jpayne@68: # cython: language_level=3
jpayne@68: #########################################################################
jpayne@68: # Utility functions used across pysam
jpayne@68: #########################################################################
jpayne@68: cimport cython
jpayne@68: from cpython cimport array as c_array
jpayne@68: 
jpayne@68: cpdef parse_region(contig=*, start=*, stop=*, region=*, reference=*, end=*)
jpayne@68: 
jpayne@68: cdef int libc_whence_from_io(int whence)
jpayne@68: 
jpayne@68: #########################################################################
jpayne@68: # Utility functions for quality string conversions
jpayne@68: 
jpayne@68: cpdef c_array.array qualitystring_to_array(input_str, int offset=*)
jpayne@68: cpdef array_to_qualitystring(c_array.array arr, int offset=*)
jpayne@68: cpdef qualities_to_qualitystring(qualities, int offset=*)
jpayne@68: 
jpayne@68: ########################################################################
jpayne@68: ## String encoding configuration facilities
jpayne@68: ########################################################################
jpayne@68: 
jpayne@68: cpdef get_encoding_error_handler()
jpayne@68: cpdef set_encoding_error_handler(name)
jpayne@68: 
jpayne@68: ########################################################################
jpayne@68: ## Python 3 compatibility functions
jpayne@68: ########################################################################
jpayne@68: cdef charptr_to_str(const char *s, encoding=*, errors=*)
jpayne@68: cdef bytes charptr_to_bytes(const char *s, encoding=*, errors=*)
jpayne@68: cdef charptr_to_str_w_len(const char* s, size_t n, encoding=*, errors=*)
jpayne@68: cdef force_str(object s, encoding=*, errors=*)
jpayne@68: cdef bytes force_bytes(object s, encoding=*, errors=*)
jpayne@68: cdef decode_bytes(bytes s, encoding=*, errors=*)
jpayne@68: cdef bytes encode_filename(object filename)
jpayne@68: cdef from_string_and_size(const char *s, size_t length)
jpayne@68: