|
kkonganti@11
|
1 // Help text for sourmash gather within CPIPES.
|
|
kkonganti@11
|
2
|
|
kkonganti@11
|
3 def sourmashgatherHelp(params) {
|
|
kkonganti@11
|
4
|
|
kkonganti@11
|
5 Map tool = [:]
|
|
kkonganti@11
|
6 Map toolspecs = [:]
|
|
kkonganti@11
|
7 tool.text = [:]
|
|
kkonganti@11
|
8 tool.helpparams = [:]
|
|
kkonganti@11
|
9
|
|
kkonganti@11
|
10 toolspecs = [
|
|
kkonganti@11
|
11 'sourmashgather_run': [
|
|
kkonganti@11
|
12 clihelp: 'Run `sourmash gather` tool. Default: ' +
|
|
kkonganti@11
|
13 (params.sourmashgather_run ?: false),
|
|
kkonganti@11
|
14 cliflag: null,
|
|
kkonganti@11
|
15 clivalue: null
|
|
kkonganti@11
|
16 ],
|
|
kkonganti@11
|
17 'sourmashgather_n': [
|
|
kkonganti@11
|
18 clihelp: 'Number of results to report. ' +
|
|
kkonganti@11
|
19 'By default, will terminate at --sourmashgather_thr_bp value. ' +
|
|
kkonganti@11
|
20 "Default: ${params.sourmashgather_n}",
|
|
kkonganti@11
|
21 cliflag: '-n',
|
|
kkonganti@11
|
22 clivalue: (params.sourmashgather_n ?: '')
|
|
kkonganti@11
|
23 ],
|
|
kkonganti@11
|
24 'sourmashgather_thr_bp': [
|
|
kkonganti@11
|
25 clihelp: 'Reporting threshold (in bp) for estimated overlap with remaining query. ' +
|
|
kkonganti@11
|
26 "Default: ${params.sourmashgather_thr_bp}",
|
|
kkonganti@11
|
27 cliflag: '--threshold-bp',
|
|
kkonganti@11
|
28 clivalue: (params.sourmashgather_thr_bp ?: '')
|
|
kkonganti@11
|
29 ],
|
|
kkonganti@11
|
30 'sourmashgather_ignoreabn': [
|
|
kkonganti@11
|
31 clihelp: 'Do NOT use k-mer abundances if present. ' +
|
|
kkonganti@11
|
32 "Default: ${params.sourmashgather_ignoreabn}",
|
|
kkonganti@11
|
33 cliflag: '--ignore-abundance',
|
|
kkonganti@11
|
34 clivalue: (params.sourmashgather_ignoreabn ? ' ' : '')
|
|
kkonganti@11
|
35 ],
|
|
kkonganti@11
|
36 'sourmashgather_prefetch': [
|
|
kkonganti@11
|
37 clihelp: 'Use prefetch before gather. ' +
|
|
kkonganti@11
|
38 "Default: ${params.sourmashgather_prefetch}",
|
|
kkonganti@11
|
39 cliflag: '--prefetch',
|
|
kkonganti@11
|
40 clivalue: (params.sourmashgather_prefetch ? ' ' : '')
|
|
kkonganti@11
|
41 ],
|
|
kkonganti@11
|
42 'sourmashgather_noprefetch': [
|
|
kkonganti@11
|
43 clihelp: 'Do not use prefetch before gather. ' +
|
|
kkonganti@11
|
44 "Default: ${params.sourmashgather_noprefetch}",
|
|
kkonganti@11
|
45 cliflag: '--no-prefetch',
|
|
kkonganti@11
|
46 clivalue: (params.sourmashgather_noprefetch ? ' ' : '')
|
|
kkonganti@11
|
47 ],
|
|
kkonganti@11
|
48 'sourmashgather_ani_ci': [
|
|
kkonganti@11
|
49 clihelp: 'Output confidence intervals for ANI estimates. ' +
|
|
kkonganti@11
|
50 "Default: ${params.sourmashgather_ani_ci}",
|
|
kkonganti@11
|
51 cliflag: '--estimate-ani-ci',
|
|
kkonganti@11
|
52 clivalue: (params.sourmashgather_ani_ci ? ' ' : '')
|
|
kkonganti@11
|
53 ],
|
|
kkonganti@11
|
54 'sourmashgather_k': [
|
|
kkonganti@11
|
55 clihelp: 'The k-mer size to select. ' +
|
|
kkonganti@11
|
56 "Default: ${params.sourmashgather_k}",
|
|
kkonganti@11
|
57 cliflag: '-k',
|
|
kkonganti@11
|
58 clivalue: (params.sourmashgather_k ?: '')
|
|
kkonganti@11
|
59 ],
|
|
kkonganti@11
|
60 'sourmashgather_protein': [
|
|
kkonganti@11
|
61 clihelp: 'Choose a protein signature. ' +
|
|
kkonganti@11
|
62 "Default: ${params.sourmashgather_protein}",
|
|
kkonganti@11
|
63 cliflag: '--protein',
|
|
kkonganti@11
|
64 clivalue: (params.sourmashgather_protein ? ' ' : '')
|
|
kkonganti@11
|
65 ],
|
|
kkonganti@11
|
66 'sourmashgather_noprotein': [
|
|
kkonganti@11
|
67 clihelp: 'Do not choose a protein signature. ' +
|
|
kkonganti@11
|
68 "Default: ${params.sourmashgather_noprotein}",
|
|
kkonganti@11
|
