'C': 'G', 'G': 'C', 'T': 'A', 'N': 'N', 'M': 'K', 'R': 'Y', 'W': 'W',
+                            'S': 'S', 'Y': 'R', 'K': 'M', 'V': 'B', 'H': 'D', 'D': 'H', 'B': 'V'}
+    return "".join(complement[base] for base in reversed(sequence))
+
+
+def parse_args():
+    "Parse the input arguments, use '-h' for help."
+    parser = ArgumentParser(description='SalmID - rapid Kmer based Salmonella identifier from sequence data')
+    # inputs
+    parser.add_argument('-v','--version', action='version', version='%(prog)s ' + SalmID_version)
+    parser.add_argument(
+        '-i','--input_file', type=str, required=False, default= 'None', metavar = 'your_fastqgz',
+        help='Single fastq.gz file input, include path to file if file is not in same directory ')
+    parser.add_argument(
+        '-e', '--extension', type=str, required=False, default= '.fastq.gz', metavar = 'file_extension',
+        help='File extension, if specified without "--input_dir", SalmID will attempt to ID all files\n' +
+             ' with this extension in current directory, otherwise files in input directory')
+
+    parser.add_argument(
+        '-d','--input_dir', type=str, required=False, default='.', metavar = 'directory',
+        help='Directory which contains data for identification, when not specified files in current directory will be analyzed.')
+    parser.add_argument(
+        '-r', '--report', type=str, required=False, default='percentage', metavar = 'percentage, coverage or taxonomy',
+        help='Report either percentage ("percentage") of clade specific kmers recovered, average kmer-coverage ("cov"), or '
+             'taxonomy (taxonomic species ID, plus observed mean k-mer coverages and expected coverage).')
+    parser.add_argument(
+        '-m', '--mode', type=str, required=False, default='quick', metavar = 'quick or thorough',
+        help='Quick [quick] or thorough [thorough] mode')
+    if len(sys.argv)==1:
+        parser.print_help(sys.stderr)
+        sys.exit(1)
+    return parser.parse_args()
+
+def get_av_read_length(file):
+    i = 1
+    n_reads = 0
+    total_length = 0
+    if file.endswith(".gz"):
+        file_content=io.BufferedReader(gzip.open(file))
+    else:
+        file_content=open(file,"r").readlines()
+    for line in file_content:
+        if i % 4 == 2:
+            total_length += len(line.strip())
+            n_reads +=1
+        i += 1
+        if n_reads == 100:
+            break
+    return total_length/100
+
+
+def createKmerDict_reads(list_of_strings, kmer):
+    kmer_table = {}
+    for string in list_of_strings:
+        sequence = string.strip('\n')
+        for i in range(len(sequence)-kmer+1):
+            new_mer =sequence[i:i+kmer]
+            new_mer_rc = reverse_complement(new_mer)
+            if new_mer in kmer_table:
+                kmer_table[new_mer.upper()] += 1
+            else:
+                kmer_table[new_mer.upper()] = 1
+            if new_mer_rc in kmer_table:
+                kmer_table[new_mer_rc.upper()] += 1
+            else:
+                kmer_table[new_mer_rc.upper()] = 1
+    return kmer_table
+
+
+def target_read_kmerizer_multi(file, k, kmerDict_1, kmerDict_2, mode):
+    mean_1 = None
+    mean_2 = None
+    i = 1
+    n_reads_1 = 0
+    n_reads_2 = 0
+    total_coverage_1 = 0
+    total_coverage_2 = 0
+    reads_1 = []
+    reads_2 = []
+    total_reads = 0
+    if file.endswith(".gz"):
+      file_content=io.BufferedReader(gzip.open(file))
+    else:
+      file_content=open(file,"r").readlines()
+    for line in file_content:
+        start = int((len(line) - k) // 2)
+        if i % 4 == 2:
+            total_reads += 1
+            if file.endswith(".gz"):
+                s1 = line[start:k + start].decode()
+                line=line.decode()
+            else:
+                s1 = line[start:k + start]
+            if s1 in kmerDict_1:
+                n_reads_1 += 1
+                total_coverage_1 += len(line)
+                reads_1.append(line)
+            if s1 in kmerDict_2:
+                n_reads_2 += 1
+                total_coverage_2 += len(line)
+                reads_2.append(line)
+        i += 1
+        if mode == 'quick':
+            if total_coverage_2 >= 800000:
+                break
+
+    if len(reads_1) == 0:
+        kmer_Dict1 = {}
+    else:
+        kmer_Dict1 = createKmerDict_reads(reads_1, k)
+        mers_1 = set([key for key in kmer_Dict1])
+        mean_1 = sum([kmer_Dict1[key] for key in kmer_Dict1])/len(mers_1)
+    if len(reads_2) == 0:
+        kmer_Dict2 = {}
+    else:
+        kmer_Dict2 = createKmerDict_reads(reads_2, k)
+        mers_2 = set([key for key in kmer_Dict2])
+        mean_2 = sum([kmer_Dict2[key] for key in kmer_Dict2])/len(mers_2)
+    return kmer_Dict1, kmer_Dict2, mean_1, mean_2, total_reads
+
+def mean_cov_selected_kmers(iterable, kmer_dict, clade_specific_kmers):
+    '''
+    Given an iterable (list, set, dictrionary) returns mean coverage for the kmers in iterable
+    :param iterable: set, list or dictionary containing kmers
+    :param kmer_dict: dictionary with kmers as keys, kmer-frequency as value
+    :param  clade_specific_kmers: list, dict or set of clade specific kmers
+    :return: mean frequency as float
+    '''
+    if len(iterable) == 0:
+        return 0
+    return sum([kmer_dict[value] for value in iterable])/len(clade_specific_kmers)
+
+def kmer_lists(query_fastq_gz, k,
+               allmers,allmers_rpoB,
+               uniqmers_bongori,
+               uniqmers_I,
+               uniqmers_IIa,
+               uniqmers_IIb,
+               uniqmers_IIIa,
+               uniqmers_IIIb,
+               uniqmers_IV,
+               uniqmers_VI,
+               uniqmers_VII,
+               uniqmers_VIII,
+               uniqmers_bongori_rpoB,
+               uniqmers_S_enterica_rpoB,
+               uniqmers_Escherichia_rpoB,
+               uniqmers_Listeria_ss_rpoB,
+               uniqmers_Lmono_rpoB,
+               mode):
+    dict_invA, dict_rpoB, mean_invA, mean_rpoB , total_reads = target_read_kmerizer_multi(query_fastq_gz, k, allmers,
+                                                                            allmers_rpoB, mode)
+    target_mers_invA = set([key for key in dict_invA])
+    target_mers_rpoB = set([key for key in dict_rpoB])
+    if target_mers_invA == 0:
+        print('No reads found matching invA, no Salmonella in sample?')
+    else:
+        p_bongori = (len(uniqmers_bongori & target_mers_invA) / len(uniqmers_bongori)) * 100
+        p_I = (len(uniqmers_I & target_mers_invA) / len(uniqmers_I)) * 100
+        p_IIa = (len(uniqmers_IIa & target_mers_invA) / len(uniqmers_IIa)) * 100
+        p_IIb = (len(uniqmers_IIb & target_mers_invA) / len(uniqmers_IIb)) * 100
+        p_IIIa = (len(uniqmers_IIIa & target_mers_invA) / len(uniqmers_IIIa)) * 100
+        p_IIIb = (len(uniqmers_IIIb & target_mers_invA) / len(uniqmers_IIIb)) * 100
+        p_VI = (len(uniqmers_VI & target_mers_invA) / len(uniqmers_VI)) * 100
+        p_IV = (len(uniqmers_IV & target_mers_invA) / len(uniqmers_IV)) * 100
+        p_VII = (len(uniqmers_VII & target_mers_invA) / len(uniqmers_VII)) * 100
+        p_VIII = (len(uniqmers_VIII & target_mers_invA) / len(uniqmers_VIII)) * 100
+        p_bongori_rpoB = (len(uniqmers_bongori_rpoB & target_mers_rpoB) / len(uniqmers_bongori_rpoB)) * 100
+        p_Senterica = (len(uniqmers_S_enterica_rpoB & target_mers_rpoB) / len(uniqmers_S_enterica_rpoB)) * 100
+        p_Escherichia = (len(uniqmers_Escherichia_rpoB & target_mers_rpoB) / len(uniqmers_Escherichia_rpoB)) * 100
+        p_Listeria_ss = (len(uniqmers_Listeria_ss_rpoB & target_mers_rpoB) / len(uniqmers_Listeria_ss_rpoB)) * 100
+        p_Lmono = (len(uniqmers_Lmono_rpoB & target_mers_rpoB) / len(uniqmers_Lmono_rpoB)) * 100
+        bongori_invA_cov = mean_cov_selected_kmers(uniqmers_bongori & target_mers_invA, dict_invA, uniqmers_bongori)
+        I_invA_cov = mean_cov_selected_kmers(uniqmers_I & target_mers_invA, dict_invA, uniqmers_I)
+        IIa_invA_cov = mean_cov_selected_kmers(uniqmers_IIa & target_mers_invA, dict_invA, uniqmers_IIa)
+        IIb_invA_cov = mean_cov_selected_kmers(uniqmers_IIb & target_mers_invA, dict_invA, uniqmers_IIb)
+        IIIa_invA_cov = mean_cov_selected_kmers(uniqmers_IIIa & target_mers_invA, dict_invA, uniqmers_IIIa)
+        IIIb_invA_cov = mean_cov_selected_kmers(uniqmers_IIIb & target_mers_invA, dict_invA, uniqmers_IIIb)
+        IV_invA_cov = mean_cov_selected_kmers(uniqmers_IV & target_mers_invA, dict_invA, uniqmers_IV)
+        VI_invA_cov = mean_cov_selected_kmers(uniqmers_VI & target_mers_invA, dict_invA, uniqmers_VI)
+        VII_invA_cov = mean_cov_selected_kmers(uniqmers_VII & target_mers_invA, dict_invA, uniqmers_VII)
+        VIII_invA_cov = mean_cov_selected_kmers(uniqmers_VIII & target_mers_invA, dict_invA, uniqmers_VIII)
+        S_enterica_rpoB_cov = mean_cov_selected_kmers((uniqmers_S_enterica_rpoB & target_mers_rpoB), dict_rpoB,
+                                                      uniqmers_S_enterica_rpoB)
+        S_bongori_rpoB_cov = mean_cov_selected_kmers((uniqmers_bongori_rpoB & target_mers_rpoB), dict_rpoB,
+                                                     uniqmers_bongori_rpoB)
+        Escherichia_rpoB_cov = mean_cov_selected_kmers((uniqmers_Escherichia_rpoB & target_mers_rpoB), dict_rpoB,
+                                                       uniqmers_Escherichia_rpoB)
+        Listeria_ss_rpoB_cov = mean_cov_selected_kmers((uniqmers_Listeria_ss_rpoB & target_mers_rpoB), dict_rpoB,
+                                                       uniqmers_Listeria_ss_rpoB)
+        Lmono_rpoB_cov = mean_cov_selected_kmers((uniqmers_Lmono_rpoB & target_mers_rpoB), dict_rpoB,
+                                                 uniqmers_Lmono_rpoB)
+        coverages = [Listeria_ss_rpoB_cov, Lmono_rpoB_cov, Escherichia_rpoB_cov, S_bongori_rpoB_cov,
+                     S_enterica_rpoB_cov, bongori_invA_cov, I_invA_cov, IIa_invA_cov, IIb_invA_cov,
+                     IIIa_invA_cov, IIIb_invA_cov, IV_invA_cov, VI_invA_cov, VII_invA_cov, VIII_invA_cov]
+        locus_scores = [p_Listeria_ss, p_Lmono, p_Escherichia, p_bongori_rpoB, p_Senterica, p_bongori,
+                        p_I, p_IIa,p_IIb, p_IIIa, p_IIIb, p_IV, p_VI, p_VII, p_VIII]
+    return locus_scores, coverages, total_reads
+
+def report_taxon(locus_covs, average_read_length, number_of_reads):
+    list_taxa = [ 'Listeria ss', 'Listeria monocytogenes', 'Escherichia sp.',
+                  'Salmonella bongori (rpoB)', 'Salmonella enterica (rpoB)',
+                  'Salmonella bongori (invA)', 'S. enterica subsp. enterica (invA)',
+                  'S. enterica subsp. salamae (invA: clade a)','S. enterica subsp. salamae (invA: clade b)',
+                  'S. enterica subsp. arizonae (invA)', 'S. enterica subsp. diarizonae (invA)',
+                  'S. enterica subsp. houtenae (invA)', 'S. enterica subsp. indica (invA)',
+                  'S. enterica subsp. VII (invA)', 'S. enterica subsp. salamae (invA: clade VIII)']
+    if sum(locus_covs) < 1:
+        rpoB = ('No rpoB matches!', 0)
+        invA = ('No invA matches!', 0)
+        return rpoB, invA, 0.0
+    else:
+        # given list of scores get taxon
+        if sum(locus_covs[0:5]) > 0:
+            best_rpoB = max(range(len(locus_covs[1:5])), key=lambda x: locus_covs[1:5][x])+1
+            all_rpoB = max(range(len(locus_covs[0:5])), key=lambda x: locus_covs[0:5][x])
+            if (locus_covs[best_rpoB] != 0) & (all_rpoB == 0):
+                rpoB = (list_taxa[best_rpoB], locus_covs[best_rpoB])
+            elif (all_rpoB == 0) &  (round(sum(locus_covs[1:5]),1) < 1):
+                rpoB = (list_taxa[0], locus_covs[0])
+            else:
+                rpoB = (list_taxa[best_rpoB], locus_covs[best_rpoB])
+        else:
+            rpoB = ('No rpoB matches!', 0)
+        if sum(locus_covs[5:]) > 0:
+            best_invA = max(range(len(locus_covs[5:])), key=lambda x: locus_covs[5:][x])+5
+            invA = (list_taxa[best_invA], locus_covs[best_invA])
+        else:
+            invA = ('No invA matches!', 0)
+        if 'Listeria' in rpoB[0]:
+            return rpoB, invA, (average_read_length * number_of_reads) / 3000000
+        else:
+            return rpoB, invA, (average_read_length * number_of_reads) / 5000000
+
+
+
+def main():
+    ex_dir = os.path.dirname(os.path.realpath(__file__))
+    args = parse_args()
+    input_file = args.input_file
+    if input_file != 'None':
+        files = [input_file]
+    else:
+        extension = args.extension
+        inputdir = args.input_dir
+        files = [inputdir + '/'+ f for f in os.listdir(inputdir) if f.endswith(extension)]
+    report = args.report
+    mode = args.mode
+    f_invA = open(ex_dir + "/invA_mers_dict", "rb")
+    sets_dict_invA = pickle.load(f_invA)
+    f_invA.close()
+    allmers = sets_dict_invA['allmers']
+    uniqmers_I = sets_dict_invA['uniqmers_I']
+    uniqmers_IIa = sets_dict_invA['uniqmers_IIa']
+    uniqmers_IIb = sets_dict_invA['uniqmers_IIb']
+    uniqmers_IIIa = sets_dict_invA['uniqmers_IIIa']
+    uniqmers_IIIb = sets_dict_invA['uniqmers_IIIb']
+    uniqmers_IV = sets_dict_invA['uniqmers_IV']
+    uniqmers_VI = sets_dict_invA['uniqmers_VI']
+    uniqmers_VII = sets_dict_invA['uniqmers_VII']
+    uniqmers_VIII = sets_dict_invA['uniqmers_VIII']
+    uniqmers_bongori = sets_dict_invA['uniqmers_bongori']
+
+    f = open(ex_dir + "/rpoB_mers_dict", "rb")
+    sets_dict = pickle.load(f)
+    f.close()
+
+    allmers_rpoB = sets_dict['allmers']
+    uniqmers_bongori_rpoB = sets_dict['uniqmers_bongori']
+    uniqmers_S_enterica_rpoB = sets_dict['uniqmers_S_enterica']
+    uniqmers_Escherichia_rpoB = sets_dict['uniqmers_Escherichia']
+    uniqmers_Listeria_ss_rpoB = sets_dict['uniqmers_Listeria_ss']
+    uniqmers_Lmono_rpoB = sets_dict['uniqmers_L_mono']
+    #todo: run kmer_lists() once, create list of tuples containing data to be used fro different reports
+    if report == 'taxonomy':
+        print('file\trpoB\tinvA\texpected coverage')
+        for f in files:
+            locus_scores, coverages, reads = kmer_lists(f, 27,
+                                                        allmers, allmers_rpoB,
+                                                        uniqmers_bongori,
+                                                        uniqmers_I,
+                                                        uniqmers_IIa,
+                                                        uniqmers_IIb,
+                                                        uniqmers_IIIa,
+                                                        uniqmers_IIIb,
+                                                        uniqmers_IV,
+                                                        uniqmers_VI,
+                                                        uniqmers_VII,
+                                                        uniqmers_VIII,
+                                                        uniqmers_bongori_rpoB,
+                                                        uniqmers_S_enterica_rpoB,
+                                                        uniqmers_Escherichia_rpoB,
+                                                        uniqmers_Listeria_ss_rpoB,
+                                                        uniqmers_Lmono_rpoB,
+                                                        mode)
+            pretty_covs = [round(cov, 1) for cov in coverages]
+            report = report_taxon(pretty_covs, get_av_read_length(f), reads)
+            print(f.split('/')[-1] + '\t' + report[0][0] + '[' + str(report[0][1]) + ']' + '\t' + report[1][0] +
+                  '[' + str(report[1][1]) + ']' +
+                  '\t' + str(round(report[2], 1)))
+    else:
+        print(
+        'file\tListeria sensu stricto (rpoB)\tL. monocytogenes (rpoB)\tEscherichia spp. (rpoB)\tS. bongori (rpoB)\tS. enterica' +
+        '(rpoB)\tS. bongori (invA)\tsubsp. I (invA)\tsubsp. II (clade a: invA)\tsubsp. II' +
+        ' (clade b: invA)\tsubsp. IIIa (invA)\tsubsp. IIIb (invA)\tsubsp.IV (invA)\tsubsp. VI (invA)\tsubsp. VII (invA)' +
+        '\tsubsp. II (clade VIII : invA)')
+        if report == 'percentage':
+            for f in files:
+                locus_scores, coverages , reads = kmer_lists( f, 27,
+                           allmers,allmers_rpoB,
+                           uniqmers_bongori,
+                           uniqmers_I,
+                           uniqmers_IIa,
+                           uniqmers_IIb,
+                           uniqmers_IIIa,
+                           uniqmers_IIIb,
+                           uniqmers_IV,
+                           uniqmers_VI,
+                           uniqmers_VII,
+                           uniqmers_VIII,
+                           uniqmers_bongori_rpoB,
+                           uniqmers_S_enterica_rpoB,
+                           uniqmers_Escherichia_rpoB,
+                           uniqmers_Listeria_ss_rpoB,
+                           uniqmers_Lmono_rpoB,
+                           mode)
+                pretty_scores = [str(round(score)) for score in locus_scores]
+                print(f.split('/')[-1] +'\t' + '\t'.join(pretty_scores))
+        else:
+            for f in files:
+                locus_scores, coverages , reads = kmer_lists( f, 27,
+                           allmers,allmers_rpoB,
+                           uniqmers_bongori,
+                           uniqmers_I,
+                           uniqmers_IIa,
+                           uniqmers_IIb,
+                           uniqmers_IIIa,
+                           uniqmers_IIIb,
+                           uniqmers_IV,
+                           uniqmers_VI,
+                           uniqmers_VII,
+                           uniqmers_VIII,
+                           uniqmers_bongori_rpoB,
+                           uniqmers_S_enterica_rpoB,
+                           uniqmers_Escherichia_rpoB,
+                           uniqmers_Listeria_ss_rpoB,
+                           uniqmers_Lmono_rpoB,
+                           mode)
+                pretty_covs = [str(round(cov, 1)) for cov in coverages]
+                print(f.split('/')[-1] + '\t' + '\t'.join(pretty_covs))
+
+if __name__ == '__main__':
+    main()
+
Binary file SalmID/__pycache__/version.cpython-36.pyc has changed
Binary file SalmID/invA_mers_dict has changed
Binary file SalmID/rpoB_mers_dict has changed
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/SalmID/version.py	Fri Nov 09 11:30:45 2018 -0500
@@ -0,0 +1,1 @@
+SalmID_version = '0.122'
--- a/SeqSero2.py	Tue Nov 06 09:45:57 2018 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,43 +0,0 @@
-#!/usr/bin/env python
-
-############################################################################
-# Copyright (c) 2014-2015 University of Georgia
-# Developer: Shaokang Zhang, zskzsk@uga.edu
-# All Rights Reserved
-############################################################################
-
-import argparse,os,sys,time,random
-
-def main():
-  parser = argparse.ArgumentParser(usage='SeqSero2.py -i <input_data> [-p <number of threads>] [-b <BWA_algorithm>]\n\nDevelopper: Shaokang Zhang (zskzsk@uga.edu) and Xiangyu Deng (xdeng@uga.edu)\n\nContact email:seqsero@gmail.com')#add "-m <data_type>" in future
-  parser.add_argument("-i",nargs="+", help="<string>: path/to/input_data")
-  parser.add_argument("-b",choices=['sam','mem'],default="mem",help="<string>: 'sam'(bwa samse/sampe), 'mem'(bwa mem),default=mem")
-  parser.add_argument("-p",default="1",help="<int>: if p>4, only 4 threads will be used for assembly, default=1")
-  args=parser.parse_args()
-  dirpath = os.path.abspath(os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)))
-  if len(sys.argv)==1:
-    os.system(dirpath+"/SeqSero2.py -h")
-  else:
-    request_id = time.strftime("%m_%d_%Y_%H_%M_%S", time.localtime())
-    request_id += str(random.randint(1, 10000000))
-    make_dir="SeqSero_result_"+request_id
-    os.system("mkdir "+make_dir)
-    os.system("cp -rf "+dirpath+"/database/H_and_O_and_specific_genes.fasta "+make_dir)
-    #mode_choice=args.m
-    mapping_mode=args.b
-    threads=args.p
-    dataset=args.i
-    os.system("cp "+dataset[0]+" "+make_dir)
-   # print len(dataset)
-    os.system("cp "+dataset[1]+" "+make_dir)
-    fnameA=dataset[0].split("/")[-1]
-    fnameB=dataset[1].split("/")[-1]
-    os.chdir(make_dir)
-    os.system("python2.7 "+dirpath+"/libs/mapping_and_assembly_hybrid.py H_and_O_and_specific_genes.fasta "+mapping_mode+" "+str(threads)+" "+fnameA+" "+fnameB)
-    os.system("rm H_and_O_and_specific_genes.fasta* *.bam *.sam *.fastq *.fastq.gz *.fq temp.txt *.xml "+fnameA+"*_db* 2> /dev/null")
-    #print "Output_directory:",make_dir
-    #print "\n\n\nResult:\n"
-    #os.system("cat Seqsero_result.txt")
-
-if __name__ == '__main__':
-  main()
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/SeqSero2/H_and_O_and_specific_genes.fasta	Fri Nov 09 11:30:45 2018 -0500
@@ -0,0 +1,1506 @@
+>O-1,3,19_not_in_3,10__130
+acgagaagtactgaataataattgtatcaaatagcctgcgtaaaatctgaacgcatcaatcgctaccttaatatcatacctttgagttaacatactattcacctttaacctgccatgaccgtttgtggca
+>O-11_wzy__1080
+ATGAATATATTATTTTTTTTGCTTCTAAGTGTTGGGTTATTATTTTCCCTCGCATATAAAAATAAAAATAAAAATATAAATGATAGTATCATGTTTATGCTTGTCGTCCTGATGATATTAATGTCAGGCCTTAGAGTTAATGATAGTGATTATCTTGAGTATAATAAAATGTATAATGAAGTTCCTTCATTATACAATTTTACGTTATCTGCGATAAAAGATATTCATGGAGAGATTGGCTATCTTTTCCTTTCATCTTTTTTTAAAACATTTGATTTACCGTTTCAGTTTTTTTTATTCTTTATAGCATCGTTATCTTTGATGCTTACTTATTTTTCTTTTAAAAAAGCAAGTATTATACCAATATTATCTCTAGTTTTTTATTTAAGTCATGCTTTTATTGTTAGGGATATGATACAAATAAGAGCTGGATTAGCGGTGAGTATGTCTCTATACACAATTGTGACATATAAGAAAAATCGAAATGTGATCACAGGGATACTGCTTGCATCGCTGATTCATTCTGGAGCAATTATAATTGCTATTTGCTACCCATTTATAAGAAAAAGATATTTATCGTTAAAAAAAATATTTTCTCTTTTCTTGGTTGCCTTAATATTTTCTTATTTACATGGGCTCGACTTTATATTAAACACCCTTATTCATTATAATCTTCTGCCAGATGCTGTTGCAAATTATATTGGGTGGGAAGAATATGATTATAGAATTAATATTTTCACTAATCCAGTATTTATTAAAGGGATAATGATAGTTTTTTTAATGAGAAAATATATTAAAACAAATATAAATAATGAAAATGATAAGGTGGTTATATTATATAATTTATATGTTTTAGGTGTTTTAGCAATGGTTGGGTTAAGTGAGATGGCTATACTTTCAGGACGTCTTTCATCGTTTTTAACACTAGGTGAAAGCATATTAATAGTATATAGTGTTTTTTATAAAAGAAATATCTCGGTAGGTTTTGTTTTCTTTTTGTTATTAACTTTCATACAGATGGGATATGATCTGTTAATTTCAAACGTACATCCGAAGCTCTCTCTTTTTATATTTGGATAA
+>O-11_wzy-new-from-CP019192__1080
+ATGAATATATTATTTTTTTTGCTTCTAAGTGTTGGGCTATTATTTTCCCTCGCATATACTAATAAAAATAAAAATATAAATGATAGTATCATGTTTATGCTTGTCGTCCTGATGATATTAATGTCAGGACTTAGAGTTAATGATAGTGATTATCTTGAGTATAATAAAATGTATAATGAAGTTCCTTCATTATACAATTTTACGTTATCTGCGATAAAAGATATTCATGGAGAGATTGGCTATCTTTTCCTTTCATCTTTTTTTAAAACATTTGATCTACCGTTTCAGTTTTTTTTATTCTTTATAGCATCGTTATCTTTGATGCTTACTTATTTTTCTTTTAAAAAAGCAAGTATTATACCAATATTGTCTCTAGTTTTTTATTTAAGTCATGCTTTTATTGTTAGGGATATGATACAAATAAGAGCTGGATTAGCTGTGAGTATGTCTCTATACACAATTGTGACATATAAGAAGAATCGAAATGTGATCGCAGGGATACTGCTTGCATCGCTGATTCATTCTGGAGCAATTATAATTGCTATTTGCTACCCATTTATAAGAAAAAGATATTTATCGTTAAGAAAAATATTTTCTCTTTTTCTGGTTGCCTTAATATTTTCTTATTTACATGGGCTCGACTTTATATTAAATACCCTTATTCATTATAATCTTCTGCCAGATGCTGTTGCAAATTATATTGGGTGGGAAGAATATGATTATAGAATTAATATTTTCACTAATCCAGTGTTTATTAAAGGGGTGATGATAGTTTTTTTAATGAAAAAATATATTAAAATAAATATAAATAATGAAAAGGATAAGGTGGTTATATTATATAATTTATATGTTTTAGGTGTTTTAGCAATGGTTGGATTAAGTGAGATGGCTATTCTTTCAGGACGTCTCTCATCATTTTTAACACTAGGTGAAAGCATATTAATAGTATATGGTCTTTTTTATAAAAGAAATATCTCGGTAGGTTTTGTTTTCTTTTTGTTATTAACTTTCATACAGATGGGATATGATCTGTTAATTTCAAACGTACATCCGAAGCTCTCTCTTTTTATATTTGGATAA
+>O-13_wzx__1236
+ATGGAAAAGCGTATTTATATAAATACCATTGCTAATTTATGTGGGGTTTTTTGGCAGGGAGCTATAATTCTTTTAATGGCTCCTTTTTACCTGAAGTTATTAGGGAAAGAACAATGGGGTATGGTGGCTGCATGTTTATCCTTACAAGGGATATTATTACTGCTTGATGCAGGAATGTCACAAGTTATGCCAAGGGACTTTGCACAAAAAAAACAGAATATTAAAGAGATATATTCAAACTATATAGCTTTATATTTTTTGATTGCGCTTTGTGCTGTGTTTTTCTTGTATTTTTCTGCAGAGGCTATTGCTGAAAAATGGTTTAGATTGGATGCTTTTTCTGCAAAGCAACTTGAACTCGCTATAAAAATTTTTGCAGGGCAGTTTTTTTTCCAGTTTTGCAATAACGTTAATTTGGCATATTGGAATGGGAATGAAGAGCAAGTAAAAGCAAACTTATCGCAATGTATATTCATTTCTTTGAAAAATATTACAGCAGTAATTTTAATTCTAAACGTTAGCCGACAAACATATATTTATGTATTATCTTTCTTCCTAATTGCTATGATTGAGTTTATCTGTAATTTTTCTTTTATCGTATCAAGGATAGGAGCGTGTAAACCGTCATGGGGAAAAATCAAAAGAATTATTATTACTAACTATAAAATATCCTTAGGGATTCTGTTAGGCGTTTTTTCTTCACAATTAGATAGAATATTTATGTCAAGGTTTTTAAGCATTCAAAACTTTGGCTTGTATGTTATGACTATGCAATTTGGACTTGCGTTATTGCAGTTACAGTATCCAATGGTTAAAGCAATATTACCTCATATCGCAAAAATTGGCGATACAACTAAGTTGGGATTATATAAAACAATAGCTTTTTTTTGTGTCTTAATGCCATCTTGCATATTATTTTTTTGGGCAAAAGACATACTTTGGTTATGGAGTCATAATATTGAAGTTGTAGAGTATGGAGTTATTATTGTCAAAATTTTGAGCGTTGCTGTGCTGATAAACTTTTTTTATAACTTTATTCACGTTAAGTTAATTGTTGAAAATAGAGGTGGGGTGATATTTATTTCGCAACTTTTGATTATTATTATTAACTCTATTTTCCTAATATTCTTTTCCCCAAGAATTCATGAGGTGGCTGGAGCATTATCATGGATGATTAATTTTAGCATAGTCTTATTATGTGGTTTGTTTTTTCTCCATAAAGGAAAAAAAAGATAA
+>O-16_wzy__1233
+ATGAATAACCAAGATTTAAAAATTGGTACTGCATTTATTTCAATGATTTATTTTCCCTTGGGATTTTTGGTATCACTTATTGAAGTAATTAATGGATATAGGTGGGGAAACTTTCTATTCGCATTTATCTTGGGTCTATTAGCATTCTCACTAATACCGTATAGTGATTGGGATCTAACAAGACATTATGAAACCTATTTAAGTTATAATAATACCTCTTTTAGTGAAGTATGGGAACAAAGTGATAATCGATATTTAGTAATAAATACTATAATTTATCTATTTAATACTTTCGCTATCAAAAAGGAGTTTTTACCGTTCTTTGCTGTTTTTATATCTTATTTGTTTTACTTAAATGTATTTTCGAAATTTATTAGAGAAAAAAAGCCTAATATTTTAATCCGAAGCATCTATTTATATATTTTATTAACGGTAATACCTTTTTTTGCTATAGCTAGTTCACTACGACAATATTTAGCCTTCAGTATTATATTATATATAATAATTACCTACTGTAGTAAGCAAGATAGACGTACTTTCCTTATATCTTTCCCACTAGTTGTTATGGCAATAGGAATACATCCAAGCGTAATTCTGTTAATAGCACTGTTTCTATTTAGCAGATTTATACGCCTAAATCGAATAGTTGTGCTTCTTATTTTTTTCATATTAGTTCTAAATTTTAATGGTTATATTTCAATACAATTATTCAAGCTATTTAAACCATTATTAATGAATACAGGTTTTTATTATCCGGAATATATGGATGCAGAGGTTATTCATATGAATAACCAACTATTAAGCACGAATGAATTTATACTTAATAAATTGATTTTACCCAGTATATTTTATTTGTTAATCCCAGTCTTTTTGATTTTCTATAAAAAATCAAACAGTAAACAGGAAAAGCAACTAAAAAACTATTGCGCACTACTCCTTTTGACTATATGCCTGTTATCTTTATCACCTGATCTTTTTTATCGATTTTCAATATTTTGGACATTATTCTATAGCTATATATATTTCACTTATGATAGTGAGAGAATGAGTTTGCCTGCCAAACAGTGCTATCTTGTAATTATAATTGTTGCATCATGTGTCATAAACTTAGCTCAAGCTAATATGGGCAAGAAAATCATATATAATTCATGGGGATCATTTTTTTACCAACCTTCACTATTCGTGTTTGTTAAAGAAATCAAAACGACTGACTATATAAATGTGAGCCAATAA
+>O-17_wzx__1221
+ATGAAATTTTCCCATAATACTGTATTTTTTTATTTGTTAACTATCGTAAATGGTTTGGTTCCGTTAATAACAATTTCATTTATATCAAGGATAGTAACAAGTGAGCAGCTAGGTATCTATTTATTATCATTTACGATAATGAATGTTTTAGGCTTAGTTATAGATTGGGGCTTTACAATATCTGGCATTAGATTTTTAAAAAATAGTAATAAAAAAATGCCTGAAACAATATTCGTTTCAACTACTTTTTTTATTAAAATTACTATATCTTGTGTGGTTTTTATTTCATACTTCTTTTTTTATATATTTTACTCGCATGATGAAGTGTCTTTTTTTTTAATAACTATAATAGGAGCCTTTGTTACGGGGTTAGATAGCATTTGGATTTTACAGGCAAATAACCGATTAATGAAAGTTATAAAAAGGAGTTTATACTCAAATTTAATATATGTTATAAGCGTTTTACCTGTAATTATCTTTTATAAAAATATCTACTACATATTATGGTTGTTTATTATATATAAATCTTACATGTTTCTGATATCTTTCCATGAGGTGAGGGCTATATATGCTATTACTTGGCGAAATATCCACAAGGAAGAAGTTATTACTGTTTTTAAAAGTACATGCGGCGTAGCTATATTTAGAATATTTGCGCTGTCCTATACATCCGCAAATGGTATTTTTCTTAATTATTTGACTAATAAATATCAAGTGGCCTTGTTTTTAGCTTTTGAAAAAATAAATAAAGCCATATTGTTTATTGCAACGCCAATTAGTCAGGCTTTGCTACCTTATTTTTCGGAAAAGTCTAATAAGAAAAAACTTACGCAATATATTCTTATTATATTTTGTTTTTGCAGTCTAGGACTAATTATTGGTAATATGTTTTCTCGGGATATAGTCGGAATTTTTATGGGGTATCCTTATCTAAGTGACAATACTGGCGAGTTATTTTTCTTTATGACAATTATAACGCCATTTATTTTAGTCAGTAATGCAATTGGCATGCTCTATATTATTCCTCAAAAACTTGATAAAGTATTAAATATAATTATTATTAGCGCTGCAGTGATAAATACATTACTTGTTTTTAATTTTGTTCATTCATCTACCGATGGTGCATTGCAAATGGCGAAAGTAATAGCATTTAGTGAGTTCTTTGTTATGTCTTTAATGATAATAGTAATGTTTATTCATGGGAGGAAAAGTGGCGAATAG
+>O-18_wzy__1323
+ATGACTCTATTATCTGAACGGCAAACATCAGTTAAAAACTTTTCAAGATATATTCCACTGTACTTTTGTTTATGCTTAGCTATCGCATTGTTATTGTGTGAGAGTATATTCACTCAAGCATTATACGAGGTGATACTTAAGGTGGTTTCATCATCATTGTCAGCTTTATTAATTGTTATTATTGCTTACTTTTATATTAAGAGAGCTTATTTTTTTTCATTGCAGTTAATGTATGCATACGCCTTTTCTTTAATAATAGGAATACCTTCCGTATACTTACTCAATTTTGGCGAAGCAAAGGGAGGTTTTGAATTAGTATGCTTATGGTGTATATTATTAAATATTATATTATATTTTTCTGCATGCTCTAGTAAAGTAATAGAACAAAAAAAAACGGTTAATAAAATATTTGTTGTGATATTTTTCGTTGTCGGTTTTTGTCAGTTAGTTAAAACGTTGCTCTATTTTAGATTTATTATTGACTCAGGCTTAGGTCATTTGGCTATTTATACTGAAGGCGAAATTTTAACCGCCCAAGTGCCCTTTGTTATTAGAGCCATTAGCGGCCTTTCATTAATCATGTCACTAGCGACGTTTTATTTTAAGGCACCAAGATATTTAAGGTGGATAGGGTTTATATTATTAGCATCTGAACTTTTGATTGGGATAAGAAGTAAATTCTTTTTCTCATTGATTTGTATTATTGCTTTATCCTTATATAGTAATAGACACTTAATTCAATCAAAATTCGTAAAACTTTCCAAGATACAATATTTATTAATTGGATTCATATTATTCTCCTTAATTTCTTATTTTAGGGAGGGTTACGAAATTAATTTCATTAACTATTTAGTCATAGTATTAGACTCACTCTCTTCGACGCTAGCAGGTTTACAAGATGTATTTCTTTTACCGACAGCGCAGGGTTGGGATAAAATAGATGCACATGTTATATTAACGCAAATATTACCAATAAGCGGTTTTGGATTTATAAGCGATTCTCAAATTTATAAGCAATTTTCTATCATAGTGCTCGGAGATATTTCAAGTGGTATTGCACTATCATCTTCTGGAATTCTAGAAGCAACAGTTTTAAATATAAAGTTTGGTTTTTTTATTTATTTATTTTATCTTTTAATTATGCTTGCATTGATCCAGAAATGTCTAAATAGCTCGCTTAATTTGTTGAATTTTATTGCTATCGCGATGTTGCCCGGATTATTATATTCAATTCGGGGAGAGTTGGTTTTACCTTTTGCATATATAATAAAATCACTACCCATTATATTTCTATCTCCTTTTTTAACTTCAACAAATAAATAA
+>O-21_wzy__1089
+ATGAGAATAGCTATAGAGAATAGCGCTGTCTTTTTATTAACTGCGTTTTCTGGTATTTATTTACGTAGTACAATGATTAAGCCGGGGTATATAGCAGTTATTATATCAATGTTATTAATGGTAATTTTTATTGTTTATAGAAAAACTGTAATATCGGCCTTATTATGTTTTTTTATTCTTTTTTTTGTTGGTTATATATGGGGAACCCAGCCTTTTTTACAGGGGGAGTATGCAACGCTAATTTTTACAAGCTCGATTATAATGTTGATTTTTCTGCCACAGATGATTAGAAAGAGTACATTTAATATAAATATAGCTTTTATAGTGATAATTATATTTTATTCTCTTGAGAGTTACATAAGGATAAAAAACCCCGATTATGATTTTGAGCCAAAAGAGATTTCTAATAGCATTTTAGATACTTTTTATATTTATAAAGTAAATAGCATTGCGTTTGAAGATTCAAATTTTGTAGCTATGATTTTAACATGCTATTATATTCTATGTAGGGTGTTGGGGAAAGAAAATGTATATGGCAAGACCAATGTTATTTATTCATTATTATTTCTTGCTCTCATAGTATTGACATTTTCAAGATCTGCCTACATAGGGGTGATAGTTTTTGAGTCGCTAATGTTTTATCAGTACTCCAAACGATATAGAGTCTTGTCTATCTTTTCTATAGTGATAGCAGTGATAGTGTTTTTATATTTTCTGCTTGATAAAATTCAATCAGACGGCAGTTTTCAAAGTAAGTTTTATATATTTGATTTGTTTTTAAACTATATCAAAGTTGCACCACTATTTGATGTGTTAACGGGAGTTGGTTTCGGTAATACATTTTCATACATTGGTATTGGACCTCATAATATATATATAGCCTTATTTATTGAGACAGGATTAATCGGACTGATCTTATACTTATTAATTTTTATCTATATCTATATTAAATACAAGTTTTCTAGGCTAATTATTTTACCAATTATGATCATGGGATTATCGTTTTCGCCAATTGCGTTACCATATTTTTATGTTGCTCTATCTTGGTTAATGTATTTAGAGAGAAAAAATGGATATTTTGAAAGGTAA
+>O-28_wzy__1317
