Repository 'snp_pipeline'
hg clone https://toolrepo.galaxytrakr.org/repos/jpayne/snp_pipeline

Changeset 60:0b0e3e4376a7 (2024-06-24)
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Commit message:
planemo upload
modified:
snp-cache.py
snp-cache.py
diff -r 49d672730d3e -r 0b0e3e4376a7 snp-cache.py
snp-cache.py
--- a/snp-cache.py Mon Jun 17 23:57:13 2024 -0400
+++ b/snp-cache.py Mon Jun 24 05:10:35 2024 -0400
@@ -2,8 +2,7 @@
 
 from __future__ import print_function
 
-import boto3
-from botocore.exceptions import ClientError, DataNotFoundError, NoCredentialsError, BotoCoreError
+
 
 import argparse
 import subprocess
@@ -101,12 +100,13 @@
  with open(output, 'wb') as output_f:
  #lookup ID in table and get a FH to the resource
  try:
+ import boto3
  api_key = os.environ.get('AWS_API_KEY', '')
  s3 = boto3.resource('s3').Bucket(CACHE_NAMESPACE)
  s3.download_fileobj(name, output_f)
  logging.getLogger('snp-cache.cache').info("cache hit on {name}, retrieved.".format(**locals()))
- except (DataNotFoundError, NoCredentialsError, BotoCoreError, ClientError) as e:
- if type(e) is DataNotFoundError:
+ except Exception as e:
+ if type(e) is not ImportError:
  logging.getLogger('snp-cache.cache').info("cache miss on {name}".format(**locals()))
  else:
  logging.getLogger('snp-cache.cache').error(e)
@@ -121,7 +121,7 @@
  cached = subprocess.check_output(command, shell=True)
  try:
  s3.upload_fileobj(BytesIO(cached), name)
- except (ClientError, BotoCoreError) as e:
+ except Exception as e:
  logging.getLogger('snp-cache.cache').error('Error writing to cache:')
  logging.getLogger('snp-cache.cache').error(e)
  finally: