Mercurial > repos > jpayne > refchooser

diff test-data/test/resistance/UCLA_1626_resfinder/ResFinder_results.txt @ 0:91bc7378c1c5 draft

Find changesets by keywords (author, files, the commit message), revision number or hash, or revset expression.
planemo upload commit c5b9a5678302366ab392fc9b24104509beb07c38-dirty
author jpayne
date Mon, 11 Aug 2025 15:37:26 +0000
parents
children
line wrap: on
line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/test/resistance/UCLA_1626_resfinder/ResFinder_results.txt	Mon Aug 11 15:37:26 2025 +0000
@@ -0,0 +1,540 @@
++--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
+|                                                                                                                      Beta-lactam                                                                                                                       |
++-------------------+------------+--------------------------------+------------+-------------------------+-------------------+----------------------+----------------------------------------------------------------------------------+-----------------+
+| Resistance gene   |   Identity | Alignment Length/Gene Length   |   Coverage | Position in reference   | Contig            | Position in contig   | Phenotype                                                                        | Accession no.   |
+|-------------------+------------+--------------------------------+------------+-------------------------+-------------------+----------------------+----------------------------------------------------------------------------------+-----------------|
+| blaOXA-193        |    99.8708 | 774/774                        |        100 | 1..774                  | Contig_17_116.474 | 33449..34222         | Unknown Beta-lactam                                                              | CP013032        |
+| blaOXA-61         |    99.8708 | 774/774                        |        100 | 1..774                  | Contig_17_116.474 | 33449..34222         | Amoxicillin, Amoxicillin+Clavulanic acid, Ampicillin, Ampicillin+Clavulanic acid | AY587956        |
+| blaOXA-489        |    99.8708 | 774/774                        |        100 | 1..774                  | Contig_17_116.474 | 33449..34222         | Unknown Beta-lactam                                                              | CP013733        |
+| blaOXA-453        |    99.8708 | 774/774                        |        100 | 1..774                  | Contig_17_116.474 | 33449..34222         | Unknown Beta-lactam                                                              | KR061507        |
+| blaOXA-452        |    99.8708 | 774/774                        |        100 | 1..774                  | Contig_17_116.474 | 33449..34222         | Unknown Beta-lactam                                                              | KR061505        |
+| blaOXA-451        |    99.8708 | 774/774                        |        100 | 1..774                  | Contig_17_116.474 | 33449..34222         | Unknown Beta-lactam                                                              | KR061504        |