+ATGGAGTTTACTATAAATTTACTCATAATTTTATTGAGTTTTATTCCCGGTTACTACTTGGGGGTCTTTTATTTTAAACGACTTAATTATTATTGCGTCCTTTTTTGGACTATGTTCTTATTTTGTGTTGTGGGATCGTTTATAATATATTCTGGCATAATGGACAATTCATTTTTTGTCGAACCGATTGCGAATAATACAAAAGCAAAGAACCTTGGCCTTTTTATTACCACTATTTCTTTTTTTATATTTTTTCTTGCTGCTTTTATTGTTGAGATTTTTTATTCATTCTACACAAAAAATACCACTAGCAAAGTGAATTGGGATAGGTACTACTCACGTTTGATACTTAATAGTAATAGCCTACTCATGTTAGTCTTATTTTTACTGTCGTGTATGCTGATTTTATATTATATAGTATCAATATACCCTGCCCCACTATTTATGGTACTCAAAGGAGCTTCTGCGGAAGAAATTGCCATTCGAAGATTAGAAGTGACAAAAGATTATTCAGGAATCGGTTATTTCAAAACATTGGCTGGAATATTACCAACAATTTTTTCATATTATTGTTTTATTTCATATTTAAAATTCAAGAAACACTTTTTTATTTTTATCATTACTTTATTTCTCTCTATGTTAACATTAATTATAAATGGAGAGAAAGCACCGCTAGTTTTTTATTTTTTGGGGCTTTTAGTGTCATATTCATCTGTAAAAGACATTAGTAAAAAGATTTACTTTTTTGCGCTGTTATTAATATTTTCTTTGATTTTTTTGATGTATATTATTCTTTTTCAGTTTGATAGCTCAGATTATCTTCTGTATATACTTATTGAGAGATTATTTATTGCTCAGGAAGCCGCTGTATTCTATGCGGCAGATTACTTTTCAAGCCATAATGTTTTGGGTCTATCCAGTATGGATACGATTTTTAATAAATTATTGAATATTACTCCAGCACCTAGAGCATCAGAGATTTTCATGTACCAATATCTGCCAACAATGGTTGAAAATGGTGGTTGGAATGTGAATGGATTTTTTGCTCACGAAACTTTCTCCAATTTTGGTTACATAGGGGTTGTTTTTGGAAGTTTTTATGGTGGCATAGTAAATAGTTTGTTGTGTATATTTTTCCGGACAAGAAAAAAGACATTATTAACAATGAGTTTTTATAGCTTTTTCATCGTTTCCGTAACTACGGTTATCAGTAATTTTAATGCGATGTTATTTAATACACAATTAATATTAATATTTATTATTTATATTTTATTGTCTTTTCTCGATAGGGGAGGTAAATATCATGTATCAAAGTGA
+>O-28_wzy-another-lineage__1296
+ATGGAATATTTAATTATTTTGATTTTCTTTACTCTCTTATTTTTTACGACTAAAAGTACATGGCCTTTTGGTGGAGTGAATGCTCATCCTATATATTTTGTATTTCTTACTCAAATTTTTATATTAACGCTCCCCGGTGTTCTTATTTTAACATTTTTCAGGAACTGTGTTGGATCTATTACATGTGAAATTGTCACTAATGCCACTAAAATAAATGTGATGCTTGATTATTTTACAATTCTTAGTTCTATCGTTTTGGCAATATTATTTTCCTACTTATTAATGCGAGGGCGTAAAGATTTTACTCCTTCTGCGTTGTCTCAAAAACGTTTTCTTAATTTTTGTTTTTTTATAACAATTCTAATTATTATAATTAAAATTATCTTTGTGAAGCATGTTCCTCTCTTTATGGTTTTATTTGGCAACAAAGAGGCTGCAGAAATTCAAAAGGCAGCTATTTTACGTGGTGAGGATGGGTTTTCTTTTCCTGTTCTCAATTTTCTTATTAAGTATTTTCCTCTCTATTTTTATTACTCAGTATTAATAACTTTTTTTAAGCGCAAAATTAGCTTTTTTTATTTAATAATAGCTTTTGCTACAACATGTTTAGCAATGCTTTATGATTTACAAAAAGCACCGGTAGTCATTATGATTATAGGTTCATTTTGGCTATACTGGGCTTTTTTTGGTAAATCTAAAATGATTATCATTGGGGCATTACTAAGCTTAGGATTGGTTAGTTTATTATTTTATATCTCGTATGATTTTGGTGGAAATACAAATTATTTTATTGACGCTATTCTCAATAGGACTTTTGTTGCGCAAGATGATGGTATGTACTGGGTATATCAATATTATGATTCATTGCCTAATAAAGAACTATACGCCTATTGGGGTATACCTTTTGCTCAACAGTTTGGTTTACCACAGATAGATCCTTTAAGTGATATTATCGGTGTGGTATTTCCAAATGCTAGTGATAATTGGGTTAATACAACAACATTTCTTCTGGGGGAGGCTAAAGCAATATTCGGAAGTTATAGTTTGATTCTTGCTACTTTTGTAGTATTCATTAATGTGATTATTATAATGATAGTTTCATCAGTATTGGTTAGAATATCAAAAGACCTTTTTTATCCAGCTATATTTGTTATGTTGCAAACAATTCCATTTGCTAATAATATCACGGATTTGATTTATGGCCGATTTATATTTGGTTTTCTGACGTTTATGCTATTTCCGACACTTTTTTGTTTGCTATGTAACGGCAAGATGAGTAAATACGATGCGAAGTGA
+>O-3,10_not_in_1,3,19__1519
+TTTTATATTATATTTGGCAGAGTGTTAGTATAATTGTCATGTTCAGTTTGAGGTAATTTATGTACTAATTATCTTATATTGTAAATCATGTGCAATTATTTTCATATTTTTATATGAAAAACGTCCAGTATATATATTGAGAAACATTATTGTTATGGAGACATCATCGGAGTTATGATGGAAAAAAACTCTTTTCCCATAAGCCACGAACATTCCTTAACTATGGATTATGTTAAAGCTTTTGGTATGATTTTCGTATTGGTTGGGCATATAAATAATGACATATTTAATGTTTATTATGCCTATCTTTTCCATATGCCATTATTTTTCTTTATTGGTGGGGTTTTATATAAAGATACACGGTGTATAACAAATTTTACAGCGCATGTTATAAAAAAACAGTTACCTTATCTTATAGTAACTTATTTGATTATTGGTTCTATTGCATTATTAATTAATGTACGTTATGGAATACACACAGGTGATGCTTTTTCGACAGGACTATATGAAACGGTTAAACTTGCTATAAAATCAAATTTTCATAACAATAAAATGTTTCTAACAGGTTGGTTTCTGTTTGCTTATATATTTGTGAGCATTTTGTCGGTGATTATAATAAAAAGCATAAAACGGGTCGTTGTTAGCAATGCTTTATTATTATCGGTATTGGTGGCGATTAGTGTATTATTAATAACTGTCTCAATAACATATTTATCCCCTCAATATATTCTGGTAAAAGACTATAAGCTGAATTTTATATGCCAAGTGTTAACCGGTATGTCGTTTTATATTTTTGGATACGTGATCAGAAATCAGATATATAACTTATTAAATTTTTATGTTTTTATTTTATTAACTGTAATATTATATGTTTCGAAAAGTTATGGTTTCTCTACGCAGACAATTATGTCATGGAGTTATTATCCGGATGGGTTAATAATGTCTGTTATTAACGCGCTGATAGGTATTTATGCTGTGTTTTTTATCTCTCTATTAATTACAAGGGGAATGAAAGAAATTAAGCTGCTAAAAATGATAGGTCAGAATTCAAGAGCTATCATGGCATATCATTTACTTGTATATGTAATTTTAGATATAATTGCTTCAATTTTAGGTGATTATAGCCTATCGGGAACAGATGTATATGATAATCACTTTATCACTAAATGGTCCGTTCCTGTCTACATTGCATTAGGTTTGCTACTGCCTCTAATTTTTAGTATTCTGAAACAGAAAGTAATAGGGAAGATAAAATTTAAGCGGGATTTTAGAATCAATTAAAAGCTAATTTTAGCTTTAATGCAGCCTAATGTTTAAGTATTAATTTTTGGATAAATATCACATAATAGGTTACTCAGGAGATTTTTATTTAGTCTACCGACGCGTTCCCAGATAAGGATTCCGGTGTGTCGTAGGTAGAAATAGGTAATTAATGATTGTTTCTTCGGGCTTTAAGTCTGGGTTATCATATTATTCACTTTATCTCATTGGATATAGTTCCTATGAGTAACCACACCTG
+>O-3,10_wzx__1539
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+phase1=[u'-', u'-', u'-', u'-', u'-', u'-', u'-', u'-', u'-', u'-', u'-', u'g,m,[s],t', u'k', u'k', u'k', u'k', u'k', u'k', u'k', u'k', u'k', u'k', u'k', u'k', u'k', u'k', u'k', u'k', u'k', u'k', u'k', u'k', u'k', u'k', u'k', u'[f],g,[t]', u'[g,t]', u'[g],m,t', u'[z42]', u'[z42]', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', u'a', 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+sero=[u'II 39:-:1,7', u'Abortusequi', u'Leda', u'II 51:-:1,7', u'Cotia', u'II 41:-:1,6', u'II 65:-:1,6', u'Gallinarum', u'II 13,23:-:1,6', u'II 6,7:-:1,6', u'II 11:-:1,5', u'II 6,7:(g),m,[s],t:1,5', u'IIIb 38:(k):z55', u'IIIb 59:(k):e,n,x,z15', u'IIIb 53:(k):z35', u'IIIb 59:(k):z', u'IIIb 60:(k):z53', u'IIIb 18:(k):z53', u'IIIb 18:(k):z54', u'IIIb 38:(k):-', u'IIIb 38:(k):z35', u'IIIb 38:(k):1,5,7', u'IIIb 63:(k):z', u'IIIb 6,7:(k):z', u'IIIb 61:(k):z53', u'IIIb 35:(k):z35', u'IIIb 41:(k):z35', u'IIIb 16:(k):z35', u'IIIb 16:(k):e,n,x,z15', u'IIIb 8:(k):z35', u'IIIb 65:(k):z35', u'IIIb 59:(k):z35', u'IIIb 65:(k):z53', u'IIIb 65:(k):z', u'IIIb 42:(k):z35', u'Berta', u'II 47:[g,t]:e,n,x', u'II 39:[g],m,t:[e,n,x]', u'II [1],40:[z42]:1,(5),7', u'II [1],13,23:[z42]:1,[5],7', u'II 28:a:e,n,x', u'Overvecht', u'Honelis', u'Antonio', u'Dibra', u'Ord', u'II 57:a:z42', u'Uithof', u'Seattle', u'II 3,10:a:z39', u'II [1],9,12:a:z42', u'II 1,9,12,46,27:a:z6', u'II 3,10:a:l,v', u'II 47:a:1,5', u'II 47:a:e,n,x,z15', u'Assen', u'II 45:a:z10', u'Goelzau', u'Epinay', u'Oxford', u'Masembe', u'Umhlatazana', u'II 3,10:a:e,n,x', u'Galil', u'Solna', u'Toowong', u'Bakau', u'Aminatu', u'Meekatharra', u'VI 45:a:e,n,x', u'II 11:a:z6', u'Massilia', u'VI 11:a:1,5', u'Dakar', u'Luciana', u'Brazil', u'II [1],13,23:a:z42', u'Denver', u'Oslo', u'II 39:a:z39', u'Sanjuan', u'II 6,7,[14]:a:1,5', u'Heron', u'Fischerhuette', u'Togba', u'Damman', u'Amunigun', u'II 6,7:a:z6', u'Austin', u'Hannover', u'Umhlali', u'II 48:a:z39', u'II 48:a:z6', u'Hisingen', u'Shikmonah', u'Salinas', u'Greiz', u'II 40:a:z39', u'Nyeko', u'IV 44:a:-', u'Guarapiranga', u'Doulassame', u'II 30:a:z39', u'Tione', u'Windsheim', u'IV 51:a:-', u'Faji', u'II 58:a:z6', u'Marshall', u'Coleypark', u'II 13,22:a:e,n,x', u'Zehlendorf', u'Mim', u'II [1],13,23:a:1,5', u'Chagoua', u'Oran', u'IV 50:a:-', u'Burundi', u'Doba', u'Baildon', u'Detmold', u'II 6,7:a:z42', u'Wyldegreen', u'Miami', u'Lomalinda', u'Kinondoni', u'Saarbruecken', u'Jangwani', u'Graz', u'Berkeley', u'II 43:a:1,5', u'II 43:a:z6', u'Be', u'Os', u'II [1],4,[5],12,[27]:a:e,n,x', u'Bonames', u'Valdosta', u'II [1],9,12:a:e,n,x', u'Curacao', u'Niumi', u'Juba', u'Gwoza', u'Alkmaar', u'Sendai', u'Doncaster', u'Paratyphi A', u'Huettwilen', u'II 6,8:a:z39', u'II 6,8:a:z52', u'II [1],4,12,[27]:a:z39', u'Banjul', u'Nakuru', u'Tinda', u'Nordufer', u'Fulica', u'II 9,12:a:z39', u'Garba', u'VI [1],6,14:a:1,5', u'Niakhar', u'Tiergarten', u'Niarembe', u'Kisangani', u'II 9,12:a:1,5', u'Hessarek', u'Durban', u'Marseille', u'Gallen', u'Leith', u'II 6,8:a:e,n,x', u'Narashino', u'Arechavaleta', u'Brazos', u'Bispebjerg', u'VI [1],6,14,[25]:a:e,n,x', u'II 11:a:e,n,z15', u'Tchad', u'Abony', u'Uppsala', u'II 42:b:e,n,x,z15', u'Bamboye', u'Tomegbe', u'II 9,46:b:e,n,x', u'Linguere', u'Frederiksberg', u'Accra', u'Worb', u'Zadar', u'Cheltenham', u'Montaigu', u'Georgia', u'Lockleaze', u'Ibadan', u'Wagenia', u'Niederoderwitz', u'Ede', u'II 43:b:z42', u'Tambacounda', u'Kande', u'II 4,12:b:1,5', u'Broughton', u'Kolar', u'II 42:b:1,5', u'Canada', u'Kotte', u'Leopoldville', u'Ohio', u'II 6,7:b:[e,n,x]', u'Koumra', u'II [1],4,[5],12,[27]:b:[e,n,x]', u'Orbe', u'II 6,7:b:z39', u'Elbeuf', u'Vaugirard', u'Sedgwick', u'Wa', u'Melaka', u'Hull', u'Kirkee', u'Dahra', u'Mattenhof', u'II 17:b:e,n,x,z15', u'Wandsworth', u'II 17:b:z6', u'Glasgow', u'48:b:-', u'II 48:b:e,n,x,z15', u'II 48:b:z6', u'Shahalam', u'Riogrande', u'Saugus', u'Johannesburg', u'Duval', u'Benguella', u'II 40:b:-', u'Bignona', u'Paratyphi B', u'II 38:b:1,2', u'IV 50:b:-', u'II 50:b:z6', u'Rochdale', u'Rittersbach', u'Sica', u'Vietnam', u'Gnesta', u'VI 41:b:1,7', u'Abidjan', u'Limete', u'Adime', u'II 16:b:z42', u'II 16:b:z39', u'Malstatt', u'Visby', u'Edinburg', u'Brazzaville', u'Vegesack', u'Sangera', u'II 16:b:e,n,x', u'Hvittingfoss', u'II 41:b:1,5', u'Pharr', u'Eboko', u'Tonev', u'Sanga', u'Kuntair', u'Tucson', u'IIIb (6),14:b:e,n,x', u'Schleissheim (Schleissheim is extremely rare)', u'II 3,10:b:e,n,x', u'Atento', u'Leeuwarden', u'Wohlen', u'Korbol', u'VI 11:b:e,n,x', u'Fomeco', u'Erfurt', u'Yaba', u'Neudorf', u'Epicrates', u'Egusitoo', u'Sanktjohann', u'Stourbridge', u'Tripoli', u'Durham', u'II 6,8:b:1,5', u'Nagoya', u'VI 11:b:1,7', u'Maryland', u'Onarimon', u'Shipley', u'Presov', u'Frintrop', u'Kalina', u'Butantan', u'Bata', u'Allerton', u'Huvudsta', u'II 21:b:1,5', u'II [1],9,12:b:e,n,x', u'Konstanz', u'Batonrouge', u'Gatuni', u'Bukuru', u'Heistopdenberg', u'II [1],9,12:b:z6', u'Ghana', u'Tounouma', u'Benfica', u'Minnesota', u'II [1],9,12:b:z39', u'II 56:b:[1,5]', u'Banalia', u'Riverside', u'Chittagong', u'Mana', u'Westminster', u'Wien', u'II 60:b:-', u'Mississippi', u'Ndjamena', u'Wenatchee', u'II 47:b:1,5', u'II 47:b:e,n,x,z15', u'Sya', u'II 47:b:z6', u'Cochise', u'Djelfa', u'Wilmington', u'Oudwijk', u'II 3,10:b:z39', u'Louga', u'Aschersleben', u'Tempe', u'IV 51:b:-', u'Karaya', u'II 58:b:1,5', u'Urbana', u'II [1],13,22:b:z42', u'II 30:b:z6', u'II 42:b:z6', u'Fluntern', u'II [1],13,23:b:[1,5]', u'II 28:b:z6', u'Vaertan', u'Rottnest', u'II 28:b:e,n,x', u'Soumbedioune', u'Langford', u'Bracknell', u'Freefalls', u'Bokanjac', u'Bahati', u'Skansen', u'Flottbek', u'Molesey', u'Ullevi', u'Moero', u'Ashanti', u'II [1],40:c:z39', u'Antwerpen', u'Montreal', u'IIIb 41:c:e,n,x,z15', u'Bida', u'Kampala', u'IIIb 47:c:z35', u'IIIb 47:c:z', u'IIIb 47:c:e,n,x,z15', u'Eastglam', u'Madigan', u'Kassberg', u'Blijdorp', u'Minna', u'Haouaria', u'Luedinghausen', u'Ridge', u'Alabama', u'IIIb 47:c:1,5,7', u'Keurmassar', u'Madiago', u'Elokate', u'Ipeko', u'Deversoir', u'II 41:c:z6', u'Runby', u'Goeteborg', u'Quebec', u'Kodjovi', u'Lonestar', u'Chiredzi', u'Schwabach', u'II 21:c:e,n,x', u'Utah', u'IIIb 21:c:e,n,x,z15', u'Bronx', u'Belfast', u'Alexanderpolder', u'Santiago', u'Belem', u'Yolo', u'Tado', u'II 40:c:z6', u'Wingrove', u'II 53:c:1,5', u'Rhone', u'Brindisi', u'Hermannswerder', u'Eberswalde', u'Halle', u'II 52:c:k', u'Dresden', u'Wedding', u'Techimani', u'II 11:c:e,n,z15', u'Woodinville', u'Namibia', u'Cotonou', u'Kaduna', u'Rawash', u'Victoriaborg', u'II 17:c:z39', u'IIIb 65:c:z53', u'IIIb 65:c:z', u'IIIb 65:c:1,5,7', u'Okefoko', u'Anderlecht', u'Agege', u'Pramiso', u'IIIb 61:c:z35', u'IIIb 61:c:1,5,(7)', u'Ikayi', u'Gaillac', u'Asylanta', u'II 1,9,12,46,27:c:z39', u'IIIb 59:c:e,n,x,z15', u'Legon', u'Abortusovis', u'Altendorf', u'II 58:c:z6', u'Bissau', u'Jericho', u'Hallfold', u'IIIb 57:c:z', u'IIIb 57:c:e,n,x,z15', u'Bury', u'Hydra', u'Gbadago', u'Morningside', u'Gouloumbo', u'Itutaba', u'II 39:c:e,n,x', u'Vancouver', u'Gafsa', u'Paratyphi C', u'Choleraesuis', u'Typhisuis', u'II 30:c:z39', u'Hissar', u'Kidderminster', u'IIIb 48:c:z', u'Sheffield', u'Quiniela', u'Argenteuil', u'Hithergreen', u'Zaire', u'II 51:c:-', u'Birkenhead', u'Yoruba', u'II [1],40:c:e,n,x,z15', u'Shamba', u'Groenekan', u'Sculcoates', u'II 16:d:1,5', u'Usumbura', u'Sherbrooke', u'II 38:d:z39', u'II 38:d:[1,5]', u'Willamette', u'Oldenburg', u'Nieukerk', u'Orleans', u'Wil', u'Gaminara', u'Livingstone', u'II 6,7:d:z42', u'II 3,10:d:e,n,x', u'Driffield', u'Berlin', u'Karlshamn', u'Niamey', u'II 40:d:-', u'Logone', u'Maron', u'Weybridge', u'Stormont', u'Madjorio', u'Gombe', u'Souza', u'Onireke', u'Lekke', u'II 43:d:z42', u'II 43:d:z39', u'II 43:d:e,n,x,z15', u'Shangani', u'Barranquilla', u'Birmingham', u'Plymouth', u'Dembe', u'Midway', u'Florida', u'Lindern', u'Charity', u'Quentin', u'Typhi', u'II 9,12:d:z39', u'Jaffna', u'Finkenwerder', u'Olten', u'Martonos', u'Sontheim', u'Messina', u'Amoutive', u'Hatfield', u'Mundonobo', u'Mocamedes', u'Patience', u'Cullingworth', u'II 42:d:z6', u'Encino', u'Strasbourg', u'Eschberg', u'Nottingham', u'Caen', u'Barmbek', u'II 35:d:1,5', u'Teko', u'Tarshyne', u'Spartel', u'Magwa', u'Madison', u'Woodhull', u'Ndolo', u'II 16:d:e,n,x', u'II 41:d:z6', u'Bangui', u'Zega', u'Ontario', u'Amersfoort', u'Kambole', u'Kivu', u'Isangi', u'Kisii', u'Albuquerque', u'Egusi', u'Niloese', u'II 47:d:z39', u'II 47:d:e,n,x,z15', u'Stellingen', u'II 47:d:1,5', u'Liverpool', u'Tilburg', u'Wanatah', u'II 13,22:d:1,5', u'Ayinde', u'Friedenau', u'Wichita', u'Grumpensis', u'II [1],9,12:d:e,n,x', u'Diguel', u'II 48:d:1,2', u'Telelkebir', u'Putten', u'Ati', u'Gustavia', u'Warmsen', u'Karachi', u'Dugbe', u'Isuge', u'Chandans', u'Findorff', u'Hemingford', u'IV 50:d:-', u'II 13,23:d:e,n,x', u'Stanley', u'Brezany', u'Schwarzengrund', u'Ahmadi', u'II 4,12:d:e,n,x', u'Sarajane', u'Duisburg', u'Mons', u'II 53:d:z42', u'II [1],53:d:z39', u'II 53:d:1,5', u'Eppendorf', u'II 56:d:-', u'Buckeye', u'Umbadah', u'II 48:d:z6', u'II 57:d:1,5', u'Virginia', u'Muenchen', u'II 58:d:z6', u'II 52:d:z39', u'II 52:d:e,n,x,z15', u'Utrecht', u'Yovokome', u'Manhattan', u'Portanigra', u'Dunkwa', u'Sterrenbos', u'Mishmarhaemek', u'Chennai', u'Palamaner', u'Handen', u'II 6,8:d:z6', u'Fischerstrasse', u'Kermel', u'Gokul', u'Bobo', u'Labadi', u'Herston', u'Newlands', u'Kaapstad', u'Korkeasaari', u'Kpeme', u'Gozo', u'Israel', u'Westafrica', u'Eastbourne', u'Chester', u'Eko', u'Redhill', u'Bahrenfeld', u'Nyborg', u'Anatum', u'Muenster', u'Vejle', u'Hayindogo', u'Kottbus', u'Cremieu', u'Fitzroy', u'Meleagridis', u'Vilvoorde', u'Winnipeg', u'Jubilee', u'Sekondi', u'Saintpaul', u'Weston', u'Beaudesert', u'Guerin', u'Waedenswil', u'Derkle', u'Butare', u'Bergedorf', u'Newport', u'Reading', u'Magumeri', u'Larochelle', u'Lomita', u'Norwich', u'Nola', u'Tilene', u'Onderstepoort', u'Lamberhurst', u'Ferruch', u'Atakpame', u'Bardo', u'Tschangu', u'Braenderup', u'Saboya', u'Rechovot', u'Chingola', u'Chartres', u'Vridi', u'Torhout', u'Livulu', u'Astridplein', u'Sao', u'Bournemouth', u'Calabar', u'Gassi', u'Fillmore', u'Tshiongwe', u'Willemstad', u'Meskin', u'Rhydyfelin', u'Moabit', u'Sanktmarx', u'Adamstua', u'Bruebach', u'Mara', u'Kasenyi', u'Thiaroye', u'Sandiego', u'Malakal', u'Rossleben', u'II 50:e,n,x:1,7', u'II 6,7:e,n,x:1,6', u'II 16:e,n,x:1,6', u'II 3,10:e,n,x:1,7', u'II [1],4,12,[27]:e,n,x:1,[5],7', u'II [1],40:e,n,x:1,[5],7', u'II 56:e,n,x:1,7', u'II 16:e,n,x:1,(5),7', u'II [1],13,23:e,n,x:1,[5],7', u'II 4,12:e,n,x:1,2,7', u'II 9,46:e,n,x:1,5,7', u'II [1],44:e,n,x:1,6', u'II 9,12:e,n,x:1,[5],7', u'II 39:e,n,x:1,7', u'II 28:e,n,x:1,7', u'II 9,12:e,n,x:1,6', u'II 42:e,n,x:1,6', u'II 48:e,n,x,z15:z6', u'II [1],40:e,n,x,z15:1,6', u'II 47:e,n,x,z15:1,6', u'II 17:e,n,x,z15:1,6', u'II 43:e,n,x,z15:1,(5),7', u'II 43:e,n,x,z15:1,6', u'II 17:e,n,x,z15:1,[5],7', u'II 28:e,n,z15:z87', u'6,14:e,n,z15:-', u'Kastrup', u'Wernigerode', u'Derby', u'Raus', u'Vleuten', u'Sljeme', u'Good', u'Friedrichsfelde', u'Rissen', u'Alfort', u'Suelldorf', u'Sandow', u'Rideau', u'Tees', u'Adelaide', u'Havana', u'Regent', u'Milwaukee', u'II 6,8:f,g,m,t:[e,n,x]', u'Borreze', u'Agona', u'II [1],4,[5],12:f,g,t:z6', u'Eingedi', u'Afula', u'Bilu', u'Petahtikve', u'Maiduguri', u'II 28:g,(m),[s],t:1,5', u'Riggil', u'II [1],40:g,[m],[s],[t]:e,n,x', u'II 21:g,[m],[s],t:-', u'II [1],40:g,[m],[s],t:[1,5]', u'II 9,46:g,[m],[s],t:[e,n,x]', u'II 16:g,[m],[s],t:[e,n,x]', u'II [1],40:g,[m],[s],t:z42', u'II 16:g,[m],[s],t:[1,5]', u'II [1],4,12,[27]:g,[m],[s],t:e,n,x', u'II 6,7:g,[m],s,t:[z42]', u'II 11:g,[m],s,t:z39', u'II 50:g,[m],s,t:[1,5]', u'II 57:g,[m],s,t:z42', u'II [1],4,12,[27]:g,[m],t:[1,5]', u'Senftenberg', u'II [1],13,23:g,[s],t:z42', u'Okatie', u'Enteritidis', u'Luke', u'Abadina', u'Yardley', u'Warragul', u'Bijlmer', u'Abuja', u'Bron', u'Essen', u'Hillingdon', u'Nitra', u'Suberu', u'Pontypridd', u'Montevideo', u'Korovi', u'Chincol', u'Gamaba', u'Tornow', u'Agbeni', u'II 6,7:g,m,[s],t:e,n,x', u'II [1],9,12:g,m,[s],t:[1,5,7]', u'II [1],13,23:g,m,[s],t:[e,n,x]', u'II 43:g,m,[s],t:[z42]', u'Godesberg', u'Othmarschen', u'Adeoyo', u'Kouka', u'Blegdam', u'Hato', u'Gueuletapee', u'Amsterdam', u'Nikolaifleet', u'Macclesfield', u'IIIb 13,22:g,m,s:z', u'Giessen', u'Ealing', u'Caracas', u'II 30:g,m,s:e,n,x', u'Croft', u'Athens', u'Emek', u'II [1],13,23:g,m,s,t:1,5', u'II 3,{10}{15}:g,m,s,t:[1,5]', u'II [1],9,12:g,m,s,t:e,n,x', u'II 45:g,m,s,t:1,5', u'II 17:g,m,s,t:-', u'II 6,7:g,m,s,t:z39', u'II 45:g,m,s,t:e,n,x', u'II [1],13,23:g,m,s,t:z42', u'II 41:g,m,s,t:z6', u'II 35:g,m,s,t:-', u'II 28:g,m,t:z39', u'II 28:g,m,t:e,n,x', u'II 60:g,m,t:z6', u'Reubeuss', u'II 6,8:g,m,t:1,7', u'II 45:g,m,t:e,n,x,z15', u'California', u'II 4,12:g,m,t:z39', u'Ebrie', u'II [1],13,22:g,m,t:[1,5]', u'II 48:g,m,t:-', u'Sylvania', u'Kiel', u'Dublin', u'Naestved', u'Rostock', u'Moscow', u'Menston', u'Plumaugat', u'Gateshead', u'Missouri', u'Catanzaro', u'Newyork', u'Sternschanze', u'Binningen', u'Anecho', u'II 9,12:g,s,t:e,n,x', u'Alminko', u'Nanergou', u'Cardoner', u'Ona', u'II 51:g,s,t:e,n,x', u'Lowestoft', u'Dessau', u'II 28:g,s,t:e,n,x', u'Splott', u'Kingston', u'Eaubonne', u'Uccle', u'Westhampton', u'II [1],13,22:g,t:[1,5]', u'IIIb [1],44:g,t:1,5', u'II 44:g,t:z42', u'IIIb 43:g,t:-', u'II 30:g,t:-', u'II 38:g,t:-', u'II 41:g,t:-', u'II 43:g,t:[1,5]', u'II 13,22:g,t:z6', u'II [1],13,23:g,t:1,5', u'Saintemarie', u'IV [1],40:g,t:-', u'II 17:g,t:[e,n,x,z15]', u'II 42:g,t:-', u'II 17:g,t:z39', u'II 65:g,t:-', u'Budapest', u'II 3,10:g,t:-', u'II 9,12,46,27:g,t:e,n,x', u'II [1],40:g,t:e,n,x,z15', u'II 57:g,t:-', u'Bloomsbury', u'II 13,23:g,t:e,n,x', u'II 52:g,t:-', u'II 35:g,t:1,5', u'II 35:g,t:z42', u'Agodi', u'II 40:g,t:z39', u'II 6,7:g,t:[e,n,x]', u'IIIa 50:g,z51:-', u'IIIa 51:g,z51:-', u'IV 48:g,z51:-', u'Larose', u'IV 21:g,z51:-', u'IIIa 21:g,z51:-', u'IIIa 63:g,z51:-', u'IIIa 62:g,z51:-', u'IV [1],53:g,z51:-', u'IV 43:g,z51:-', u'IV 11:g,z51:-', u'IV 6,7:g,z51:-', u'IIIa 35:g,z51:-', u'Wayne', u'IIIa 43:g,z51:-', u'Carswell', u'IV 44:g,z51:-', u'IIIa [1],13,23:g,z51:-', u'IIIa 53:g,z51:-', u'IIIa 47:g,z51:-', u'Newmexico', u'IIIa 18:g,z51:-', u'IV 18:g,z51:-', u'IV 45:g,z51:-', u'IV [1],40:g,z51:-', u'IV 50:g,z51:-', u'IIIa 45:g,z51:-', u'Alamo', u'IIIa 41:g,z51:-', u'IV [1],42:g,z51:-', u'IIIa 48:g,z51:-', u'IIIa 42:g,z51:-', u'IIIb 40:g,z51:e,n,x,z15', u'IV 38:g,z51:-', u'IIIa 38:g,z51:-', u'Tennyson', u'IIIa 40:g,z51:-', u'Travis', u'Maricopa', u'II 50:g,z62:e,n,x', u'II [1],9,12:g,z62:[e,n,x]', u'II 43:g,z62:e,n,x', u'II 9,46:g,z62:-', u'II 4,12:g,z62:-', u'Antarctica', u'Rosenberg', u'IIIb 60:i:[z]', u'Volkmarsdorf', u'Ouagadougou', u'Dieuppeul', u'Stratford', u'Chichester', u'IIIb 60:i:[e,n,x,z15]', u'Cotham', u'IIIb 53:i:z', u'Doorn', u'Machaga', u'IIIb 59:i:z35', u'Warnemuende', u'IIIb 65:i:z', u'Falkensee', u'Avonmouth', u'Zuilen', u'IIIb 17:i:z35', u'Ahanou', u'IIIb 50:i:e,n,x,z15', u'Diourbel', u'IIIb 21:i:1,5,7', u'IIIb 21:i:e,n,x,z15', u'IIIb 65:i:e,n,x,z15', u'Wisbech', u'IIIb 61:i:e,n,x,z15', u'Abobo', u'Pisa', u'IIIb 61:i:z53', u'IIIb 61:i:z35', u'Truro', u'Frankfurt', u'IIIb 59:i:z', u'Potto', u'Mathura', u'Agbara', u'Kabete', u'Amina', u'IIIb 58:i:z53', u'IIIb 61:i:z', u'Mjordan', u'Poeseldorf', u'Kuessel', u'Douala', u'IIIb 60:i:[z35]', u'Cuckmere', u'Amounderness', u'IIIb 58:i:e,n,x,z15', u'Bessi', u'IIIb 59:i:e,n,x,z15', u'Morehead', u'Landau', u'IIIb 16:i:z35', u'IIIb 57:i:e,n,x,z15', u'IIIb 57:i:z', u'Soerenga', u'Tibati', u'Magherafelt', u'Takoradi', u'Bergen', u'IIIb 47:i:e,n,x,z15', u'Kaneshie', u'Borromea', u'Middlesbrough', u'Warnow', u'Malmoe', u'IIIb 38:i:z53', u'Aba', u'IIIb 47:i:z35', u'Cyprus', u'Hoboken', u'Taksony', u'Yeerongpilly', u'IIIb 40:i:1,5,7', u'[1],13,22:i:-', u'Idikan', u'Typhimurium', u'Maritzburg', u'Bonariensis', u'Tumodi', u'48:i:-', u'IIIb 48:i:z61', u'Hofit', u'Cumberland', u'Alma', u'Samaru', u'Lindenburg', u'Verona', u'IIIb 48:i:z53', u'Bargny', u'IIIb 48:i:z', u'IIIb 47:i:z', u'II 4,12,27:i:z35', u'Gloucester', u'Tsevie', u'Farsta', u'Agama', u'Lagos', u'Seremban', u'IIIb 47:i:z53', u'Myrria', u'IIIb 48:i:z35', u'Heerlen', u'Veneziana', u'Norton', u'IIIb 35:i:z', u'Kentucky', u'IIIb 50:i:z53', u'Jukestown', u'Lika', u'IIIb 35:i:e,n,x,z15', u'Athinai', u'Brijbhumi', u'Gambia', u'IIIb 35:i:z53', u'Bandia', u'IIIb 35:i:z35', u'Evry', u'Aberdeen', u'IIIb 50:i:1,5,7', u'Kedougou', u'Mampeza', u'Buzu', u'IIIb 38:i:z', u'Lansing', u'Mgulani', u'Stuttgart', u'Mbao', u'Garoli', u'Voulte', u'IIIb 50:i:z', u'Schalkwijk', u'Moussoro', u'Augustenborg', u'Oritamerin', u'Haardt', u'Kallo', u'Schwerin', u'Blockley', u'Charlottenburg', u'IIIb 53:k:z53', u'Surrey', u'II 6,7:k:[z6]', u'IIIb 21:k:z', u'IIIb 21:k:e,n,x,z15', u'IIIb (6),14:k:z53', u'Claibornei', u'Ochsenwerder', u'II 1,6,14:k:z6', u'IIIb (6),14:k:z', u'Goverdhan', u'II 6,14:k:e,n,x', u'II 6,14,[24]:k:1,6', u'Harburg', u'Escanaba', u'II 55:k:z39', u'II 17:k:-', u'Bootle', u'IIIb 60:k:z35', u'Casablanca', u'Verviers', u'Lawra', u'IIIb 61:k:1,5,(7)', u'IIIb 61:k:z35', u'Thetford', u'Ahuza', u'IIIb 43:k:z', u'Cairns', u'Thompson', u'Gwale', u'IIIb 17:k:z', u'Zaria', u'Matadi', u'Warri', u'Bandim', u'Irenea', u'Bethune', u'Oesterbro', u'II 13,23:k:z41', u'Marburg', u'Galiema', u'Dahomey', u'Singapore', u'Baiboukoum', u'Daytona', u'IIIb 58:k:z', u'IIIb 47:k:z53', u'IIIb 47:k:z35', u'Ferlo', u'II 41:k:1,6', u'II 41:k:z6', u'IIIb 47:k:z', u'IIIb 60:k:z', u'IIIb 47:k:e,n,x,z15', u'IIIb 57:k:e,n,x,z15', u'IIIb 47:k:1,5,7', u'IIIb 53:k:z', u'Staoueli', u'Serrekunda', u'II 59:k:z65', u'IIIb 59:k:z53', u'Memphis', u'Haferbreite', u'IIIb 42:k:e,n,x,z15', u'IIIb 42:k:z', u'Lyon', u'Pretoria', u'IIIb 48:k:z53', u'IIIb 11:k:z53', u'IIIb 16:k:z53', u'IIIb 50:k:z35', u'IIIb 50:k:z53', u'Marienthal', u'Kisarawe', u'IIIb 53:k:e,n,x,z15', u'Colobane', u'Amba', u'Abaetetuba', u'Orientalis', u'IIIb 35:k:z53', u'Ank', u'Taunton', u'IIIb 28:k:1,7', u'Ikeja', u'Adamstown', u'IIIb 50:k:e,n,x,z15', u'Guildford', u'IIIb 35:k:e,n,x,z15', u'Hilversum', u'Sharon', u'Mango', u'II 50:k:e,n,x', u'IIIb 50:k:1,5,7', u'Dan', u'IIIb 51:k:z35', u'II 13,22:k:1,5', u'Mannheim', u'Marylebone', u'Cochin', u'Clontarf', u'IIIb 16:k:z', u'Echa', u'IIIb 35:k:z', u'Inverness', u'Njala', u'IIIb 38:k:e,n,x,z15', u'IIIb 50:k:z', u'II 50:k:z6', u'IIIb 38:k:z', u'IIIb 38:k:z53', u'Szentes', u'Maumee', u'Nuatja', u'Ceyco', u'Wimborne', u'Bordeaux', u'IIIb 52:k:e,n,x,z15', u'IIIb 52:k:z35', u'IIIb 52:k:z53', u'Hann', u'II 48:k:z39', u'IIIb 40:k:z', u'Allandale', u'IIIb 40:k:z53', u'II [1],40:k:e,n,x,z15', u'Zanzibar', u'Scarborough', u'Yundum', u'Newrochelle', u'Aqua', u'Angoda', u'Odozi', u'II 30:k:e,n,x,z15', u'Ilala', u'II [1],4,12,27:k:1,6', u'Champaign', u'Newjersey', u'Goulfey', u'II 40:k:z6', u'Massenya', u'IIIb 48:k:1,5,(7)', u'Neumuenster', u'II 48:k:e,n,x,z15', u'IIIb 48:k:e,n,x,z15', u'Dahlem', u'IIIb 48:k:z', u'IIIb 48:k:z35', u'Ljubljana', u'Texas', u'Ramatgan', u'Kunduchi', u'II [1],42:l,[z13],z28:[z6]', u'Stuivenberg', u'Enugu', u'Tyresoe', u'Mkamba', u'IIIb 6,7:l,v:z53', u'Coromandel', u'Burgas', u'Ngor', u'Lovelace', u'IIIb 13,22:l,v:1,5,7', u'Nanga', u'Potsdam', u'Kortrijk', u'Bonn', u'Parkroyal', u'Svedvi', u'Gdansk', u'Borbeck', u'Sinchew', u'Welikade', u'Nchanga', u'Horsham', u'Alpenquai', u'IIIb (6),14:l,v:z', u'IIIb (6),14:l,v:z35', u'Amberg', u'VI 6,14:l,v:z88', u'Concord', u'II 3,10:l,v:z6', u'Ruzizi', u'II 3,10:l,v:e,n,x', u'Give', u'London', u'Sinstorf', u'IIIb (6),14:l,v:z53', u'Stendal', u'IIIb 38:l,v:z', u'IIIb 16:l,v:1,5,7', u'Shanghai', u'Salford', u'IIIb 16:l,v:z', u'Losangeles', u'Boecker', u'IIIb 16:l,v:z53', u'IIIb 6,7:l,v:1,5,7', u'Maracaibo', u'Fann', u'Bullbay', u'IIIb 11:l,v:z', u'Irumu', u'IIIb 11:l,v:z53', u'IIIb 16:l,v:z35', u'Roan', u'Bredeney', u'Kimuenza', u'II [1],4,12,27:l,v:e,n,x', u'Brandenburg', u'Pakistan', u'Litchfield', u'VI 50:l,v:z67', u'Kimberley', u'IIIb 42:l,v:e,n,x,z15', u'IIIb 38:l,v:z35', u'IIIb 38:l,v:[z53]', u'IV 47:l,v:-', u'IIIb 47:l,v:z57', u'IIIb 47:l,v:z53', u'IIIb 47:l,v:z35', u'Alger', u'Ligeo', u'IIIb 50:l,v:z57', u'IIIb 50:l,v:z35', u'IIIb 50:l,v:z', u'IIIb 50:l,v:e,n,x,z15', u'Toronto', u'Geraldton', u'IIIb 35:l,v:z35', u'Fass', u'IIIb 35:l,v:e,n,x,z15', u'Donna', u'IIIb 48:l,v:z', u'IIIb 48:l,v:1,5,(7)', u'Australia', u'Fyris', u'Clackamas', u'Drac', u'India', u'Panama', u'IIIb 47:l,v:z', u'Taylor', u'II 9,12:l,v:z39', u'Goettingen', u'II 9,12:l,v:e,n,x', u'Zaiman', u'IIIb [1],40:l,v:z53', u'Houston', u'IIIb 40:l,v:z', u'Mendoza', u'IIIb 43:l,v:z53', u'IIIb 42:l,v:z53', u'IIIb 42:l,v:z', u'Coogee', u'IIIb 42:l,v:1,5,7', u'II 42:l,v:e,n,x,z15', u'Kapemba', u'Holcomb', u'Azteca', u'IIIb 47:l,v:1,[5],7', u'II 39:l,v:1,5', u'Kokomlemle', u'Oerlikon', u'Loanda', u'Imo', u'Manchester', u'IIIb 47:l,v:e,n,x,z15', u'II 6,8:l,v:e,n,x', u'Edmonton', u'Lund', u'II [1],4,12,27:l,v:z39', u'Millesi', u'Canary', u'II 40:l,v:e,n,x', u'Amherstiana', u'Nashua', u'IIIb 61:l,v:z35', u'IIIb 61:l,v:z', u'IIIb 61:l,v:1,5,7', u'IIIb 60:l,v:z', u'IIIb 59:l,v:z53', u'IIIb 59:l,v:z', u'IIIb 52:l,v:z53', u'Vitkin', u'IIIb 21:l,v:z', u'IIIb 58:l,v:z35', u'IIIb 58:l,v:e,n,x,z15', u'II 56:l,v:z39', u'IIIb 53:l,v:z35', u'IIIb 53:l,v:z', u'IIIb 53:l,v:e,n,x,z15', u'Leoben', u'IIIb 65:l,v:z35', u'Koessen', u'Morotai', u'Michigan', u'Lancaster', u'Carmel', u'IIIb 17:l,v:e,n,x,z15', u'IIIb 65:l,v:e,n,x,z15', u'IIIb 65:l,v:z53', u'Harcourt', u'IIIb 18:l,v:e,n,x,z15', u'Orlando', u'IIIb 18:l,v:z', u'IIIb 18:l,v:z53', u'IIIb 65:l,v:z', u'IIIb 35:l,v:1,5,7', u'IIIb 21:l,v:z57', u'IIIb 17:l,v:z35', u'Dadzie', u'Overschie', u'IIIb 51:l,v:z', u'II 13,23:l,w:e,n,x', u'Ayton', u'Victoria', u'II [1],9,12:l,w:e,n,x', u'Toulon', u'Blancmesnil', u'II 6,8:l,w:z6', u'Keve', u'Gabon', u'Ackwepe', u'Glidji', u'Essingen', u'Lomnava', u'Brooklyn', u'Westeinde', u'Fayed', u'Assinie', u'Epalinges', u'Marsabit', u'Colorado', u'II 6,7:l,w:1,5,7', u'Langeveld', u'II 6,7:l,w:z42', u'II 4,12:l,w:e,n,x', u'II [1],42:l,w:e,n,x', u'II 16:l,w:z6', u'Parakou', u'Overchurch', u'Togo', u'II 50:l,w:e,n,x,z15', u'Fulda', u'Zigong', u'Mono', u'Ramsey', u'IIIb 48:l,w:1,5,7', u'Freiburg', u'Uganda', u'Tours', u'Taiping', u'Miyazaki', u'Itami', u'Kenya', u'Mandera', u'Winterthur', u'Westerstede', u'Sudan', u'Nessziona', u'Napoli', u'Haduna', u'Breukelen', u'Neukoelln', u'II 43:l,z13,z28:1,5', u'Makiso', u'II 58:l,z13,z28:z6', u'Ockenheim', u'Lokstedt', u'Osnabrueck', u'Morocco', u'Strathcona', u'Catalunia', u'Penilla', u'Teshie', u'Battle', u'II 41:l,z13,z28:e,n,x,z15', u'Ablogame', u'Koblenz', u'II 58:l,z13,z28:1,5', u'Nordrhein', u'Kano', u'Kubacha', u'Hiduddify', u'Fallowfield', u'Hoghton', u'Vom', u'Bedford', u'Connecticut', u'II 1,9,12,46,27:l,z13,z28:z39', u'Tiko', u'II 53:l,z28:z39', u'II 51:l,z28:z6', u'II 53:l,z28:z6', u'II 53:l,z28:e,n,x', u'II 50:l,z28:z42', u'II 51:l,z28:z39', u'II 56:l,z28:-', u'Joal', u'II 6,7:l,z28:z6', u'Tomelilla', u'II 11:l,z28:e,n,x', u'Lamin', u'II 13,22:l,z28:1,5', u'Kindia', u'Reinickendorf', u'II [1],4,12:l,z28:[e,n,x]', u'II 6,8:l,z28:e,n,x', u'Malika', u'Moundou', u'II 3,10:l,z28:z39', u'II [1],13,23:l,z28:z42', u'II 13,23:l,z28:z6', u'II 13,23:l,z28:1,5', u'II 3,10:l,z28:1,5', u'II 39:l,z28:e,n,x', u'Kotu', u'II 9,12:l,z28:1,5', u'II 9,12:l,z28:e,n,x', u'York', u'Aflao', u'II [1],40:l,z28:z39', u'Santhiaba', u'II [1],40:l,z28:1,5', u'Bukavu', u'Javiana', u'II 6,7:l,z28:e,n,x', u'II 39:l,z28:z39', u'II 3,10:l,z28:e,n,x', u'II 6,7:l,z28:1,5', u'II 35:l,z28:-', u'II 30:l,z28:z6', u'II 16:l,z28:z42', u'II 28:l,z28:e,n,x', u'Fajara', u'II 28:l,z28:1,5', u'Jambur', u'Granlo', u'II 40:l,z28:e,n,x', u'Haelsingborg', u'II [1],40:m,t:z42', u'II 1,6,14:m,t:1,5', u'II 13,22:m,t:z42', u'II [1],13,23:m,t:z42', u'Kintambo', u'Bassa', u'II [1],44:m,t:z42', u'II [1],13,23:m,t:1,5', u'IV 40:m,t:-', u'Washington', u'II 40:m,t:z39', u'II 40:m,t:e,n,x', u'Newholland', u'II 9,46:m,t:e,n,x', u'II [1],9,12:m,t:z39', u'Leatherhead', u'Sangalkam', u'Muguga', u'Apapa', u'II 50:m,t:z6', u'Yokoe', u'II 6,8:m,t:1,5', u'Pensacola', u'II [1],9,12:m,t:1,5', u'Banana', u'II 11:m,t:e,n,x', u'II [1],13,23:m,t:e,n,x', u'II 45:m,t:1,5', u'II 3,10:m,t:e,n,x', u'Oranienburg', u'Madras', u'Djinten', u'II 6,8:m,t:e,n,x', u'II 6,7:m,t:-', u'Oakey', u'Winston', u'Moers', u'Cannstatt', u'Bama', u'II 17:m,t:-', u'II 42:m,t:[e,n,x,z15]', u'II 35:m,t:-', u'Monschaui', u'II 18:m,t:1,5', u'Langenhorn', u'Mesbit', u'II 21:m,t:-', u'IV 21:m,t:-', u'Kaitaan', u'Rothenburgsort', u'Mpouto', u'II 30:m,t:-', u'II 28:m,t:z39', u'II 6,14:m,t:e,n,x', u'Southbank', u'II 3,10:m,t:1,5', u'Morillons', u'II 16:m,t:[z42]', u'Morbihan', u'Waral', u'Dietrichsdorf', u'Vinohrady', u'II 16:m,t:e,n,x', u'II 28:m,t:[e,n,x]', u'II 9,12:m,t:e,n,x', u'Senegal', u'Rubislaw', u'IIIb 35:r:e,n,x,z15', u'Clanvillian', u'IIIb 42:r:z53', u'Gege', u'IIIb 48:r:z', u'IIIb 48:r:e,n,x,z15', u'Quincy', u'Volta', u'IIIb 42:r:z', u'Grandhaven', u'Brive', u'IIIb 61:r:z35', u'IIIb 58:r:z53', u'IIIb 59:r:z35', u'IIIb 60:r:e,n,x,z15', u'IIIb 60:r:z', u'IIIb 60:r:z35', u'IIIb 60:r:z53', u'IIIb 21:r:z', u'Mountmagnet', u'II 28:r:e,n,z15', u'IIIb 61:r:z', u'Lubumbashi', u'IIIb 61:r:z53', u'Konongo', u'Yalding', u'IIIb 18:r:z', u'Tennenlohe', u'Crossness', u'IIIb 17:r:z', u'Lode', u'IIIb 65:r:z35', u'IIIb 61:r:1,5,7', u'Ivory', u'Shoreditch', u'Sokode', u'IIIb 50:r:1,5,(7)', u'IIIb 50:r:e,n,x,z15', u'IIIb 50:r:z', u'IIIb 50:r:z35', u'IIIb 50:r:z53', u'Fairfield', u'Massakory', u'IIIb 58:r:z', u'IIIb 47:r:e,n,x,z15', u'IIIb 58:r:e,n,x,z15', u'Brunflo', u'Lehrte', u'Bassadji', u'Sipane', u'IIIb 53:r:z', u'IIIb 53:r:z35', u'IIIb 53:r:z68', u'Czernyring', u'Deckstein', u'Kibusi', u'Camberwell', u'Yellowknife', u'IIIb (6),14:r:z', u'Heidelberg', u'Bradford', u'Winneba', u'Remo', u'Goldcoast', u'IIIb 8:r:z', u'44:r:-', u'IIIb 35:r:z', u'Albertbanjul', u'IIIb 47:r:1,5,7', u'IIIb 40:r:z53', u'Southampton', u'Brefet', u'Jamaica', u'IIIb 43:r:e,n,x,z15', u'13,22:r:-', u'Adjame', u'Linton', u'Grampian', u'Papuana', u'IIIb 43:r:z53', u'IIIb 43:r:z', u'Weltevreden', u'Simi', u'Elisabethville', u'Ughelli', u'Bochum', u'Emmastad', u'Infantis', u'Campinense', u'Lome', u'Virchow', u'IIIb 42:r:-', u'II 42:r:-', u'Nigeria', u'IIIb 38:r:e,n,x,z15', u'IIIb 38:r:z', u'IIIb 38:r:1,5,7', u'Lindi', u'Dapango', u'IIIb 47:r:z', u'IIIb 47:r:z53', u'IIIb 35:r:z61', u'IIIb 35:r:z35', u'IIIb 38:r:z35', u'Akanji', u'Hindmarsh', u'Noya', u'Colindale', u'Kofandoka', u'Bsilla', u'Sanktgeorg', u'IIIb 47:r,[i]:z35', u'Bovismorbificans', u'Hidalgo', u'Drogana', u'Brikama', u'Surat', u'Altona', u'Chicago', u'Rovaniemi', u'Fareham', u'Euston', u'Dumfries', u'Seegefeld', u'Africana', u'Banco', u'Lutetia', u'Annedal', u'Istoria', u'Zwickau', u'Cocody', u'Amager', u'Praha', u'Mayday', u'Nantes', u'Irchel', u'Bolton', u'Ohlstedt', u'Orion', u'II [1],9,12:y:z39', u'Powell', u'Benin', u'Hartford', u'Mikawasima', u'Mokola', u'Giza', u'Bulgaria', u'Tananarive', u'II 6,8:y:1,6', u'Alagbon', u'Inchpark', u'Sunnycove', u'Daarle', u'Richmond', u'Lamphun', u'Bareilly', u'Kralingen', u'Benue', u'Sindelfingen', u'II 1,9,12,46,27:y:z39', u'Gatow', u'Oyonnax', u'Stockholm', u'Langensalza', u'Brunei', u'Dougi', u'Perth', u'Baguirmi', u'Nijmegen', u'Teddington', u'Finaghy', u'Ruiru', u'Ibaragi', u'Bietri', u'Coeln', u'Matopeni', u'Saphra', u'Akuafo', u'Harvestehude', u'Selby', u'Avignon', u'Freetown', u'Colombo', u'Trachau', u'Pomona', u'Oskarshamn', u'Nima', u'Ball', u'Steinwerder', u'Kingabwa', u'Farcha', u'Jos', u'Steinplatz', u'Carrau', u'Spalentor', u'Kitenge', u'Telaviv', u'Madelia', u'Fischerkietz', u'Mornington', u'Shomolu', u'II 17:y:-', u'Kamoru', u'Moualine', u'Solt', u'Delan', u'Gatineau', u'Kikoma', u'Herzliya', u'Woumbou', u'Windermere', u'Odienne', u'Cannonhill', u'Blitta', u'Jalisco', u'Lokomo', u'Slade', u'Thies', u'II 18:y:e,n,x,z15', u'Troy', u'Tunis', u'Ordonez', u'Hadejia', u'Yarrabah', u'Tanger', u'Anfo', u'Kinson', u'Krefeld', u'Tendeba', u'Warengo', u'Gori', u'II 17:z:l,w', u'II 47:z:e,n,x,z15', u'Daula', u'II 17:z:1,7', u'Mountpleasant', u'Potengi', u'Arusha', u'Uhlenhorst', u'Brackenridge', u'II 45:z:1,5', u'Yopougon', u'II 6,8:z:1,5', u'II 6,7:z:z42', u'Kuru', u'Kaolack', u'Bolama', u'Mowanjum', u'Marmande', u'Phaliron', u'Kalumburu', u'II 45:z:z39', u'Lawndale', u'Vanier', u'Koenigstuhl', u'Stachus', u'Preston', u'Entebbe', u'II 4,12:z:z39', u'II 9,12:z:z39', u'II [1],9,12:z:z6', u'Aurelianis', u'Ursenbach', u'Kimpese', u'II 42:z:e,n,x,z15', u'Mulhouse', u'Sally', u'II 21:z:-', u'II [1],40:z:1,5', u'Casamance', u'Nowawes', u'II [1],40:z:z6', u'II [1],40:z:z39', u'II 40:z:z42', u'II 41:z:1,5', u'II [1],9,12:z:1,7', u'II 28:z:z39', u'Ogbete', u'Shubra', u'II 9,46:z:z39', u'Bambylor', u'II 9,46:z:e,n,x', u'II 9,46:z:1,5', u'II 28:z:1,5', u'Dingiri', u'Doel', u'II 42:z:1,5', u'Brisbane', u'II 43:z:1,5', u'Hohentwiel', u'Kiambu', u'II [1],4,12,27:z:1,5', u'Loubomo', u'Indiana', u'II 4,12:z:1,7', u'Neftenbach', u'II [1],4,12,27:z:e,n,x', u'II 42:z:z6', u'Melbourne', u'Ezra', u'Chile', u'Oakland', u'II 6,7:z:1,5', u'Tanzania', u'Ivrysurseine', u'II 56:z:z6', u'Bristol', u'Poano', u'Poitiers', u'II [1],13,23:z:1,5', u'II 53:z:z6', u'IIIb 53:z:1,5,(7)', u'II 53:z:1,5', u'IIIb 52:z:z52', u'Homosassa', u'Soahanina', u'Royan', u'II [1],59:z:z6', u'Huddinge', u'Farmsen', u'Tchamba', u'Poona', u'II 47:z:z6', u'Worthington', u'II 3,10:z:z39', u'Landwasser', u'Cayar', u'II 3,10:z:e,n,x', u'Winslow', u'Harleystreet', u'II 3,10:z:1,5', u'Fufu', u'II [1],13,23:z:z42', u'II 13,22:z:-', u'IIIb 13,23:z:1,5', u'Sundsvall', u'Clerkenwell', u'Schoeneberg', u'II 52:z:z39', u'Bouake', u'Kanifing', u'II 16:z:z42', u'II 6,7:z:z6', u'II 6,7:z:z39', u'II 16:z:e,n,x', u'Carno', u'Brevik', u'Lerum', u'Kainji', u'IIIb 48:z:1,5,7', u'II 48:z:1,5', u'Toucra', u'Korlebu', u'II 60:z:e,n,x', u'Hongkong', u'Crewe', u'II 11:z:z39', u'Lechler', u'Treforest', u'Antsalova', u'Nyanza', u'Bruck', u'Maroua', u'Businga', u'IIIb 50:z:z52', u'II 50:z:e,n,x', u'Gerland', u'II 6,7:z:e,n,x', u'Fortlamy', u'Lingwala', u'Kassel', u'II 11:z:e,n,x', u'Jerusalem', u'Redba', u'Omuna', u'II 41:z10:e,n,x,z15', u'II 41:z10:z6', u'Inganda', u'IIIb 65:z10:z', u'IIIb 65:z10:e,n,x,z15', u'Tudu', u'Vellore', u'Fortune', u'Mura', u'Menden', u'Hadar', u'Eschweiler', u'IIIb 61:z10:z35', u'Ngili', u'Albert', u'Mbandaka', u'Ituri', u'Haifa', u'II 41:z10:1,2', u'Leipzig', u'Landala', u'Inpraw', u'Djugu', u'Tokoin', u'Aprad', u'II 56:z10:e,n,x', u'Barry', u'Canton', u'IIIb 53:z10:z35', u'IIIb 53:z10:z', u'Bergues', u'IIIb 50:z10:z53', u'II 50:z10:z6', u'IIIb 50:z10:z', u'Adana', u'Glostrup', u'Llobregat', u'Zerifin', u'IIIb 48:z10:z', u'IIIb 48:z10:e,n,x,z15', u'Isaszeg', u'II 48:z10:1,6', u'VI 48:z10:1,5', u'IIIb 40:z10:z35', u'II 48:z10:[1,5]', u'IIIb 47:z10:z35', u'IIIb 47:z10:z', u'Namoda', u'IIIb 47:z10:1,5,7', u'Guinea', u'Molade', u'IIIb 60:z10:z35', u'IIIb 60:z10:z', u'IIIb 59:z10:z57', u'IIIb 59:z10:z53', u'II 42:z10:1,2', u'II 42:z10:e,n,x,z15', u'IIIb 42:z10:e,n,x,z15', u'IIIb 42:z10:z', u'Loenga', u'II 42:z10:z6', u'IIIb 42:z10:z35', u'IIIb 57:z10:z', u'Wippra', u'Bazenheid', u'Remiremont', u'Chomedey', u'Istanbul', u'IIIb 58:z10:z53', u'II 58:z10:z6', u'IIIb 58:z10:e,n,x,z15', u'II 58:z10:1,6', u'Cleveland', u'Mapo', u'Paris', u'IIIb 60:z10:z53', u'IIIb 42:z10:z67', u'IIIb 28:z10:z', u'Luckenwalde', u'Moroto', u'IIIb 17:z10:z', u'IIIb 17:z10:e,n,x,z15', u'Djibouti', u'Angouleme', u'Redlands', u'IIIb 16:z10:e,n,x,z15', u'Lisboa', u'VI 1,6,14,25:z10:1,(2),7', u'Badagry', u'Libreville', u'II 18:z10:z6', u'II 1,6,14:z10:z6', u'IIIb (6),14:z10:e,n,x,z15', u'Sada', u'Senneville', u'Kumasi', u'II 30:z10:e,n,x,z15', u'Laredo', u'II 1,6,14:z10:1,5', u'IIIb 16:z10:1,7', u'IIIb 21:z10:z53', u'Carnac', u'Leer', u'IIIb 18:z10:e,n,x,z15', u'II 40:z10:e,n,x', u'II 39:z10:z6', u'IIIb 21:z10:e,n,x,z15', u'IIIb 21:z10:z', u'II 1,9,12,46,27:z10:z39', u'II 1,9,12,46,27:z10:e,n,x', u'Umbilo', u'II 21:z10:[z6]', u'Malaysia', u'II 17:z10:-', u'II 9,46:z10:z39', u'II 9,46:z10:z6', u'Louisiana', u'Mahina', u'Inglis', u'Lishabi', u'Rogy', u'Farakan', u'IIIb (6),14:z10:z', u'II 1,9,12,46,27:z10:1,5', u'IIIb 6,14:z10:z53', u'Lexington', u'Ruanda', u'Wentworth', u'II [1],13,22:z10:z6', u'Neunkirchen', u'IIIb 38:z10:z', u'IIIb 38:z10:z53', u'Harrisonburg', u'Roodepoort', u'Okerara', u'Treguier', u'Portland', u'Demerara', u'Sapele', u'Hegau', u'Dallgow', u'Yenne', u'Telhashomer', u'Straengnaes', u'Coquilhatville', u'Podiensis', u'Kristianstad', u'Biafra', u'Camberene', u'Enschede', u'Ligna', u'IIIb 35:z10:z35', u'Trotha', u'Nessa', u'IIIa 62:z29:-', u'Everleigh', u'II 44:z29:e,n,x', u'Zinder', u'IV 17:z29:-', u'IIIa 45:z29:-', u'IIIa 59:z29:-', u'IV 44:z29:-', u'II 60:z29:e,n,x', u'II 45:z29:z42', u'II 45:z29:e,n,x', u'II 45:z29:1,5', u'Jodhpur', u'IIIa 17:z29:-', u'Kandla', u'II [1],13,23:z29:e,n,x', u'II 51:z29:e,n,x,z15', u'Jedburgh', u'IIIa 50:z29:-', u'Ivorycoast', u'II 43:z29:z42', u'II 3,10:z29:[e,n,x]', u'IV 48:z29:-', u'IIIa 53:z29:-', u'IIIa 48:z29:-', u'II 48:z29:-', u'II 57:z29:z42', u'Agoueve', u'II 13,22:z29:1,5', u'Mundubbera', u'II [1],13,23:z29:1,5', u'Saloniki', u'II 16:z29:1,5', u'II 16:z29:e,n,x', u'IIIa 47:z29:-', u'Ekpoui', u'II 47:z29:e,n,x,z15', u'II 13,22:z29:e,n,x', u'IIIa 56:z29:-', u'Cubana', u'II 35:z29:e,n,x', u'II 6,8:z29:1,5', u'II 6,8:z29:e,n,x:z42', u'Tamale', u'Uno', u'II 6,8:z29:e,n,x', u'II 6,7:z29:[z42]', u'Tennessee', u'II 42:z29:-', u'Djermaia', u'IIIa 43:z29:-', u'II 28:z29:1,5', u'Ouakam', u'Aragua', u'Djama', u'Widemarsh', u'IIIa 35:z29:-', u'IV 41:z29:-', u'IIIa 41:z29:-', u'Lodz', u'II [1],9,12:z29:e,n,x', u'II 9,12:z29:1,5', u'Llandoff', u'Brancaster', u'II [1],4,12:z29:e,n,x', u'IIIa 40:z29:-', u'Omifisan', u'II 28:z29:e,n,x', u'IIIa 21:z29:-', u'II 43:z29:e,n,x', u'Makiling', u'IV 43:z29:-', u'Hillegersberg', u'Santander', u'Babili', u'Konolfingen', u'Cairina', u'Pasing', u'Wuiti', u'Tafo', u'66:z35:-', u'Catumagos', u'Ratchaburi', u'Aachen', u'Palime', u'Kokoli', u'48:z35:-', u'Shannon', u'Yaounde', u'Anna', u'Picpus', u'Nimes', u'Mampong', u'Carpentras', u'Ahoutoue', u'Penarth', u'IIIb 48:z35:z52', u'Bingerville', u'II 3,10:z35:e,n,x,z15', u'61:z35:-', u'II [1],40:z35:e,n,x,z15', u'II 16:z35:e,n,x', u'Dakota', u'Trier', u'Lattenkamp', u'Basingstoke', u'Yombesali', u'Gambaga', u'Yekepa', u'Zongo', u'Tema', u'Ahepe', u'Sloterdijk', u'Kolda', u'Hennekamp', u'Yarm', u'[1],40:z35:-', u'Tienba', u'Trimdon', 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Binary file SeqSero2/Initial_Conditions.pyc has changed
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@@ -0,0 +1,339 @@
+GNU GENERAL PUBLIC LICENSE
+                       Version 2, June 1991
+
+ Copyright (C) 1989, 1991 Free Software Foundation, Inc., <http://fsf.org/>
+ 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA
+ Everyone is permitted to copy and distribute verbatim copies
+ of this license document, but changing it is not allowed.
+
+                            Preamble
+
+  The licenses for most software are designed to take away your
+freedom to share and change it.  By contrast, the GNU General Public
+License is intended to guarantee your freedom to share and change free
+software--to make sure the software is free for all its users.  This
+General Public License applies to most of the Free Software
+Foundation's software and to any other program whose authors commit to
+using it.  (Some other Free Software Foundation software is covered by
+the GNU Lesser General Public License instead.)  You can apply it to
+your programs, too.
+
+  When we speak of free software, we are referring to freedom, not
+price.  Our General Public Licenses are designed to make sure that you
+have the freedom to distribute copies of free software (and charge for
+this service if you wish), that you receive source code or can get it
+if you want it, that you can change the software or use pieces of it
+in new free programs; and that you know you can do these things.
+
+  To protect your rights, we need to make restrictions that forbid
+anyone to deny you these rights or to ask you to surrender the rights.
+These restrictions translate to certain responsibilities for you if you
+distribute copies of the software, or if you modify it.
+
+  For example, if you distribute copies of such a program, whether
+gratis or for a fee, you must give the recipients all the rights that
+you have.  You must make sure that they, too, receive or can get the
+source code.  And you must show them these terms so they know their
+rights.
+
+  We protect your rights with two steps: (1) copyright the software, and
+(2) offer you this license which gives you legal permission to copy,
+distribute and/or modify the software.
+
+  Also, for each author's protection and ours, we want to make certain
+that everyone understands that there is no warranty for this free
+software.  If the software is modified by someone else and passed on, we
+want its recipients to know that what they have is not the original, so
+that any problems introduced by others will not reflect on the original
+authors' reputations.
+
+  Finally, any free program is threatened constantly by software
+patents.  We wish to avoid the danger that redistributors of a free
+program will individually obtain patent licenses, in effect making the
+program proprietary.  To prevent this, we have made it clear that any
+patent must be licensed for everyone's free use or not licensed at all.
+
+  The precise terms and conditions for copying, distribution and
+modification follow.
+
+                    GNU GENERAL PUBLIC LICENSE
+   TERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
+
+  0. This License applies to any program or other work which contains
+a notice placed by the copyright holder saying it may be distributed
+under the terms of this General Public License.  The "Program", below,
+refers to any such program or work, and a "work based on the Program"
+means either the Program or any derivative work under copyright law:
+that is to say, a work containing the Program or a portion of it,
+either verbatim or with modifications and/or translated into another
+language.  (Hereinafter, translation is included without limitation in
+the term "modification".)  Each licensee is addressed as "you".
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+Activities other than copying, distribution and modification are not
+covered by this License; they are outside its scope.  The act of
+running the Program is not restricted, and the output from the Program
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+Whether that is true depends on what the Program does.
+
+  1. You may copy and distribute verbatim copies of the Program's
+source code as you receive it, in any medium, provided that you
+conspicuously and appropriately publish on each copy an appropriate
+copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact all the
+notices that refer to this License and to the absence of any warranty;
+and give any other recipients of the Program a copy of this License
+along with the Program.
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+You may charge a fee for the physical act of transferring a copy, and
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+of it, thus forming a work based on the Program, and copy and
+distribute such modifications or work under the terms of Section 1
+above, provided that you also meet all of these conditions:
+
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+
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+    whole or in part contains or is derived from the Program or any
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+
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+and can be reasonably considered independent and separate works in
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+
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+with the Program (or with a work based on the Program) on a volume of
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+the scope of this License.
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+  3. You may copy and distribute the Program (or a work based on it,
+under Section 2) in object code or executable form under the terms of
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+
+    a) Accompany it with the complete corresponding machine-readable
+    source code, which must be distributed under the terms of Sections
+    1 and 2 above on a medium customarily used for software interchange; or,
+
+    b) Accompany it with a written offer, valid for at least three
+    years, to give any third party, for a charge no more than your
+    cost of physically performing source distribution, a complete
+    machine-readable copy of the corresponding source code, to be
+    distributed under the terms of Sections 1 and 2 above on a medium
+    customarily used for software interchange; or,
+
+    c) Accompany it with the information you received as to the offer
+    to distribute corresponding source code.  (This alternative is
+    allowed only for noncommercial distribution and only if you
+    received the program in object code or executable form with such
+    an offer, in accord with Subsection b above.)
+
+The source code for a work means the preferred form of the work for
+making modifications to it.  For an executable work, complete source
+code means all the source code for all modules it contains, plus any
+associated interface definition files, plus the scripts used to
+control compilation and installation of the executable.  However, as a
+special exception, the source code distributed need not include
+anything that is normally distributed (in either source or binary
+form) with the major components (compiler, kernel, and so on) of the
+operating system on which the executable runs, unless that component
+itself accompanies the executable.
+
+If distribution of executable or object code is made by offering
+access to copy from a designated place, then offering equivalent
+access to copy the source code from the same place counts as
+distribution of the source code, even though third parties are not
+compelled to copy the source along with the object code.
+
+  4. You may not copy, modify, sublicense, or distribute the Program
+except as expressly provided under this License.  Any attempt
+otherwise to copy, modify, sublicense or distribute the Program is
+void, and will automatically terminate your rights under this License.
+However, parties who have received copies, or rights, from you under
+this License will not have their licenses terminated so long as such
+parties remain in full compliance.
+
+  5. You are not required to accept this License, since you have not
+signed it.  However, nothing else grants you permission to modify or
+distribute the Program or its derivative works.  These actions are
+prohibited by law if you do not accept this License.  Therefore, by
+modifying or distributing the Program (or any work based on the
+Program), you indicate your acceptance of this License to do so, and
+all its terms and conditions for copying, distributing or modifying
+the Program or works based on it.
+
+  6. Each time you redistribute the Program (or any work based on the
+Program), the recipient automatically receives a license from the
+original licensor to copy, distribute or modify the Program subject to
+these terms and conditions.  You may not impose any further
+restrictions on the recipients' exercise of the rights granted herein.
+You are not responsible for enforcing compliance by third parties to
+this License.
+
+  7. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent
+infringement or for any other reason (not limited to patent issues),
+conditions are imposed on you (whether by court order, agreement or
+otherwise) that contradict the conditions of this License, they do not
+excuse you from the conditions of this License.  If you cannot
+distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under this
+License and any other pertinent obligations, then as a consequence you
+may not distribute the Program at all.  For example, if a patent
+license would not permit royalty-free redistribution of the Program by
+all those who receive copies directly or indirectly through you, then
+the only way you could satisfy both it and this License would be to
+refrain entirely from distribution of the Program.
+
+If any portion of this section is held invalid or unenforceable under
+any particular circumstance, the balance of the section is intended to
+apply and the section as a whole is intended to apply in other
+circumstances.
+
+It is not the purpose of this section to induce you to infringe any
+patents or other property right claims or to contest validity of any
+such claims; this section has the sole purpose of protecting the
+integrity of the free software distribution system, which is
+implemented by public license practices.  Many people have made
+generous contributions to the wide range of software distributed
+through that system in reliance on consistent application of that
+system; it is up to the author/donor to decide if he or she is willing
+to distribute software through any other system and a licensee cannot
+impose that choice.
+
+This section is intended to make thoroughly clear what is believed to
+be a consequence of the rest of this License.
+
+  8. If the distribution and/or use of the Program is restricted in
+certain countries either by patents or by copyrighted interfaces, the
+original copyright holder who places the Program under this License
+may add an explicit geographical distribution limitation excluding
+those countries, so that distribution is permitted only in or among
+countries not thus excluded.  In such case, this License incorporates
+the limitation as if written in the body of this License.
+
+  9. The Free Software Foundation may publish revised and/or new versions
+of the General Public License from time to time.  Such new versions will
+be similar in spirit to the present version, but may differ in detail to
+address new problems or concerns.
+
+Each version is given a distinguishing version number.  If the Program
+specifies a version number of this License which applies to it and "any
+later version", you have the option of following the terms and conditions
+either of that version or of any later version published by the Free
+Software Foundation.  If the Program does not specify a version number of
+this License, you may choose any version ever published by the Free Software
+Foundation.
+
+  10. If you wish to incorporate parts of the Program into other free
+programs whose distribution conditions are different, write to the author
+to ask for permission.  For software which is copyrighted by the Free
+Software Foundation, write to the Free Software Foundation; we sometimes
+make exceptions for this.  Our decision will be guided by the two goals
+of preserving the free status of all derivatives of our free software and
+of promoting the sharing and reuse of software generally.
+
+                            NO WARRANTY
+
+  11. BECAUSE THE PROGRAM IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO WARRANTY
+FOR THE PROGRAM, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW.  EXCEPT WHEN
+OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR OTHER PARTIES
+PROVIDE THE PROGRAM "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EITHER EXPRESSED
+OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF
+MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  THE ENTIRE RISK AS
+TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE PROGRAM IS WITH YOU.  SHOULD THE
+PROGRAM PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING,
+REPAIR OR CORRECTION.
+
+  12. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO IN WRITING
+WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY AND/OR
+REDISTRIBUTE THE PROGRAM AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOU FOR DAMAGES,
+INCLUDING ANY GENERAL, SPECIAL, INCIDENTAL OR CONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING
+OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE PROGRAM (INCLUDING BUT NOT LIMITED
+TO LOSS OF DATA OR DATA BEING RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY
+YOU OR THIRD PARTIES OR A FAILURE OF THE PROGRAM TO OPERATE WITH ANY OTHER
+PROGRAMS), EVEN IF SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE
+POSSIBILITY OF SUCH DAMAGES.
+
+                     END OF TERMS AND CONDITIONS
+
+            How to Apply These Terms to Your New Programs
+
+  If you develop a new program, and you want it to be of the greatest
+possible use to the public, the best way to achieve this is to make it
+free software which everyone can redistribute and change under these terms.
+
+  To do so, attach the following notices to the program.  It is safest
+to attach them to the start of each source file to most effectively
+convey the exclusion of warranty; and each file should have at least
+the "copyright" line and a pointer to where the full notice is found.
+
+    {description}
+    Copyright (C) {year}  {fullname}
+
+    This program is free software; you can redistribute it and/or modify
+    it under the terms of the GNU General Public License as published by
+    the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
+    (at your option) any later version.
+
+    This program is distributed in the hope that it will be useful,
+    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+    GNU General Public License for more details.
+
+    You should have received a copy of the GNU General Public License along
+    with this program; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
+    51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA.
+
+Also add information on how to contact you by electronic and paper mail.
+
+If the program is interactive, make it output a short notice like this
+when it starts in an interactive mode:
+
+    Gnomovision version 69, Copyright (C) year name of author
+    Gnomovision comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY; for details type `show w'.
+    This is free software, and you are welcome to redistribute it
+    under certain conditions; type `show c' for details.
+
+The hypothetical commands `show w' and `show c' should show the appropriate
+parts of the General Public License.  Of course, the commands you use may
+be called something other than `show w' and `show c'; they could even be
+mouse-clicks or menu items--whatever suits your program.
+
+You should also get your employer (if you work as a programmer) or your
+school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the program, if
+necessary.  Here is a sample; alter the names:
+
+  Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in the program
+  `Gnomovision' (which makes passes at compilers) written by James Hacker.
+
+  {signature of Ty Coon}, 1 April 1989
+  Ty Coon, President of Vice
+
+This General Public License does not permit incorporating your program into
+proprietary programs.  If your program is a subroutine library, you may
+consider it more useful to permit linking proprietary applications with the
+library.  If this is what you want to do, use the GNU Lesser General
+Public License instead of this License.
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/SeqSero2/README.md	Fri Nov 09 11:30:45 2018 -0500
@@ -0,0 +1,84 @@
+# SeqSero2 alpha-test version
+Salmonella serotyping from genome sequencing data
+
+
+# Introduction
+SeqSero2 is a pipeline for Salmonella serotype determination from raw sequencing reads or genome assemblies. This is a alpha test version. A web app will be available soon.
+
+
+# Dependencies
+SeqSero has two modes:
+
+
+(A) k-mer based mode (default), which applies unique k-mers of serotype determinant alleles to determine Salmonella serotypes in a fast speed. Special thanks to Dr. Hendrik Den Bakker for his significant contribution to this mode, details can be found in [SeqSeroK](https://github.com/hcdenbakker/SeqSeroK) and [SalmID](https://github.com/hcdenbakker/SalmID).
+
+K-mer mode is a independant pipeline, it only requires:
+
+1. Python 3;
+2. [SRA Toolkit](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software) (optional, just used to fastq-dump sra files);
+
+
+(B) allele based mode (if users want to extract serotype determinant alleles), which applies a hybrid approach of reads-mapping and micro-assembly.
+
+Allele mode depends on:
+
+1. Python 3;
+
+2. [Burrows-Wheeler Aligner](http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/);
+
+3. [Samtools](http://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/);
+
+4. [NCBI BLAST](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download);
+
+5. [SRA Toolkit](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software);
+
+6. [SPAdes](http://bioinf.spbau.ru/spades);
+
+7. [Bedtools](http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/);
+
+8. [SalmID](https://github.com/hcdenbakker/SalmID).
+
+
+# Executing the code
+Make sure all SeqSero2 and its dependency executables are added to your path (e.g. to ~/.bashrc). Then type SeqSero2_package.py to get detailed instructions.
+
+    Usage: SeqSero2_package.py
+
+    -m <string> (which mode to apply, 'k'(kmer mode), 'a'(allele mode), default=k)
+
+    -t <string> (input data type, '1' for interleaved paired-end reads, '2' for separated paired-end reads, '3' for single reads, '4' for genome assembly, '5' for nanopore fasta, '6'for nanopore fastq)
+
+    -i <file> (/path/to/input/file)
+
+    -p <int> (number of threads for allele mode, if p >4, only 4 threads will be used for assembly since the amount of extracted reads is small, default=1)
+
+    -b <string> (algorithms for bwa mapping for allele mode; 'mem' for mem, 'sam' for samse/sampe; default=mem; optional; for now we only optimized for default "mem" mode)
+
+    -d <string> (output directory name, if not set, the output directory would be 'SeqSero_result_'+time stamp+one random number)
+
+	-c <flag> (if '-c' was flagged, SeqSero2 will use clean mode and only output serotyping prediction without the directory containing log files)
+
+
+# Examples
+K-mer mode:
+
+    # K-mer (default), for separated paired-end raw reads ("-t 2")
+	SeqSero2_package.py -t 2 -i R1.fastq.gz R2.fastq.gz
+
+	# K-mer (default), for assemblies ("-t 4", assembly only predcited by K-mer mode)
+	SeqSero2_package.py -t 4 -i assembly.fasta
+
+Allele mode:
+
+    # Allele mode ("-m a"), for separated paired-end raw reads ("-t 2"), use 10 threads in mapping and assembly ("-p 10")
+	SeqSero2_package.py -m a -p 10 -t 2 -i R1.fastq.gz R2.fastq.gz
+
+
+# Output
+Upon executing the command, a directory named 'SeqSero_result_Time_your_run' will be created. Your result will be stored in 'Seqsero_result.txt' in that directory. And the assembled alleles can also be found in the directory if using "-m a" (allele mode).
+
+
+# Citation
+Zhang S, Yin Y, Jones MB, Zhang Z, Deatherage Kaiser BL, Dinsmore BA, Fitzgerald C, Fields PI, Deng X.
+Salmonella serotype determination utilizing high-throughput genome sequencing data.
+**J Clin Microbiol.** 2015 May;53(5):1685-92.[PMID:25762776](http://jcm.asm.org/content/early/2015/03/05/JCM.00323-15)
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/SeqSero2/SeqSero2_package.py	Fri Nov 09 11:30:45 2018 -0500
@@ -0,0 +1,1281 @@
+#!/usr/bin/env python3
+
+import sys
+import time
+import random
+import os
+import subprocess
+import gzip
+import io
+import pickle
+import argparse
+import itertools
+from distutils.version import LooseVersion
+
+from collections import OrderedDict
+from csv import DictWriter
+
+dirpath = os.path.abspath(os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)))
+
+### SeqSero Kmer
+def parse_args():
+    "Parse the input arguments, use '-h' for help."
+    parser = argparse.ArgumentParser(usage='SeqSero2_package.py -t <data_type> -m <mode> -i <input_data> [-p <number of threads>] [-b <BWA_algorithm>]\n\nDevelopper: Shaokang Zhang (zskzsk@uga.edu), Hendrik C Den-Bakker (Hendrik.DenBakker@uga.edu) and Xiangyu Deng (xdeng@uga.edu)\n\nContact email:seqsero@gmail.com')#add "-m <data_type>" in future
+    parser.add_argument("-i",nargs="+",help="<string>: path/to/input_data")
+    parser.add_argument("-t",choices=['1','2','3','4','5','6'],help="<int>: '1'(pair-end reads, interleaved),'2'(pair-end reads, seperated),'3'(single-end reads), '4'(assembly),'5'(nanopore fasta),'6'(nanopore fastq)")
+    parser.add_argument("-b",choices=['sam','mem'],default="mem",help="<string>: mode for mapping, 'sam'(bwa samse/sampe), 'mem'(bwa mem), default=mem")
+    parser.add_argument("-p",default="1",help="<int>: threads used for mapping mode, if p>4, only 4 threads will be used for assembly, default=1")
+    parser.add_argument("-m",choices=['k','a'],default="k",help="<string>: 'k'(kmer mode), 'a'(allele mode), default=k")
+    parser.add_argument("-d",help="<string>: output directory name, if not set, the output directory would be 'SeqSero_result_'+time stamp+one random number")
+    parser.add_argument("-c",action="store_true",help="<flag>: if '-c' was flagged, SeqSero2 will use clean mode and only output serotyping prediction, the directory containing log files will be deleted")
+    return parser.parse_args()
+
+def reverse_complement(sequence):
+    complement = {
+        'A': 'T',
+        'C': 'G',
+        'G': 'C',
+        'T': 'A',
+        'N': 'N',
+        'M': 'K',
+        'R': 'Y',
+        'W': 'W',
+        'S': 'S',
+        'Y': 'R',
+        'K': 'M',
+        'V': 'B',
+        'H': 'D',
+        'D': 'H',
+        'B': 'V'
+    }
+    return "".join(complement[base] for base in reversed(sequence))
+
+
+def createKmerDict_reads(list_of_strings, kmer):
+    kmer_table = {}
+    for string in list_of_strings:
+        sequence = string.strip('\n')
+        for i in range(len(sequence) - kmer + 1):
+            new_mer = sequence[i:i + kmer].upper()
+            new_mer_rc = reverse_complement(new_mer)
+            if new_mer in kmer_table:
+                kmer_table[new_mer.upper()] += 1
+            else:
+                kmer_table[new_mer.upper()] = 1
+            if new_mer_rc in kmer_table:
+                kmer_table[new_mer_rc.upper()] += 1
+            else:
+                kmer_table[new_mer_rc.upper()] = 1
+    return kmer_table
+
+
+def multifasta_dict(multifasta):
+    multifasta_list = [
+        line.strip() for line in open(multifasta, 'r') if len(line.strip()) > 0
+    ]
+    headers = [i for i in multifasta_list if i[0] == '>']
+    multifasta_dict = {}
+    for h in headers:
+        start = multifasta_list.index(h)
+        for element in multifasta_list[start + 1:]:
+            if element[0] == '>':
+                break
+            else:
+                if h[1:] in multifasta_dict:
+                    multifasta_dict[h[1:]] += element
+                else:
+                    multifasta_dict[h[1:]] = element
+    return multifasta_dict
+
+
+def multifasta_single_string(multifasta):
+    multifasta_list = [
+        line.strip() for line in open(multifasta, 'r')
+        if (len(line.strip()) > 0) and (line.strip()[0] != '>')
+    ]
+    return ''.join(multifasta_list)
+
+
+def chunk_a_long_sequence(long_sequence, chunk_size=60):
+    chunk_list = []
+    steps = len(long_sequence) // 60  #how many chunks
+    for i in range(steps):
+        chunk_list.append(long_sequence[i * chunk_size:(i + 1) * chunk_size])
+    chunk_list.append(long_sequence[steps * chunk_size:len(long_sequence)])
+    return chunk_list
+
+
+def target_multifasta_kmerizer(multifasta, k, kmerDict):
+    forward_length = 300  #if find the target, put forward 300 bases
+    reverse_length = 2200  #if find the target, put backward 2200 bases
+    chunk_size = 60  #it will firstly chunk the single long sequence to multiple smaller sequences, it controls the size of those smaller sequences
+    target_mers = []
+    long_single_string = multifasta_single_string(multifasta)
+    multifasta_list = chunk_a_long_sequence(long_single_string, chunk_size)
+    unit_length = len(multifasta_list[0])
+    forward_lines = int(forward_length / unit_length) + 1
+    reverse_lines = int(forward_length / unit_length) + 1
+    start_num = 0
+    end_num = 0
+    for i in range(len(multifasta_list)):
+        if i not in range(start_num, end_num):  #avoid computational repetition
+            line = multifasta_list[i]
+            start = int((len(line) - k) // 2)
+            s1 = line[start:k + start]
+            if s1 in kmerDict:  #detect it is a potential read or not (use the middle part)
+                if i - forward_lines >= 0:
+                    start_num = i - forward_lines
+                else:
+                    start_num = 0
+                if i + reverse_lines <= len(multifasta_list) - 1:
+                    end_num = i + reverse_lines
+                else:
+                    end_num = len(multifasta_list) - 1
+                target_list = [
+                    x.strip() for x in multifasta_list[start_num:end_num]
+                ]
+                target_line = "".join(target_list)
+                target_mers += [
+                    k1 for k1 in createKmerDict_reads([str(target_line)], k)
+                ]  ##changed k to k1, just want to avoid the mixes of this "k" (kmer) to the "k" above (kmer length)
+        else:
+            pass
+    return set(target_mers)
+
+
+def target_read_kmerizer(file, k, kmerDict):
+    i = 1
+    n_reads = 0
+    total_coverage = 0
+    target_mers = []
+    if file.endswith(".gz"):
+        file_content = io.BufferedReader(gzip.open(file))
+    else:
+        file_content = open(file, "r").readlines()
+    for line in file_content:
+        start = int((len(line) - k) // 2)
+        if i % 4 == 2:
+            if file.endswith(".gz"):
+                s1 = line[start:k + start].decode()
+                line = line.decode()
+            else:
+                s1 = line[start:k + start]
+            if s1 in kmerDict:  #detect it is a potential read or not (use the middle part)
+                n_reads += 1
+                total_coverage += len(line)
+                target_mers += [
+                    k1 for k1 in createKmerDict_reads([str(line)], k)
+                ]  #changed k to k1, just want to avoid the mixes of this "k" (kmer) to the "k" above (kmer length)
+        i += 1
+        if total_coverage >= 4000000:
+            break
+    return set(target_mers)
+
+
+def minion_fasta_kmerizer(file, k, kmerDict):
+    i = 1
+    n_reads = 0
+    total_coverage = 0
+    target_mers = {}
+    for line in open(file):
+        if i % 2 == 0:
+            for kmer, rc_kmer in kmers(line.strip().upper(), k):
+                if (kmer in kmerDict) or (rc_kmer in kmerDict):
+                    if kmer in target_mers:
+                        target_mers[kmer] += 1
+                    else:
+                        target_mers[kmer] = 1
+                    if rc_kmer in target_mers:
+                        target_mers[rc_kmer] += 1
+                    else:
+                        target_mers[rc_kmer] = 1
+        i += 1
+    return set([h for h in target_mers])
+
+
+def minion_fastq_kmerizer(file, k, kmerDict):
+    i = 1
+    n_reads = 0
+    total_coverage = 0
+    target_mers = {}
+    for line in open(file):
+        if i % 4 == 2:
+            for kmer, rc_kmer in kmers(line.strip().upper(), k):
+                if (kmer in kmerDict) or (rc_kmer in kmerDict):
+                    if kmer in target_mers:
+                        target_mers[kmer] += 1
+                    else:
+                        target_mers[kmer] = 1
+                    if rc_kmer in target_mers:
+                        target_mers[rc_kmer] += 1
+                    else:
+                        target_mers[rc_kmer] = 1
+        i += 1
+    return set([h for h in target_mers])
+
+
+def multifasta_single_string2(multifasta):
+    single_string = ''
+    with open(multifasta, 'r') as f:
+        for line in f:
+            if line.strip()[0] == '>':
+                pass
+            else:
+                single_string += line.strip()
+    return single_string
+
+
+def kmers(seq, k):
+    rev_comp = reverse_complement(seq)
+    for start in range(1, len(seq) - k + 1):
+        yield seq[start:start + k], rev_comp[-(start + k):-start]
+
+
+def multifasta_to_kmers_dict(multifasta,k_size):#used to create database kmer set
+    multi_seq_dict = multifasta_dict(multifasta)
+    lib_dict = {}
+    for h in multi_seq_dict:
+        lib_dict[h] = set(
+            [k for k in createKmerDict_reads([multi_seq_dict[h]], k_size)])
+    return lib_dict
+
+
+def Combine(b, c):
+    fliC_combinations = []
+    fliC_combinations.append(",".join(c))
+    temp_combinations = []
+    for i in range(len(b)):
+        for x in itertools.combinations(b, i + 1):
+            temp_combinations.append(",".join(x))
+    for x in temp_combinations:
+        temp = []
+        for y in c:
+            temp.append(y)
+        temp.append(x)
+        temp = ",".join(temp)
+        temp = temp.split(",")
+        temp.sort()
+        temp = ",".join(temp)
+        fliC_combinations.append(temp)
+    return fliC_combinations
+
+
+def seqsero_from_formula_to_serotypes(Otype, fliC, fljB, special_gene_list,subspecies):
+    #like test_output_06012017.txt
+    #can add more varialbles like sdf-type, sub-species-type in future (we can conclude it into a special-gene-list)
+    from Initial_Conditions import phase1
+    from Initial_Conditions import phase2
+    from Initial_Conditions import phaseO
+    from Initial_Conditions import sero
+    from Initial_Conditions import subs
+    seronames = []
+    seronames_none_subspecies=[]
+    for i in range(len(phase1)):
+        fliC_combine = []
+        fljB_combine = []
+        if phaseO[i] == Otype: # no VII in KW, but it's there
+            ### for fliC, detect every possible combinations to avoid the effect of "["
+            if phase1[i].count("[") == 0:
+                fliC_combine.append(phase1[i])
+            elif phase1[i].count("[") >= 1:
+                c = []
+                b = []
+                if phase1[i][0] == "[" and phase1[i][-1] == "]" and phase1[i].count(
+                        "[") == 1:
+                    content = phase1[i].replace("[", "").replace("]", "")
+                    fliC_combine.append(content)
+                    fliC_combine.append("-")
+                else:
+                    for x in phase1[i].split(","):
+                        if "[" in x:
+                            b.append(x.replace("[", "").replace("]", ""))
+                        else:
+                            c.append(x)
+                    fliC_combine = Combine(
+                        b, c
+                    )  #Combine will offer every possible combinations of the formula, like f,[g],t: f,t  f,g,t
+            ### end of fliC "[" detect
+            ### for fljB, detect every possible combinations to avoid the effect of "["
+            if phase2[i].count("[") == 0:
+                fljB_combine.append(phase2[i])
+            elif phase2[i].count("[") >= 1:
+                d = []
+                e = []
+                if phase2[i][0] == "[" and phase2[i][-1] == "]" and phase2[i].count(
+                        "[") == 1:
+                    content = phase2[i].replace("[", "").replace("]", "")
+                    fljB_combine.append(content)
+                    fljB_combine.append("-")
+                else:
+                    for x in phase2[i].split(","):
+                        if "[" in x:
+                            d.append(x.replace("[", "").replace("]", ""))
+                        else:
+                            e.append(x)
+                    fljB_combine = Combine(d, e)
+            ### end of fljB "[" detect
+            new_fliC = fliC.split(
+                ","
+            )  #because some antigen like r,[i] not follow alphabetical order, so use this one to judge and can avoid missings
+            new_fliC.sort()
+            new_fliC = ",".join(new_fliC)
+            new_fljB = fljB.split(",")
+            new_fljB.sort()
+            new_fljB = ",".join(new_fljB)
+            if (new_fliC in fliC_combine
+                    or fliC in fliC_combine) and (new_fljB in fljB_combine
+                                                  or fljB in fljB_combine):
+                if subs[i] == subspecies:
+                  seronames.append(sero[i])
+                seronames_none_subspecies.append(sero[i])
+    #analyze seronames
+    subspecies_pointer=""
+    if len(seronames) == 0 and len(seronames_none_subspecies)!=0:
+      seronames=seronames_none_subspecies
+      subspecies_pointer="1"
+    if len(seronames) == 0:
+        seronames = [
+            "N/A (The predicted antigenic profile does not exist in the White-Kauffmann-Le Minor scheme)"
+        ]
+    star = ""
+    star_line = ""
+    if len(seronames) > 1:  #there are two possible predictions for serotypes
+        star = "*"
+        star_line = "The predicted serotypes share the same general formula:\t" + Otype + ":" + fliC + ":" + fljB + "\n"
+    if subspecies_pointer=="1" and len(seronames_none_subspecies)!=0:
+      star="*"
+      star_line="The formula with this subspieces prediction can't get a serotype in KW manual, and the serotyping prediction was made without considering it."+star_line
+    if  Otype=="":
+      Otype="-"
+    predict_form = Otype + ":" + fliC + ":" + fljB
+    predict_sero = (" or ").join(seronames)
+    ###special test for Enteritidis
+    if predict_form == "9:g,m:-":
+        sdf = "-"
+        for x in special_gene_list:
+            if x.startswith("sdf"):
+                sdf = "+"
+        predict_form = predict_form + " Sdf prediction:" + sdf
+        if sdf == "-":
+            star = "*"
+            star_line = "Additional characterization is necessary to assign a serotype to this strain.  Commonly circulating strains of serotype Enteritidis are sdf+, although sdf- strains of serotype Enteritidis are known to exist. Serotype Gallinarum is typically sdf- but should be quite rare. Sdf- strains of serotype Enteritidis and serotype Gallinarum can be differentiated by phenotypic profile or genetic criteria.\n"
+            predict_sero = "Gallinarum/Enteritidis sdf -"
+    ###end of special test for Enteritidis
+    elif predict_form == "4:i:-":
+        predict_sero = "potential monophasic variant of Typhimurium"
+    elif predict_form == "4:r:-":
+        predict_sero = "potential monophasic variant of Heidelberg"
+    elif predict_form == "4:b:-":
+        predict_sero = "potential monophasic variant of Paratyphi B"
+    elif predict_form == "8:e,h:1,2":
+        predict_sero = "Newport"
+        star = "*"
+        star_line = "Serotype Bardo shares the same antigenic profile with Newport, but Bardo is exceedingly rare."