69 cliflag: '--no-protein',
|
|
kkonganti@11
|
70 clivalue: (params.sourmashgather_noprotein ? ' ' : '')
|
|
kkonganti@11
|
71 ],
|
|
kkonganti@11
|
72 'sourmashgather_dayhoff': [
|
|
kkonganti@11
|
73 clihelp: 'Choose Dayhoff-encoded amino acid signatures. ' +
|
|
kkonganti@11
|
74 "Default: ${params.sourmashgather_dayhoff}",
|
|
kkonganti@11
|
75 cliflag: '--dayhoff',
|
|
kkonganti@11
|
76 clivalue: (params.sourmashgather_dayhoff ? ' ' : '')
|
|
kkonganti@11
|
77 ],
|
|
kkonganti@11
|
78 'sourmashgather_nodayhoff': [
|
|
kkonganti@11
|
79 clihelp: 'Do not choose Dayhoff-encoded amino acid signatures. ' +
|
|
kkonganti@11
|
80 "Default: ${params.sourmashgather_nodayhoff}",
|
|
kkonganti@11
|
81 cliflag: '--no-dayhoff',
|
|
kkonganti@11
|
82 clivalue: (params.sourmashgather_nodayhoff ? ' ' : '')
|
|
kkonganti@11
|
83 ],
|
|
kkonganti@11
|
84 'sourmashgather_hp': [
|
|
kkonganti@11
|
85 clihelp: 'Choose hydrophobic-polar-encoded amino acid signatures. ' +
|
|
kkonganti@11
|
86 "Default: ${params.sourmashgather_hp}",
|
|
kkonganti@11
|
87 cliflag: '--hp',
|
|
kkonganti@11
|
88 clivalue: (params.sourmashgather_hp ? ' ' : '')
|
|
kkonganti@11
|
89 ],
|
|
kkonganti@11
|
90 'sourmashgather_nohp': [
|
|
kkonganti@11
|
91 clihelp: 'Do not choose hydrophobic-polar-encoded amino acid signatures. ' +
|
|
kkonganti@11
|
92 "Default: ${params.sourmashgather_nohp}",
|
|
kkonganti@11
|
93 cliflag: '--no-hp',
|
|
kkonganti@11
|
94 clivalue: (params.sourmashgather_nohp ? ' ' : '')
|
|
kkonganti@11
|
95 ],
|
|
kkonganti@11
|
96 'sourmashgather_dna': [
|
|
kkonganti@11
|
97 clihelp: 'Choose DNA signature. ' +
|
|
kkonganti@11
|
98 "Default: ${params.sourmashgather_dna}",
|
|
kkonganti@11
|
99 cliflag: '--dna',
|
|
kkonganti@11
|
100 clivalue: (params.sourmashgather_dna ? ' ' : '')
|
|
kkonganti@11
|
101 ],
|
|
kkonganti@11
|
102 'sourmashgather_nodna': [
|
|
kkonganti@11
|
103 clihelp: 'Do not choose DNA signature. ' +
|
|
kkonganti@11
|
104 "Default: ${params.sourmashgather_nodna}",
|
|
kkonganti@11
|
105 cliflag: '--no-dna',
|
|
kkonganti@11
|
106 clivalue: (params.sourmashgather_nodna ? ' ' : '')
|
|
kkonganti@11
|
107 ],
|
|
kkonganti@11
|
108 'sourmashgather_scaled': [
|
|
kkonganti@11
|
109 clihelp: 'Scaled value should be between 100 and 1e6. ' +
|
|
kkonganti@11
|
110 "Default: ${params.sourmashgather_scaled}",
|
|
kkonganti@11
|
111 cliflag: '--scaled',
|
|
kkonganti@11
|
112 clivalue: (params.sourmashgather_scaled ?: '')
|
|
kkonganti@11
|
113 ],
|
|
kkonganti@11
|
114 'sourmashgather_inc_pat': [
|
|
kkonganti@11
|
115 clihelp: 'Search only signatures that match this pattern in name, filename, or md5. ' +
|
|
kkonganti@11
|
116 "Default: ${params.sourmashgather_inc_pat}",
|
|
kkonganti@11
|
117 cliflag: '--include-db-pattern',
|
|
kkonganti@11
|
118 clivalue: (params.sourmashgather_inc_pat ?: '')
|
|
kkonganti@11
|
119 ],
|
|
kkonganti@11
|
120 'sourmashgather_exc_pat': [
|
|
kkonganti@11
|
121 clihelp: 'Search only signatures that do not match this pattern in name, filename, or md5. ' +
|
|
kkonganti@11
|
122 "Default: ${params.sourmashgather_exc_pat}",
|
|
kkonganti@11
|
123 cliflag: '--exclude-db-pattern',
|
|
kkonganti@11
|
124 clivalue: (params.sourmashgather_exc_pat ?: '')
|
|
kkonganti@11
|
125 ]
|
|
kkonganti@11
|
126 ]
|
|
kkonganti@11
|
127
|
|
kkonganti@11
|
128 toolspecs.each {
|
|
kkonganti@11
|
129 k, v -> tool.text['--' + k] = "${v.clihelp}"
|
|
kkonganti@11
|
130 tool.helpparams[k] = [ cliflag: "${v.cliflag}", clivalue: v.clivalue ]
|
|
kkonganti@11
|
131 }
|
|
kkonganti@11
|
132
|
|
kkonganti@11
|
133 return tool
|
|
kkonganti@11
|
134 } |