+| blaOXA-450        |    99.8708 | 774/774                        |        100 | 1..774                  | Contig_17_116.474 | 33449..34222         | Unknown Beta-lactam                                                              | KR061502        |
++-------------------+------------+--------------------------------+------------+-------------------------+-------------------+----------------------+----------------------------------------------------------------------------------+-----------------+
+
++--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
+|                                                                                                             Tetracycline                                                                                                             |
++-------------------+------------+--------------------------------+------------+-------------------------+-------------------------------------------+----------------------+----------------------------------------+-----------------+
+| Resistance gene   |   Identity | Alignment Length/Gene Length   |   Coverage | Position in reference   | Contig                                    | Position in contig   | Phenotype                              | Accession no.   |
+|-------------------+------------+--------------------------------+------------+-------------------------+-------------------------------------------+----------------------+----------------------------------------+-----------------|
+| tet(O)            |        100 | 1920/1920                      |        100 | 1..1920                 | Contig_1_168.009_Circ [topology=circular] | 27131..29050         | Doxycycline, Tetracycline, Minocycline | M18896          |
++-------------------+------------+--------------------------------+------------+-------------------------+-------------------------------------------+----------------------+----------------------------------------+-----------------+
+
+##################### beta-lactam #####################
+blaOXA-193, ID: 99.87 %, Alignment Length/Gene Length: 774/774, Coverage: 100.0, Positions in reference: 1..774, Contig name: Contig_17_116.474, Position: 33449..34222
+
+ATGAAAAAAATAACTTTATTTTTGCTTTTCTTAAATTTAGTGTTTGGGCAAGATAAGATA
+||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ATGAAAAAAATAACTTTATTTTTACTTTTCTTAAATTTAGTGTTTGGGCAAGATAAGATA
+
+TTAAATAATTGGTTTAAAGAGTATAATACAAGCGGCACTTTTGTTTTTTATGATGGAAAA
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+TTAAATAATTGGTTTAAAGAGTATAATACAAGCGGCACTTTTGTTTTTTATGATGGAAAA
+
+ACTTGGGCGAGTAACGACTTTTCAAGGGCTATGGAGACTTTCTCTCCCGCTTCCACTTTT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ACTTGGGCGAGTAACGACTTTTCAAGGGCTATGGAGACTTTCTCTCCCGCTTCCACTTTT
+
+AAAATTTTTAATGCTCTAATTGCACTTGATAGTGGTGTGATAAAAACTAAAAAAGAAATT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+AAAATTTTTAATGCTCTAATTGCACTTGATAGTGGTGTGATAAAAACTAAAAAAGAAATT
+
+TTTTATCACTATAGAGGTGAAAAAGTATTTTTATCTTCTTGGGCGCAAGATATGAATTTA