+    claim = "The serotype(s) is/are the only serotype(s) with the indicated antigenic profile currently recognized in the Kauffmann White Scheme.  New serotypes can emerge and the possibility exists that this antigenic profile may emerge in a different subspecies.  Identification of strains to the subspecies level should accompany serotype determination; the same antigenic profile in different subspecies is considered different serotypes.\n"
+    if "N/A" in predict_sero:
+        claim = ""
+    #special test for Typhimurium
+    if "Typhimurium" in predict_sero or predict_form == "4:i:-":
+        normal = 0
+        mutation = 0
+        for x in special_gene_list:
+            if "oafA-O-4_full" in x:
+                normal = float(special_gene_list[x])
+            elif "oafA-O-4_5-" in x:
+                mutation = float(special_gene_list[x])
+        if normal > mutation:
+            pass
+        elif normal < mutation:
+            predict_sero = predict_sero.strip() + "(O5-)"
+            star = "*"
+            star_line = "Detected the deletion of O5-."
+        else:
+            pass
+    #special test for Paratyphi B
+    if "Paratyphi B" in predict_sero or predict_form == "4:b:-":
+        normal = 0
+        mutation = 0
+        for x in special_gene_list:
+            if "gntR-family-regulatory-protein_dt-positive" in x:
+                normal = float(special_gene_list[x])
+            elif "gntR-family-regulatory-protein_dt-negative" in x:
+                mutation = float(special_gene_list[x])
+        #print(normal,mutation)
+        if normal > mutation:
+            predict_sero = predict_sero.strip() + "(dt+)"
+            star = "*"
+            star_line = "Didn't detect the SNP for dt- which means this isolate is a Paratyphi B variant L(+) tartrate(+)."
+        elif normal < mutation:
+            predict_sero = predict_sero.strip() + "(dt-)"
+            star = "*"
+            star_line = "Detected the SNP for dt- which means this isolate is a systemic pathovar of Paratyphi B."
+        else:
+            star = "*"
+            star_line = "Failed to detect the SNP for dt-, can't decide it's a Paratyphi B variant L(+) tartrate(+) or not."
+    #special test for O13,22 and O13,23
+    if Otype=="13":
+      #ex_dir = os.path.dirname(os.path.realpath(__file__))
+      f = open(dirpath + '/special.pickle', 'rb')
+      special = pickle.load(f)
+      O22_O23=special['O22_O23']
+      if predict_sero.split(" or ")[0] in O22_O23[-1]:
+        O22_score=0
+        O23_score=0
+        for x in special_gene_list:
+            if "O:22" in x:
+                O22_score = O22_score+float(special_gene_list[x])
+            elif "O:23" in x:
+                O23_score = O23_score+float(special_gene_list[x])
+        #print(O22_score,O23_score)
+        for z in O22_O23[0]:
+          if predict_sero.split(" or ")[0] in z:
+            if O22_score > O23_score:
+              star = "*"
+              star_line = "Detected O22 specific genes to further differenciate '"+predict_sero+"'."
+              predict_sero = z[0]
+            elif O22_score < O23_score:
+              star = "*"
+              star_line = "Detected O23 specific genes to further differenciate '"+predict_sero+"'."
+              predict_sero = z[1]
+            else:
+              star = "*"
+              star_line = "Fail to detect O22 and O23 differences."
+    #special test for O6,8
+    merge_O68_list=["Blockley","Bovismorbificans","Hadar","Litchfield","Manhattan","Muenchen"]
+    for x in merge_O68_list:
+      if x in predict_sero:
+        predict_sero=x
+        star=""
+        star_line=""
+    #special test for Montevideo; most of them are monophasic
+    if "Montevideo" in predict_sero and "1,2,7" in predict_form:
+      star="*"
+      star_line="Montevideo is almost always monophasic, having an antigen called for the fljB position may be a result of Salmonella-Salmonella contamination."
+    return predict_form, predict_sero, star, star_line, claim
+### End of SeqSero Kmer part
+
+### Begin of SeqSero2 allele prediction and output
+def xml_parse_score_comparision_seqsero(xmlfile):
+  #used to do seqsero xml analysis
+  from Bio.Blast import NCBIXML
+  handle=open(xmlfile)
+  handle=NCBIXML.parse(handle)
+  handle=list(handle)
+  List=[]
+  List_score=[]
+  List_ids=[]
+  List_query_region=[]
+  for i in range(len(handle)):
+    if len(handle[i].alignments)>0:
+      for j in range(len(handle[i].alignments)):
+        score=0
+        ids=0
+        cover_region=set() #fixed problem that repeated calculation leading percentage > 1
+        List.append(handle[i].query.strip()+"___"+handle[i].alignments[j].hit_def)
+        for z in range(len(handle[i].alignments[j].hsps)):
+          hsp=handle[i].alignments[j].hsps[z]
+          temp=set(range(hsp.query_start,hsp.query_end))
+          if len(cover_region)==0:
+            cover_region=cover_region|temp
+            fraction=1
+          else:
+            fraction=1-len(cover_region&temp)/float(len(temp))
+            cover_region=cover_region|temp
+          if "last" in handle[i].query or "first" in handle[i].query:
+            score+=hsp.bits*fraction
+            ids+=float(hsp.identities)/handle[i].query_length*fraction
+          else:
+            score+=hsp.bits*fraction
+            ids+=float(hsp.identities)/handle[i].query_length*fraction
+        List_score.append(score)
+        List_ids.append(ids)
+        List_query_region.append(cover_region)
+  temp=zip(List,List_score,List_ids,List_query_region)
+  Final_list=sorted(temp, key=lambda d:d[1], reverse = True)
+  return Final_list
+
+
+def Uniq(L,sort_on_fre="none"): #return the uniq list and the count number
+  Old=L
+  L.sort()
+  L = [L[i] for i in range(len(L)) if L[i] not in L[:i]]
+  count=[]
+  for j in range(len(L)):
+    y=0
+    for x in Old:
+      if L[j]==x:
+        y+=1
+    count.append(y)
+  if sort_on_fre!="none":
+    d=zip(*sorted(zip(count, L)))
+    L=d[1]
+    count=d[0]
+  return (L,count)
+
+def judge_fliC_or_fljB_from_head_tail_for_one_contig(nodes_vs_score_list):
+  #used to predict it's fliC or fljB for one contig, based on tail and head score, but output the score difference,if it is very small, then not reliable, use blast score for whole contig to test
+  #this is mainly used for
+  a=nodes_vs_score_list
+  fliC_score=0
+  fljB_score=0
+  for z in a:
+    if "fliC" in z[0]:
+      fliC_score+=z[1]
+    elif "fljB" in z[0]:
+      fljB_score+=z[1]
+  if fliC_score>=fljB_score:
+    role="fliC"
+  else:
+    role="fljB"
+  return (role,abs(fliC_score-fljB_score))
+
+def judge_fliC_or_fljB_from_whole_contig_blast_score_ranking(node_name,Final_list,Final_list_passed):
+  #used to predict contig is fliC or fljB, if the differnce score value on above head_and_tail is less than 10 (quite small)
+  #also used when no head or tail got blasted score for the contig
+  role=""
+  for z in Final_list_passed:
+    if node_name in z[0]:
+      role=z[0].split("_")[0]
+      break
+  return role
+
+def fliC_or_fljB_judge_from_head_tail_sequence(nodes_list,tail_head_list,Final_list,Final_list_passed):
+  #nodes_list is the c created by c,d=Uniq(nodes) in below function
+  first_target=""
+  role_list=[]
+  for x in nodes_list:
+    a=[]
+    role=""
+    for y in tail_head_list:
+      if x in y[0]:
+        a.append(y)
+    if len(a)==4:
+      role,diff=judge_fliC_or_fljB_from_head_tail_for_one_contig(a)
+      if diff<20:
+        role=judge_fliC_or_fljB_from_whole_contig_blast_score_ranking(x,Final_list,Final_list_passed)
+    elif len(a)==3:
+      ###however, if the one with highest score is the fewer one, compare their accumulation score
+      role,diff=judge_fliC_or_fljB_from_head_tail_for_one_contig(a)
+      if diff<20:
+        role=judge_fliC_or_fljB_from_whole_contig_blast_score_ranking(x,Final_list,Final_list_passed)
+      ###end of above score comparison
+    elif len(a)==2:
+      #must on same node, if not, then decide with unit blast score, blast-score/length_of_special_sequence(30 or 37)
+      temp=[]
+      for z in a:
+        temp.append(z[0].split("_")[0])
+      m,n=Uniq(temp)#should only have one choice, but weird situation might occur too
+      if len(m)==1:
+        pass
+      else:
+        pass
+      role,diff=judge_fliC_or_fljB_from_head_tail_for_one_contig(a)
+      if diff<20:
+        role=judge_fliC_or_fljB_from_whole_contig_blast_score_ranking(x,Final_list,Final_list_passed)
+        ###need to desgin a algorithm to guess most possible situation for nodes_list, See the situations of test evaluation
+    elif len(a)==1:
+      #that one
+      role,diff=judge_fliC_or_fljB_from_head_tail_for_one_contig(a)
+      if diff<20:
+        role=judge_fliC_or_fljB_from_whole_contig_blast_score_ranking(x,Final_list,Final_list_passed)
+      #need to evaluate, in future, may set up a cut-off, if not met, then just find Final_list_passed best match,like when "a==0"
+    else:#a==0
+      #use Final_list_passed best match
+      for z in Final_list_passed:
+        if x in z[0]:
+          role=z[0].split("_")[0]
+          break
+    #print x,role,len(a)
+    role_list.append((role,x))
+  if len(role_list)==2:
+    if role_list[0][0]==role_list[1][0]:#this is the most cocmmon error, two antigen were assigned to same phase
+      #just use score to do a final test
+      role_list=[]
+      for x in nodes_list:
+        role=judge_fliC_or_fljB_from_whole_contig_blast_score_ranking(x,Final_list,Final_list_passed)
+        role_list.append((role,x))
+  return role_list
+
+def decide_contig_roles_for_H_antigen(Final_list,Final_list_passed):
+  #used to decide which contig is FliC and which one is fljB
+  contigs=[]
+  nodes=[]
+  for x in Final_list_passed:
+    if x[0].startswith("fl") and "last" not in x[0] and "first" not in x[0]:
+      nodes.append(x[0].split("___")[1].strip())
+  c,d=Uniq(nodes)#c is node_list
+  #print c
+  tail_head_list=[x for x in Final_list if ("last" in x[0] or "first" in x[0])]
+  roles=fliC_or_fljB_judge_from_head_tail_sequence(c,tail_head_list,Final_list,Final_list_passed)
+  return roles
+
+def decide_O_type_and_get_special_genes(Final_list,Final_list_passed):
+  #decide O based on Final_list
+  O_choice="?"
+  O_list=[]
+  special_genes={}
+  nodes=[]
+  for x in Final_list_passed:
+    if x[0].startswith("O-"):
+      nodes.append(x[0].split("___")[1].strip())
+    elif not x[0].startswith("fl"):
+      special_genes[x[0]]=x[2]#08172018, x[2] changed from x[-1]
+  #print "special_genes:",special_genes
+  c,d=Uniq(nodes)
+  #print "potential O antigen contig",c
+  final_O=[]
+  O_nodes_list=[]
+  for x in c:#c is the list for contigs
+    temp=0
+    for y in Final_list_passed:
+      if x in y[0] and y[0].startswith("O-"):
+        final_O.append(y)
+        break
+  ### O contig has the problem of two genes on same contig, so do additional test
+  potenial_new_gene=""
+  for x in final_O:
+    pointer=0 #for genes merged or not
+    #not consider O-1,3,19_not_in_3,10, too short compared with others
+    if "O-1,3,19_not_in_3,10" not in x[0] and int(x[0].split("__")[1].split("___")[0])*x[2]+850 <= int(x[0].split("length_")[1].split("_")[0]):#gene length << contig length; for now give 300*2 (for secureity can use 400*2) as flank region
+      pointer=x[0].split("___")[1].strip()#store the contig name
+      print(pointer)
+    if pointer!=0:#it has potential merge event
+      for y in Final_list:
+        if pointer in y[0] and y not in final_O and (y[1]>=int(y[0].split("__")[1].split("___")[0])*1.5 or (y[1]>=int(y[0].split("__")[1].split("___")[0])*y[2] and y[1]>=400)):#that's a realtively strict filter now; if passed, it has merge event and add one more to final_O
+          potenial_new_gene=y
+          #print(potenial_new_gene)
+          break
+  if potenial_new_gene!="":
+    print("two differnt genes in same contig, fix it for O antigen")
+    print(potenial_new_gene[:3])
+    final_O.append(potenial_new_gene)
+  ### end of the two genes on same contig test
+  final_O=sorted(final_O,key=lambda x: x[2], reverse=True)#sorted
+  if len(final_O)==0 or (len(final_O)==1 and "O-1,3,19_not_in_3,10" in final_O[0][0]):
+    #print "$$$No Otype, due to no hit"#may need to be changed
+    O_choice="-"
+  else:
+    highest_O_coverage=max([float(x[0].split("_cov_")[-1]) for x in final_O if "O-1,3,19_not_in_3,10" not in x[0]])
+    O_list=[]
+    O_list_less_contamination=[]
+    for x in final_O:
+      if not "O-1,3,19_not_in_3,10__130" in x[0]:#O-1,3,19_not_in_3,10 is too small, which may affect further analysis; to avoid contamination affect, use 0.15 of highest coverage as cut-off
+        O_list.append(x[0].split("__")[0])
+        O_nodes_list.append(x[0].split("___")[1])
+        if float(x[0].split("_cov_")[-1])>highest_O_coverage*0.15:
+          O_list_less_contamination.append(x[0].split("__")[0])
+    ### special test for O9,46 and O3,10 family
+    if ("O-9,46_wbaV" in O_list or "O-9,46_wbaV-from-II-9,12:z29:1,5-SRR1346254" in O_list) and O_list_less_contamination[0].startswith("O-9,"):#not sure should use and float(O9_wbaV)/float(num_1) > 0.1
+      if "O-9,46_wzy" in O_list:#and float(O946_wzy)/float(num_1) > 0.1
+        O_choice="O-9,46"
+        #print "$$$Most possilble Otype:  O-9,46"
+      elif "O-9,46,27_partial_wzy" in O_list:#and float(O94627)/float(num_1) > 0.1
+        O_choice="O-9,46,27"
+        #print "$$$Most possilble Otype:  O-9,46,27"
+      else:
+        O_choice="O-9"#next, detect O9 vs O2?
+        O2=0
+        O9=0
+        for z in special_genes:
+          if "tyr-O-9" in z:
+            O9=special_genes[z]
+          elif "tyr-O-2" in z:
+            O2=special_genes[z]
+        if O2>O9:
+          O_choice="O-2"
+        elif O2<O9:
+          pass
+        else:
+          pass
+          #print "$$$No suitable one, because can't distinct it's O-9 or O-2, but O-9 has a more possibility."
+    elif ("O-3,10_wzx" in O_list) and ("O-9,46_wzy" in O_list) and (O_list[0].startswith("O-3,10") or O_list_less_contamination[0].startswith("O-9,46_wzy")):#and float(O310_wzx)/float(num_1) > 0.1 and float(O946_wzy)/float(num_1) > 0.1
+      if "O-3,10_not_in_1,3,19" in O_list:#and float(O310_no_1319)/float(num_1) > 0.1
+        O_choice="O-3,10"
+        #print "$$$Most possilble Otype:  O-3,10 (contain O-3,10_not_in_1,3,19)"
+      else:
+        O_choice="O-1,3,19"
+        #print "$$$Most possilble Otype:  O-1,3,19 (not contain O-3,10_not_in_1,3,19)"
+    ### end of special test for O9,46 and O3,10 family
+    else:
+      try:
+        max_score=0
+        for x in final_O:
+          if x[2]>=max_score and float(x[0].split("_cov_")[-1])>highest_O_coverage*0.15:#use x[2],08172018, the "coverage identity = cover_length * identity"; also meet coverage threshold
+            max_score=x[2]#change from x[-1] to x[2],08172018
+            O_choice=x[0].split("_")[0]
+        if O_choice=="O-1,3,19":
+          O_choice=final_O[1][0].split("_")[0]
+        #print "$$$Most possilble Otype: ",O_choice
+      except:
+        pass
+        #print "$$$No suitable Otype, or failure of mapping (please check the quality of raw reads)"
+  #print "O:",O_choice,O_nodes_list
+  Otypes=[]
+  for x in O_list:
+    if x!="O-1,3,19_not_in_3,10":
+      if "O-9,46_" not in x:
+        Otypes.append(x.split("_")[0])
+      else:
+        Otypes.append(x.split("-from")[0])#O-9,46_wbaV-from-II-9,12:z29:1,5-SRR1346254
+  #Otypes=[x.split("_")[0] for x in O_list if x!="O-1,3,19_not_in_3,10"]
+  Otypes_uniq,Otypes_fre=Uniq(Otypes)
+  contamination_O=""
+  if O_choice=="O-9,46,27" or O_choice=="O-3,10" or O_choice=="O-1,3,19":
+    if len(Otypes_uniq)>2:
+      contamination_O="potential contamination from O antigen signals"
+  else:
+    if len(Otypes_uniq)>1:
+      if O_choice=="O-4" and len(Otypes_uniq)==2 and "O-9,46,27" in Otypes_uniq: #for special 4,12,27 case such as Bredeney and Schwarzengrund
+        contamination_O=""
+      elif O_choice=="O-9,46" and len(Otypes_uniq)==2 and "O-9,46_wbaV" in Otypes_uniq and "O-9,46_wzy" in Otypes_uniq: #for special 4,12,27 case such as Bredeney and Schwarzengrund
+        contamination_O=""
+      else:
+        contamination_O="potential contamination from O antigen signals"
+  return O_choice,O_nodes_list,special_genes,final_O,contamination_O
+### End of SeqSero2 allele prediction and output
+
+def get_input_files(make_dir,input_file,data_type,dirpath):
+  #tell input files from datatype
+  #"<int>: '1'(pair-end reads, interleaved),'2'(pair-end reads, seperated),'3'(single-end reads), '4'(assembly),'5'(nanopore fasta),'6'(nanopore fastq)"
+  for_fq=""
+  rev_fq=""
+  old_dir = os.getcwd()
+  os.chdir(make_dir)
+  if data_type=="1":
+    input_file=input_file[0].split("/")[-1]
+    if input_file.endswith(".sra"):
+      subprocess.check_output("fastq-dump --split-files "+input_file,shell=True, stderr=subprocess.STDOUT)
+      for_fq=input_file.replace(".sra","_1.fastq")
+      rev_fq=input_file.replace(".sra","_2.fastq")
+    else:
+      core_id=input_file.split(".fastq")[0].split(".fq")[0]
+      for_fq=core_id+"_1.fastq"
+      rev_fq=core_id+"_2.fastq"
+      if input_file.endswith(".gz"):
+        subprocess.check_output("gzip -dc "+input_file+" | "+dirpath+"/deinterleave_fastq.sh "+for_fq+" "+rev_fq,shell=True, stderr=subprocess.STDOUT)
+      else:
+        subprocess.check_output("cat "+input_file+" | "+dirpath+"/deinterleave_fastq.sh "+for_fq+" "+rev_fq,shell=True, stderr=subprocess.STDOUT)
+  elif data_type=="2":
+    for_fq=input_file[0].split("/")[-1]
+    rev_fq=input_file[1].split("/")[-1]
+  elif data_type=="3":
+    input_file=input_file[0].split("/")[-1]
+    if input_file.endswith(".sra"):
+      subprocess.check_output("fastq-dump --split-files "+input_file,shell=True, stderr=subprocess.STDOUT)
+      for_fq=input_file.replace(".sra","_1.fastq")
+    else:
+      for_fq=input_file
+  elif data_type in ["4","5","6"]:
+    for_fq=input_file[0].split("/")[-1]
+  os.chdir(old_dir)
+  return for_fq,rev_fq
+
+def predict_O_and_H_types(Final_list,Final_list_passed):
+  #get O and H types from Final_list from blast parsing; allele mode
+  fliC_choice="-"
+  fljB_choice="-"
+  fliC_contig="NA"
+  fljB_contig="NA"
+  fliC_region=set([0])
+  fljB_region=set([0,])
+  fliC_length=0 #can be changed to coverage in future
+  fljB_length=0 #can be changed to coverage in future
+  O_choice="-"#no need to decide O contig for now, should be only one
+  O_choice,O_nodes,special_gene_list,O_nodes_roles,contamination_O=decide_O_type_and_get_special_genes(Final_list,Final_list_passed)#decide the O antigen type and also return special-gene-list for further identification
+  O_choice=O_choice.split("-")[-1].strip()
+  if (O_choice=="1,3,19" and len(O_nodes_roles)==1 and "1,3,19" in O_nodes_roles[0][0]) or O_choice=="":
+    O_choice="-"
+  H_contig_roles=decide_contig_roles_for_H_antigen(Final_list,Final_list_passed)#decide the H antigen contig is fliC or fljB
+  log_file=open("SeqSero_log.txt","a")
+  print("O_contigs:")
+  log_file.write("O_contigs:\n")
+  for x in O_nodes_roles:
+    if "O-1,3,19_not_in_3,10" not in x[0]:#O-1,3,19_not_in_3,10 is just a small size marker
+      print(x[0].split("___")[-1],x[0].split("__")[0],"blast score:",x[1],"identity%:",str(round(x[2]*100,2))+"%",str(min(x[-1]))+" to "+str(max(x[-1])))
+      log_file.write(x[0].split("___")[-1]+" "+x[0].split("__")[0]+" "+"blast score: "+str(x[1])+"identity%:"+str(round(x[2]*100,2))+"% "+str(min(x[-1]))+" to "+str(max(x[-1]))+"\n")
+  if len(H_contig_roles)!=0:
+    highest_H_coverage=max([float(x[1].split("_cov_")[-1]) for x in H_contig_roles]) #less than highest*0.1 would be regarded as contamination and noises, they will still be considered in contamination detection and logs, but not used as final serotype output
+  else:
+    highest_H_coverage=0
+  for x in H_contig_roles:
+    #if multiple choices, temporately select the one with longest length for now, will revise in further change
+    if "fliC" == x[0] and int(x[1].split("_")[3])>=fliC_length and x[1] not in O_nodes and float(x[1].split("_cov_")[-1])>highest_H_coverage*0.13:#remember to avoid the effect of O-type contig, so should not in O_node list
+      fliC_contig=x[1]
+      fliC_length=int(x[1].split("_")[3])
+    elif "fljB" == x[0] and int(x[1].split("_")[3])>=fljB_length and x[1] not in O_nodes and float(x[1].split("_cov_")[-1])>highest_H_coverage*0.13:
+      fljB_contig=x[1]
+      fljB_length=int(x[1].split("_")[3])
+  for x in Final_list_passed:
+    if fliC_choice=="-" and "fliC_" in x[0] and fliC_contig in x[0]:
+      fliC_choice=x[0].split("_")[1]
+    elif fljB_choice=="-" and "fljB_" in x[0] and fljB_contig in x[0]:
+      fljB_choice=x[0].split("_")[1]
+    elif fliC_choice!="-" and fljB_choice!="-":
+      break
+  #now remove contigs not in middle core part
+  first_allele="NA"
+  first_allele_percentage=0
+  for x in Final_list:
+    if x[0].startswith("fliC") or x[0].startswith("fljB"):
+      first_allele=x[0].split("__")[0] #used to filter those un-middle contigs
+      first_allele_percentage=x[2]
+      break
+  additional_contigs=[]
+  for x in Final_list:
+    if first_allele in x[0]:
+      if (fliC_contig == x[0].split("___")[-1]):
+        fliC_region=x[3]
+      elif fljB_contig!="NA" and (fljB_contig == x[0].split("___")[-1]):
+        fljB_region=x[3]
+      else:
+        if x[1]*1.1>int(x[0].split("___")[1].split("_")[3]):#loose threshold by multiplying 1.1
+          additional_contigs.append(x)
+        #else:
+          #print x[:3]
+  #we can just use the fljB region (or fliC depends on size), no matter set() or contain a large locations (without middle part); however, if none of them is fully assembled, use 500 and 1200 as conservative cut-off
+  if first_allele_percentage>0.9:
+    if len(fliC_region)>len(fljB_region) and (max(fljB_region)-min(fljB_region))>1000:
+      target_region=fljB_region|(fliC_region-set(range(min(fljB_region),max(fljB_region)))) #fljB_region|(fliC_region-set(range(min(fljB_region),max(fljB_region))))
+    elif len(fliC_region)<len(fljB_region) and (max(fliC_region)-min(fliC_region))>1000:
+      target_region=fliC_region|(fljB_region-set(range(min(fliC_region),max(fliC_region))))  #fljB_region|(fliC_region-set(range(min(fljB_region),max(fljB_region))))
+    else:
+      target_region=set()#doesn't do anything
+  else:
+    target_region=set()#doesn't do anything
+  #print(target_region)
+  #print(additional_contigs)
+  target_region2=set(list(range(0,525))+list(range(1200,1700)))#I found to use 500 to 1200 as special region would be best
+  target_region=target_region2|target_region
+  for x in additional_contigs:
+    removal=0
+    contig_length=int(x[0].split("___")[1].split("length_")[-1].split("_")[0])
+    if fljB_contig not in x[0] and fliC_contig not in x[0] and len(target_region&x[3])/float(len(x[3]))>0.65 and contig_length*0.5<len(x[3])<contig_length*1.5: #consider length and alignment length for now, but very loose,0.5 and 1.5 as cut-off
+      removal=1
+    else:
+      if first_allele_percentage > 0.9 and float(x[0].split("__")[1].split("___")[0])*x[2]/len(x[-1])>0.96:#if high similiarity with middle part of first allele (first allele >0.9, already cover middle part)
+        removal=1
+      else:
+        pass
+    if removal==1:
+      for y in H_contig_roles:
+        if y[1] in x[0]:
+          H_contig_roles.remove(y)
+    else:
+      pass
+      #print(x[:3],contig_length,len(target_region&x[3])/float(len(x[3])),contig_length*0.5,len(x[3]),contig_length*1.5)
+  #end of removing none-middle contigs
+  print("H_contigs:")
+  log_file.write("H_contigs:\n")
+  H_contig_stat=[]
+  H1_cont_stat={}
+  H2_cont_stat={}
+  for i in range(len(H_contig_roles)):
+    x=H_contig_roles[i]
+    a=0
+    for y in Final_list_passed:
+      if x[1] in y[0] and y[0].startswith(x[0]):
+        if "first" in y[0] or "last" in y[0]: #this is the final filter to decide it's fliC or fljB, if can't pass, then can't decide
+          for y in Final_list_passed: #it's impossible to has the "first" and "last" allele as prediction, so re-do it
+            if x[1] in y[0]:#it's very possible to be third phase allele, so no need to make it must be fliC or fljB
+              print(x[1],"can't_decide_fliC_or_fljB",y[0].split("_")[1],"blast_score:",y[1],"identity%:",str(round(y[2]*100,2))+"%",str(min(y[-1]))+" to "+str(max(y[-1])))
+              log_file.write(x[1]+" "+x[0]+" "+y[0].split("_")[1]+" "+"blast_score: "+str(y[1])+" identity%:"+str(round(y[2]*100,2))+"% "+str(min(y[-1]))+" to "+str(max(y[-1]))+"\n")
+              H_contig_roles[i]="can't decide fliC or fljB, may be third phase"
+              break
+        else:
+          print(x[1],x[0],y[0].split("_")[1],"blast_score:",y[1],"identity%:",str(round(y[2]*100,2))+"%",str(min(y[-1]))+" to "+str(max(y[-1])))
+          log_file.write(x[1]+" "+x[0]+" "+y[0].split("_")[1]+" "+"blast_score: "+str(y[1])+" identity%:"+str(round(y[2]*100,2))+"% "+str(min(y[-1]))+" to "+str(max(y[-1]))+"\n")
+        if x[0]=="fliC":
+          if y[0].split("_")[1] not in H1_cont_stat:
+            H1_cont_stat[y[0].split("_")[1]]=y[2]
+          else:
+            H1_cont_stat[y[0].split("_")[1]]+=y[2]
+        if x[0]=="fljB":
+          if y[0].split("_")[1] not in H2_cont_stat:
+            H2_cont_stat[y[0].split("_")[1]]=y[2]
+          else:
+            H2_cont_stat[y[0].split("_")[1]]+=y[2]
+        break
+  #detect contaminations
+  #print(H1_cont_stat)
+  #print(H2_cont_stat)
+  H1_cont_stat_list=[x for x in H1_cont_stat if H1_cont_stat[x]>0.2]
+  H2_cont_stat_list=[x for x in H2_cont_stat if H2_cont_stat[x]>0.2]
+  contamination_H=""
+  if len(H1_cont_stat_list)>1 or len(H2_cont_stat_list)>1:
+    contamination_H="potential contamination from H antigen signals"
+  elif len(H2_cont_stat_list)==1 and fljB_contig=="NA":
+    contamination_H="potential contamination from H antigen signals, uncommon weak fljB signals detected"
+  print(contamination_O)
+  print(contamination_H)
+  log_file.write(contamination_O+"\n")
+  log_file.write(contamination_H+"\n")
+  log_file.close()
+  return O_choice,fliC_choice,fljB_choice,special_gene_list,contamination_O,contamination_H
+
+def get_input_K(input_file,lib_dict,data_type,k_size):
+  #kmer mode; get input_Ks from dict and data_type
+  kmers = []
+  for h in lib_dict:
+      kmers += lib_dict[h]
+  if data_type == '4':
+      input_Ks = target_multifasta_kmerizer(input_file, k_size, set(kmers))
+  elif data_type == '1' or data_type == '2' or data_type == '3':#set it for now, will change later
+      input_Ks = target_read_kmerizer(input_file, k_size, set(kmers))
+  elif data_type == '5':#minion_2d_fasta
+      input_Ks = minion_fasta_kmerizer(input_file, k_size, set(kmers))
+  if data_type == '6':#minion_2d_fastq
+      input_Ks = minion_fastq_kmerizer(input_file, k_size, set(kmers))
+  return input_Ks
+
+def get_kmer_dict(lib_dict,input_Ks):
+  #kmer mode; get predicted types
+  O_dict = {}
+  H_dict = {}
+  Special_dict = {}
+  for h in lib_dict:
+      score = (len(lib_dict[h] & input_Ks) / len(lib_dict[h])) * 100
+      if score > 1:  # Arbitrary cut-off for similarity score very low but seems necessary to detect O-3,10 in some cases
+          if h.startswith('O-') and score > 25:
+              O_dict[h] = score
+          if h.startswith('fl') and score > 40:
+              H_dict[h] = score
+          if (h[:2] != 'fl') and (h[:2] != 'O-'):
+              Special_dict[h] = score
+  return O_dict,H_dict,Special_dict
+
+def call_O_and_H_type(O_dict,H_dict,Special_dict,make_dir):
+  log_file=open("SeqSero_log.txt","a")
+  log_file.write("O_scores:\n")
+  #call O:
+  highest_O = '-'
+  if len(O_dict) == 0:
+      pass
+  else:
+      for x in O_dict:
+          log_file.write(x+"\t"+str(O_dict[x])+"\n")
+      if ('O-9,46_wbaV__1002' in O_dict and O_dict['O-9,46_wbaV__1002']>70) or ("O-9,46_wbaV-from-II-9,12:z29:1,5-SRR1346254__1002" in O_dict and O_dict['O-9,46_wbaV-from-II-9,12:z29:1,5-SRR1346254__1002']>70):  # not sure should use and float(O9_wbaV)/float(num_1) > 0.1
+          if 'O-9,46_wzy__1191' in O_dict:  # and float(O946_wzy)/float(num_1) > 0.1
+              highest_O = "O-9,46"
+          elif "O-9,46,27_partial_wzy__1019" in O_dict:  # and float(O94627)/float(num_1) > 0.1
+              highest_O = "O-9,46,27"
+          else:
+              highest_O = "O-9"  # next, detect O9 vs O2?
+              O2 = 0
+              O9 = 0
+              for z in Special_dict:
+                  if "tyr-O-9" in z:
+                      O9 = float(Special_dict[z])
+                  if "tyr-O-2" in z:
+                      O2 = float(Special_dict[z])
+              if O2 > O9:
+                  highest_O = "O-2"
+      elif ("O-3,10_wzx__1539" in O_dict) and (
+              "O-9,46_wzy__1191" in O_dict
+      ):  # and float(O310_wzx)/float(num_1) > 0.1 and float(O946_wzy)/float(num_1) > 0.1
+          if "O-3,10_not_in_1,3,19__1519" in O_dict:  # and float(O310_no_1319)/float(num_1) > 0.1
+              highest_O = "O-3,10"
+          else:
+              highest_O = "O-1,3,19"
+      ### end of special test for O9,46 and O3,10 family
+      else:
+          try:
+              max_score = 0
+              for x in O_dict:
+                  if float(O_dict[x]) >= max_score:
+                      max_score = float(O_dict[x])
+                      highest_O = x.split("_")[0]
+              if highest_O == "O-1,3,19":
+                  highest_O = '-'
+                  max_score = 0
+                  for x in O_dict:
+                      if x == 'O-1,3,19_not_in_3,10__130':
+                          pass
+                      else:
+                          if float(O_dict[x]) >= max_score:
+                              max_score = float(O_dict[x])
+                              highest_O = x.split("_")[0]
+          except:
+              pass
+  #call_fliC:
+  if len(H_dict)!=0:
+    highest_H_score_both_BC=H_dict[max(H_dict.keys(), key=(lambda k: H_dict[k]))] #used to detect whether fljB existed or not
+  else:
+    highest_H_score_both_BC=0
+  highest_fliC = '-'
+  highest_fliC_raw = '-'
+  highest_Score = 0
+  log_file.write("\nH_scores:\n")
+  for s in H_dict:
+      log_file.write(s+"\t"+str(H_dict[s])+"\n")
+      if s.startswith('fliC'):
+          if float(H_dict[s]) > highest_Score:
+              highest_fliC = s.split('_')[1]
+              highest_fliC_raw = s
+              highest_Score = float(H_dict[s])
+  #call_fljB
+  highest_fljB = '-'
+  highest_fljB_raw = '-'
+  highest_Score = 0
+  for s in H_dict:
+      if s.startswith('fljB'):
+          if float(H_dict[s]) > highest_Score and float(H_dict[s]) > highest_H_score_both_BC * 0.65: #fljB is special, so use highest_H_score_both_BC to give a general estimate of coverage, currently 0.65 seems pretty good; the reason use a high (0.65) is some fliC and fljB shared with each other
+              highest_fljB = s.split('_')[1]
+              highest_fljB_raw = s
+              highest_Score = float(H_dict[s])
+  log_file.write("\nSpecial_scores:\n")
+  for s in Special_dict:
+    log_file.write(s+"\t"+str(Special_dict[s])+"\n")
+  log_file.close()
+  return highest_O,highest_fliC,highest_fljB
+
+def get_temp_file_names(for_fq,rev_fq):
+  #seqsero2 -a; get temp file names
+  sam=for_fq+".sam"
+  bam=for_fq+".bam"
+  sorted_bam=for_fq+"_sorted.bam"
+  mapped_fq1=for_fq+"_mapped.fq"
+  mapped_fq2=rev_fq+"_mapped.fq"
+  combined_fq=for_fq+"_combined.fq"
+  for_sai=for_fq+".sai"
+  rev_sai=rev_fq+".sai"
+  return sam,bam,sorted_bam,mapped_fq1,mapped_fq2,combined_fq,for_sai,rev_sai
+
+def map_and_sort(threads,database,fnameA,fnameB,sam,bam,for_sai,rev_sai,sorted_bam,mapping_mode):
+  #seqsero2 -a; do mapping and sort
+  print("building database...")
+  subprocess.check_output("bwa index "+database,shell=True, stderr=subprocess.STDOUT)
+  print("mapping...")
+  if mapping_mode=="mem":
+    subprocess.check_output("bwa mem -k 17 -t "+threads+" "+database+" "+fnameA+" "+fnameB+" > "+sam,shell=True, stderr=subprocess.STDOUT)
+  elif mapping_mode=="sam":
+    if fnameB!="":
+      subprocess.check_output("bwa aln -t "+threads+" "+database+" "+fnameA+" > "+for_sai,shell=True, stderr=subprocess.STDOUT)
+      subprocess.check_output("bwa aln -t "+threads+" "+database+" "+fnameB+" > "+rev_sai,shell=True, stderr=subprocess.STDOUT)
+      subprocess.check_output("bwa sampe "+database+" "+for_sai+" "+ rev_sai+" "+fnameA+" "+fnameB+" > "+sam,shell=True, stderr=subprocess.STDOUT)
+    else:
+      subprocess.check_output("bwa aln -t "+threads+" "+database+" "+fnameA+" > "+for_sai,shell=True, stderr=subprocess.STDOUT)
+      subprocess.check_output("bwa samse "+database+" "+for_sai+" "+for_fq+" > "+sam, stderr=subprocess.STDOUT)
+  subprocess.check_output("samtools view -@ "+threads+" -F 4 -Sh "+sam+" > "+bam,shell=True, stderr=subprocess.STDOUT)
+  ### check the version of samtools then use differnt commands
+  samtools_version=subprocess.Popen(["samtools"],stdout=subprocess.PIPE,stderr=subprocess.PIPE)
+  out, err = samtools_version.communicate()
+  version = str(err).split("ersion:")[1].strip().split(" ")[0].strip()
+  print("check samtools version:",version)
+  ### end of samtools version check and its analysis
+  if LooseVersion(version)<=LooseVersion("1.2"):
+    subprocess.check_output("samtools sort -@ "+threads+" -n "+bam+" "+fnameA+"_sorted",shell=True, stderr=subprocess.STDOUT)
+  else:
+    subprocess.check_output("samtools sort -@ "+threads+" -n "+bam+" >"+sorted_bam,shell=True, stderr=subprocess.STDOUT)
+
+def extract_mapped_reads_and_do_assembly_and_blast(current_time,sorted_bam,combined_fq,mapped_fq1,mapped_fq2,threads,fnameA,fnameB,database,mapping_mode):
+  #seqsero2 -a; extract, assembly and blast
+  subprocess.check_output("bamToFastq -i "+sorted_bam+" -fq "+combined_fq,shell=True, stderr=subprocess.STDOUT)
+  if fnameB!="":
+    subprocess.check_output("bamToFastq -i "+sorted_bam+" -fq "+mapped_fq1+" -fq2 "+mapped_fq2 ,shell=True, stderr=subprocess.STDOUT)#2> /dev/null if want no output
+  else:
+    pass
+  outdir=current_time+"_temp"
+  print("assembling...")
+  if int(threads)>4:
+    t="4"
+  else:
+    t=threads
+  if os.path.getsize(combined_fq)>100 and os.path.getsize(mapped_fq1)>100:#if not, then it's "-:-:-"
+    if fnameB!="":
+      subprocess.check_output("spades.py --careful --pe1-s "+combined_fq+" --pe1-1 "+mapped_fq1+" --pe1-2 "+mapped_fq2+" -t "+t+" -o "+outdir,shell=True, stderr=subprocess.STDOUT)
+    else:
+      subprocess.check_output("spades.py --careful --pe1-s "+combined_fq+" -t "+t+" -o "+outdir,shell=True, stderr=subprocess.STDOUT)
+    new_fasta=fnameA+"_"+database+"_"+mapping_mode+".fasta"
+    subprocess.check_output("mv "+outdir+"/contigs.fasta "+new_fasta+ " 2> /dev/null",shell=True, stderr=subprocess.STDOUT)
+    #os.system("mv "+outdir+"/scaffolds.fasta "+new_fasta+ " 2> /dev/null") contigs.fasta
+    subprocess.check_output("rm -rf "+outdir+ " 2> /dev/null",shell=True, stderr=subprocess.STDOUT)
+    print("blasting...","\n")
+    xmlfile="blasted_output.xml"#fnameA+"-extracted_vs_"+database+"_"+mapping_mode+".xml"
+    subprocess.check_output('makeblastdb -in '+new_fasta+' -out '+new_fasta+'_db '+'-dbtype nucl',shell=True, stderr=subprocess.STDOUT) #temp.txt is to forbid the blast result interrupt the output of our program###1/27/2015
+    subprocess.check_output("blastn -query "+database+" -db "+new_fasta+"_db -out "+xmlfile+" -outfmt 5",shell=True, stderr=subprocess.STDOUT)###1/27/2015; 08272018, remove "-word_size 10"
+  else:
+    xmlfile="NA"
+  return xmlfile
+
+def judge_subspecies(fnameA):
+  #seqsero2 -a; judge subspecies on just forward raw reads fastq
+  salmID_output=subprocess.check_output("../SalmID/SalmID.py -i "+fnameA, shell=True, stderr=subprocess.STDOUT)