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comparison CSP2/CSP2_env/env-d9b9114564458d9d-741b3de822f2aaca6c6caa4325c4afce/lib/python3.8/site-packages/pysam/libcutils.pxd @ 69:33d812a61356

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planemo upload commit 2e9511a184a1ca667c7be0c6321a36dc4e3d116d
author jpayne
date Tue, 18 Mar 2025 17:55:14 -0400
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equal deleted inserted replaced
67:0e9998148a16 69:33d812a61356
1 # cython: language_level=3
2 #########################################################################
3 # Utility functions used across pysam
4 #########################################################################
5 cimport cython
6 from cpython cimport array as c_array
7
8 cpdef parse_region(contig=*, start=*, stop=*, region=*, reference=*, end=*)
9
10 cdef int libc_whence_from_io(int whence)
11
12 #########################################################################
13 # Utility functions for quality string conversions
14
15 cpdef c_array.array qualitystring_to_array(input_str, int offset=*)
16 cpdef array_to_qualitystring(c_array.array arr, int offset=*)
17 cpdef qualities_to_qualitystring(qualities, int offset=*)
18
19 ########################################################################
20 ## String encoding configuration facilities
21 ########################################################################
22
23 cpdef get_encoding_error_handler()
24 cpdef set_encoding_error_handler(name)
25
26 ########################################################################
27 ## Python 3 compatibility functions
28 ########################################################################
29 cdef charptr_to_str(const char *s, encoding=*, errors=*)
30 cdef bytes charptr_to_bytes(const char *s, encoding=*, errors=*)
31 cdef charptr_to_str_w_len(const char* s, size_t n, encoding=*, errors=*)
32 cdef force_str(object s, encoding=*, errors=*)
33 cdef bytes force_bytes(object s, encoding=*, errors=*)
34 cdef decode_bytes(bytes s, encoding=*, errors=*)
35 cdef bytes encode_filename(object filename)
36 cdef from_string_and_size(const char *s, size_t length)
37