Mercurial > repos > rliterman > csp2
view CSP2/CSP2_env/env-d9b9114564458d9d-741b3de822f2aaca6c6caa4325c4afce/lib/python3.8/site-packages/pysam/samtools.py @ 68:5028fdace37b
planemo upload commit 2e9511a184a1ca667c7be0c6321a36dc4e3d116d
author | jpayne |
---|---|
date | Tue, 18 Mar 2025 16:23:26 -0400 |
parents | |
children |
line wrap: on
line source
import pysam.utils addreplacerg = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'addreplacerg') ampliconclip = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'ampliconclip') ampliconstats = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'ampliconstats') bam2fq = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'bam2fq') bamshuf = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'bamshuf') bedcov = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'bedcov') calmd = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'calmd') cat = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'cat') collate = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'collate') consensus = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'consensus') coverage = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'coverage') cram_size = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'cram-size') depad = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'depad') depth = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'depth') dict = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'dict') faidx = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'faidx') fasta = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'fasta') fastq = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'fastq') fixmate = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'fixmate') flags = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'flags') flagstat = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'flagstat') fqidx = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'fqidx') fqimport = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'import') head = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'head') idxstats = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'idxstats') index = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'index') markdup = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'markdup') merge = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'merge') mpileup = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'mpileup') pad2unpad = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'pad2unpad') phase = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'phase') quickcheck = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'quickcheck') reference = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'reference') reheader = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'reheader') reset = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'reset') rmdup = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'rmdup') samples = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'samples') sort = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'sort') split = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'split') stats = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'stats') targetcut = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'targetcut') tview = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'tview') version = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'version') view = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'view') __all__ = [ 'addreplacerg', 'ampliconclip', 'ampliconstats', 'bam2fq', 'bamshuf', 'bedcov', 'calmd', 'cat', 'collate', 'consensus', 'coverage', 'cram_size', 'depad', 'depth', 'dict', 'faidx', 'fasta', 'fastq', 'fixmate', 'flags', 'flagstat', 'fqidx', 'fqimport', 'head', 'idxstats', 'index', 'markdup', 'merge', 'mpileup', 'pad2unpad', 'phase', 'quickcheck', 'reference', 'reheader', 'reset', 'rmdup', 'samples', 'sort', 'split', 'stats', 'targetcut', 'tview', 'version', 'view', ]