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+TTTTATCACTATAGAGGTGAAAAAGTATTTTTATCTTCTTGGGCGCAAGATATGAATTTA
+
+AGTTCAGCTATAAAATATTCTAATGTTCTTGCTTTTAAAGAAGTGGCAAGAAGAATTGGT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+AGTTCAGCTATAAAATATTCTAATGTTCTTGCTTTTAAAGAAGTGGCAAGAAGAATTGGT
+
+ATCAAAACTATGCAAGAATATTTAAACAAGCTTCATTATGGTAATGCTAAAATTTCCAAG
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ATCAAAACTATGCAAGAATATTTAAACAAGCTTCATTATGGTAATGCTAAAATTTCCAAG
+
+ATCGATACTTTTTGGCTTGACAACTCACTAAAAATAAGCGCTAAAGAACAAGCAATTTTG
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ATCGATACTTTTTGGCTTGACAACTCACTAAAAATAAGCGCTAAAGAACAAGCAATTTTG
+
+CTTTTTAGACTTTCACAAAATAGCTTACCTTTTTCTCAAGAAGCAATGAATAGTGTTAAG
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+CTTTTTAGACTTTCACAAAATAGCTTACCTTTTTCTCAAGAAGCAATGAATAGTGTTAAG
+
+GAAATGATTTATTTAAAAAATATGGAAAATTTAGAGCTTTTTGGAAAAACAGGTTTTAAT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+GAAATGATTTATTTAAAAAATATGGAAAATTTAGAGCTTTTTGGAAAAACAGGTTTTAAT
+
+GATGAGCAAAAAATTGCTTGGATTGTAGGTTTTGTGTATTTAAAAGATGAAAATAAATAT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+GATGAGCAAAAAATTGCTTGGATTGTAGGTTTTGTGTATTTAAAAGATGAAAATAAATAT
+
+AAGGCTTTCGCGCTAAATTTAGATATTGATAAATTTGAAGATTTATATAAAAGAGAAAAA
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+AAGGCTTTCGCGCTAAATTTAGATATTGATAAATTTGAAGATTTATATAAAAGAGAAAAA
+
+ATTTTAGAAAAATATTTAGATGAACTTGTAAAAAAAGTTAAAAATGATGGCTAG
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ATTTTAGAAAAATATTTAGATGAACTTGTAAAAAAAGTTAAAAATGATGGCTAG
+
+
+blaOXA-61, ID: 99.87 %, Alignment Length/Gene Length: 774/774, Coverage: 100.0, Positions in reference: 1..774, Contig name: Contig_17_116.474, Position: 33449..34222
+
+ATGAAAAAAATAACTTTATTTTTACTTTTCTTAAATTTAGTGTTTGGGCAAGATAAGATA
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ATGAAAAAAATAACTTTATTTTTACTTTTCTTAAATTTAGTGTTTGGGCAAGATAAGATA
+
+TTAAATAATTGGTTTAAAGAGTATAATACAAGCGGCACTTTTGTTTTTTATGATGGAAAA
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+TTAAATAATTGGTTTAAAGAGTATAATACAAGCGGCACTTTTGTTTTTTATGATGGAAAA
+
+ACTTGGGCGAGTAACGACTTTTCAAGGGCTATGGAGACTTTCTCTCCCGCTTCCACTTTT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ACTTGGGCGAGTAACGACTTTTCAAGGGCTATGGAGACTTTCTCTCCCGCTTCCACTTTT
+
+AAAATTTTTAATGCTCTAATTGCACTTGATAGTGGTGTGATAAAAACTAAAAAAGAAATT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+AAAATTTTTAATGCTCTAATTGCACTTGATAGTGGTGTGATAAAAACTAAAAAAGAAATT
+
+TTTTATCACTATAGAGGTGAAAAAGTATTTTTATCTTCTTGGGCGCAAGATATGAATTTA
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+TTTTATCACTATAGAGGTGAAAAAGTATTTTTATCTTCTTGGGCGCAAGATATGAATTTA
+
+AGTTCAGCTATAAAATATTCTAATGTTCTTGCTTTTAAAGAAGTGGCAAGAAGAATTGGT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+AGTTCAGCTATAAAATATTCTAATGTTCTTGCTTTTAAAGAAGTGGCAAGAAGAATTGGT
+
+ATCAAAACTATGCAAGAATATTTAAACAAGCTTCATTATGGTAATGCTAAAATTTCCAAG
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ATCAAAACTATGCAAGAATATTTAAACAAGCTTCATTATGGTAATGCTAAAATTTCCAAG
+
+ATCGATACTTTTTGGCTTGACAACTCACTAAAAATAAGCGCTAAAGAACAAGCAATTTTG
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ATCGATACTTTTTGGCTTGACAACTCACTAAAAATAAGCGCTAAAGAACAAGCAATTTTG
+
+CTTTTTAGACTTTCACAAAATAGCTTACCTTTTTCTCAAGAAGCAATGAATAGTGTTAAG
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+CTTTTTAGACTTTCACAAAATAGCTTACCTTTTTCTCAAGAAGCAATGAATAGTGTTAAG
+
+GAAATGATTTATTTAAAAAATATGGAAAATTTAGAGCTTTTTGGAAAAACAGGTTTTAAT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+GAAATGATTTATTTAAAAAATATGGAAAATTTAGAGCTTTTTGGAAAAACAGGTTTTAAT
+
+GATGGGCAAAAAATTGCTTGGATTGTAGGTTTTGTGTATTTAAAAGATGAAAATAAATAT
+|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+GATGAGCAAAAAATTGCTTGGATTGTAGGTTTTGTGTATTTAAAAGATGAAAATAAATAT
+
+AAGGCTTTCGCGCTAAATTTAGATATTGATAAATTTGAAGATTTATATAAAAGAGAAAAA
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+AAGGCTTTCGCGCTAAATTTAGATATTGATAAATTTGAAGATTTATATAAAAGAGAAAAA
+
+ATTTTAGAAAAATATTTAGATGAACTTGTAAAAAAAGTTAAAAATGATGGCTAG
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ATTTTAGAAAAATATTTAGATGAACTTGTAAAAAAAGTTAAAAATGATGGCTAG
+
+
+blaOXA-489, ID: 99.87 %, Alignment Length/Gene Length: 774/774, Coverage: 100.0, Positions in reference: 1..774, Contig name: Contig_17_116.474, Position: 33449..34222
+
+ATGAAAAAAATAACTTTATTTTTACTTTTCTTAAATTTAGTGTTTGGGCAAGATAAGATA
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ATGAAAAAAATAACTTTATTTTTACTTTTCTTAAATTTAGTGTTTGGGCAAGATAAGATA
+
+TTAAATAATTGGTTTAAAGAGTATAATACAAGCGGCACTTTTGTTTTTTATGATGGAAAA
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+TTAAATAATTGGTTTAAAGAGTATAATACAAGCGGCACTTTTGTTTTTTATGATGGAAAA
+
+ACTTGGGCGAGTAACGACTTTTCAAGGGCTATGGAGACTTTCTCTCCCGCTTCCACTTTT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ACTTGGGCGAGTAACGACTTTTCAAGGGCTATGGAGACTTTCTCTCCCGCTTCCACTTTT
+
+AAAATTTTTAATGCTCTAATTGCACTTGATAGTGGTGTGATAAAAACTAAAAAAGAAATT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+AAAATTTTTAATGCTCTAATTGCACTTGATAGTGGTGTGATAAAAACTAAAAAAGAAATT
+
+TTTTATCACTATAGAGGTGAAAAAGTATTTTTATCTTCTTGGGCGCAAGATATGAATTTA
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+TTTTATCACTATAGAGGTGAAAAAGTATTTTTATCTTCTTGGGCGCAAGATATGAATTTA
+
+AGTTCAGCTATAAAATATTCTAATGTTCTTGCTTTTAAAGAAGTGGCAAGAAGAATTGGT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+AGTTCAGCTATAAAATATTCTAATGTTCTTGCTTTTAAAGAAGTGGCAAGAAGAATTGGT
+
+ATCAAAACTATGCAAGAATATTTAGACAAGCTTCATTATGGTAATGCTAAAATTTCCAAG
+|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ATCAAAACTATGCAAGAATATTTAAACAAGCTTCATTATGGTAATGCTAAAATTTCCAAG
+
+ATCGATACTTTTTGGCTTGACAACTCACTAAAAATAAGCGCTAAAGAACAAGCAATTTTG
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ATCGATACTTTTTGGCTTGACAACTCACTAAAAATAAGCGCTAAAGAACAAGCAATTTTG
+
+CTTTTTAGACTTTCACAAAATAGCTTACCTTTTTCTCAAGAAGCAATGAATAGTGTTAAG
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+CTTTTTAGACTTTCACAAAATAGCTTACCTTTTTCTCAAGAAGCAATGAATAGTGTTAAG
+
+GAAATGATTTATTTAAAAAATATGGAAAATTTAGAGCTTTTTGGAAAAACAGGTTTTAAT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+GAAATGATTTATTTAAAAAATATGGAAAATTTAGAGCTTTTTGGAAAAACAGGTTTTAAT
+
+GATGAGCAAAAAATTGCTTGGATTGTAGGTTTTGTGTATTTAAAAGATGAAAATAAATAT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+GATGAGCAAAAAATTGCTTGGATTGTAGGTTTTGTGTATTTAAAAGATGAAAATAAATAT
