--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/CSP2/CSP2_env/env-d9b9114564458d9d-741b3de822f2aaca6c6caa4325c4afce/lib/python3.8/site-packages/pysam/libcutils.pxd	Tue Mar 18 17:55:14 2025 -0400
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+# cython: language_level=3
+#########################################################################
+# Utility functions used across pysam
+#########################################################################
+cimport cython
+from cpython cimport array as c_array
+
+cpdef parse_region(contig=*, start=*, stop=*, region=*, reference=*, end=*)
+
+cdef int libc_whence_from_io(int whence)
+
+#########################################################################
+# Utility functions for quality string conversions
+
+cpdef c_array.array qualitystring_to_array(input_str, int offset=*)
+cpdef array_to_qualitystring(c_array.array arr, int offset=*)
+cpdef qualities_to_qualitystring(qualities, int offset=*)
+
+########################################################################
+## String encoding configuration facilities
+########################################################################
+
+cpdef get_encoding_error_handler()
+cpdef set_encoding_error_handler(name)
+
+########################################################################
+## Python 3 compatibility functions
+########################################################################
+cdef charptr_to_str(const char *s, encoding=*, errors=*)
+cdef bytes charptr_to_bytes(const char *s, encoding=*, errors=*)
+cdef charptr_to_str_w_len(const char* s, size_t n, encoding=*, errors=*)
+cdef force_str(object s, encoding=*, errors=*)
+cdef bytes force_bytes(object s, encoding=*, errors=*)
+cdef decode_bytes(bytes s, encoding=*, errors=*)
+cdef bytes encode_filename(object filename)
+cdef from_string_and_size(const char *s, size_t length)
+