--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/CSP2/CSP2_env/env-d9b9114564458d9d-741b3de822f2aaca6c6caa4325c4afce/lib/python3.8/site-packages/pysam/samtools.py	Tue Mar 18 17:55:14 2025 -0400
@@ -0,0 +1,59 @@
+import pysam.utils
+
+addreplacerg = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'addreplacerg')
+ampliconclip = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'ampliconclip')
+ampliconstats = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'ampliconstats')
+bam2fq = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'bam2fq')
+bamshuf = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'bamshuf')
+bedcov = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'bedcov')
+calmd = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'calmd')
+cat = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'cat')
+collate = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'collate')
+consensus = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'consensus')
+coverage = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'coverage')
+cram_size = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'cram-size')
+depad = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'depad')
+depth = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'depth')
+dict = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'dict')
+faidx = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'faidx')
+fasta = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'fasta')
+fastq = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'fastq')
+fixmate = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'fixmate')
+flags = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'flags')
+flagstat = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'flagstat')
+fqidx = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'fqidx')
+fqimport = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'import')
+head = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'head')
+idxstats = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'idxstats')
+index = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'index')
+markdup = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'markdup')
+merge = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'merge')
+mpileup = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'mpileup')
+pad2unpad = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'pad2unpad')
+phase = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'phase')
+quickcheck = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'quickcheck')
+reference = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'reference')
+reheader = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'reheader')
+reset = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'reset')
+rmdup = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'rmdup')
+samples = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'samples')
+sort = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'sort')
+split = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'split')
+stats = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'stats')
+targetcut = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'targetcut')
+tview = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'tview')
+version = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'version')
+view = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'view')
+
+__all__ = [
+    'addreplacerg', 'ampliconclip', 'ampliconstats',
+    'bam2fq', 'bamshuf', 'bedcov', 'calmd', 'cat',
+    'collate', 'consensus', 'coverage', 'cram_size',
+    'depad', 'depth', 'dict', 'faidx', 'fasta',
+    'fastq', 'fixmate', 'flags', 'flagstat', 'fqidx',
+    'fqimport', 'head', 'idxstats', 'index',
+    'markdup', 'merge', 'mpileup', 'pad2unpad',
+    'phase', 'quickcheck', 'reference', 'reheader',
+    'reset', 'rmdup', 'samples', 'sort', 'split',
+    'stats', 'targetcut', 'tview', 'version', 'view',
+]