Repository 'snp_pipeline'
hg clone https://toolrepo.galaxytrakr.org/repos/jpayne/snp_pipeline

Changeset 41:9022b00a9198 (2018-03-01)
Previous changeset 40:02733e77f84f (2018-02-14) Next changeset 42:11296a86e01b (2018-03-08)
Commit message:
planemo upload commit 0399c6bd696435a7a99d8d8b4c237e5a78ee5856-dirty
modified:
snp-cache.py
snp-cache.py
diff -r 02733e77f84f -r 9022b00a9198 snp-cache.py
snp-cache.py
--- a/snp-cache.py Wed Feb 14 13:10:23 2018 -0500
+++ b/snp-cache.py Thu Mar 01 15:37:04 2018 -0500
@@ -95,17 +95,17 @@
 def main(table, id, command=None, output=None, *a, **k):
  id = id.strip()
  table = table.strip()
- name = f"{table}/{id}"
+ name = "{table}/{id}".format(**locals())
  with open(output, 'wb') as output_f:
  #lookup ID in table and get a FH to the resource
  try:
  api_key = os.environ.get('AWS_API_KEY', '')
  s3 = boto3.resource('s3').Bucket(CACHE_NAMESPACE)
  s3.download_fileobj(name, output_f)
- logging.getLogger('snp-cache.cache').info(f"cache hit on {name}, retrieved.")
+ logging.getLogger('snp-cache.cache').info("cache hit on {name}, retrieved.".format(**locals()))
  except (DataNotFoundError, NoCredentialsError, BotoCoreError, ClientError) as e:
  if type(e) is DataNotFoundError:
- logging.getLogger('snp-cache.cache').info(f"cache miss on {name}")
+ logging.getLogger('snp-cache.cache').info("cache miss on {name}".format(**locals()))
  else:
  logging.getLogger('snp-cache.cache').error(e)
  #if we couldn't find the data, we need to run the command to generate it