+
+AAGGCTTTCGCGCTAAATTTAGATATTGATAAATTTGAAGATTTATATAAAAGAGAAAAA
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+AAGGCTTTCGCGCTAAATTTAGATATTGATAAATTTGAAGATTTATATAAAAGAGAAAAA
+
+ATTTTAGAAAAATATTTAGATGAACTTGTAAAAAAAGTTAAAAATGATGGCTAG
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ATTTTAGAAAAATATTTAGATGAACTTGTAAAAAAAGTTAAAAATGATGGCTAG
+
+
+blaOXA-453, ID: 99.87 %, Alignment Length/Gene Length: 774/774, Coverage: 100.0, Positions in reference: 1..774, Contig name: Contig_17_116.474, Position: 33449..34222
+
+ATGAAAAAAATAACTTTATTTTTACTTTTCTTAAATTTAGTGTTTGGGCAAGATAAGATA
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ATGAAAAAAATAACTTTATTTTTACTTTTCTTAAATTTAGTGTTTGGGCAAGATAAGATA
+
+TTAAATAATTGGTTTAAAGAGTATAATACAAGCGGCACTTTTGTTTTTTATGATGGAAAA
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+TTAAATAATTGGTTTAAAGAGTATAATACAAGCGGCACTTTTGTTTTTTATGATGGAAAA
+
+ACTTGGGCGAGTAACGACTTTTCAAGGGCTATGGAGACTTTCTCTCCCGCTTCCACTTTT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ACTTGGGCGAGTAACGACTTTTCAAGGGCTATGGAGACTTTCTCTCCCGCTTCCACTTTT
+
+AAAATTTTTAATGCTCTAATTGCACTTGATAGTGGTGTGATAAAAACTAAAAAAGAAATT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+AAAATTTTTAATGCTCTAATTGCACTTGATAGTGGTGTGATAAAAACTAAAAAAGAAATT
+
+TTTTATCACTATAGAGGTGGAAAAGTATTTTTATCTTCTTGGGCGCAAGATATGAATTTA
+||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+TTTTATCACTATAGAGGTGAAAAAGTATTTTTATCTTCTTGGGCGCAAGATATGAATTTA
+
+AGTTCAGCTATAAAATATTCTAATGTTCTTGCTTTTAAAGAAGTGGCAAGAAGAATTGGT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+AGTTCAGCTATAAAATATTCTAATGTTCTTGCTTTTAAAGAAGTGGCAAGAAGAATTGGT
+
+ATCAAAACTATGCAAGAATATTTAAACAAGCTTCATTATGGTAATGCTAAAATTTCCAAG
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ATCAAAACTATGCAAGAATATTTAAACAAGCTTCATTATGGTAATGCTAAAATTTCCAAG
+
+ATCGATACTTTTTGGCTTGACAACTCACTAAAAATAAGCGCTAAAGAACAAGCAATTTTG
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ATCGATACTTTTTGGCTTGACAACTCACTAAAAATAAGCGCTAAAGAACAAGCAATTTTG
+
+CTTTTTAGACTTTCACAAAATAGCTTACCTTTTTCTCAAGAAGCAATGAATAGTGTTAAG
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+CTTTTTAGACTTTCACAAAATAGCTTACCTTTTTCTCAAGAAGCAATGAATAGTGTTAAG
+
+GAAATGATTTATTTAAAAAATATGGAAAATTTAGAGCTTTTTGGAAAAACAGGTTTTAAT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+GAAATGATTTATTTAAAAAATATGGAAAATTTAGAGCTTTTTGGAAAAACAGGTTTTAAT
+
+GATGAGCAAAAAATTGCTTGGATTGTAGGTTTTGTGTATTTAAAAGATGAAAATAAATAT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+GATGAGCAAAAAATTGCTTGGATTGTAGGTTTTGTGTATTTAAAAGATGAAAATAAATAT
+
+AAGGCTTTCGCGCTAAATTTAGATATTGATAAATTTGAAGATTTATATAAAAGAGAAAAA
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+AAGGCTTTCGCGCTAAATTTAGATATTGATAAATTTGAAGATTTATATAAAAGAGAAAAA
+
+ATTTTAGAAAAATATTTAGATGAACTTGTAAAAAAAGTTAAAAATGATGGCTAG
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ATTTTAGAAAAATATTTAGATGAACTTGTAAAAAAAGTTAAAAATGATGGCTAG
+
+
+blaOXA-452, ID: 99.87 %, Alignment Length/Gene Length: 774/774, Coverage: 100.0, Positions in reference: 1..774, Contig name: Contig_17_116.474, Position: 33449..34222
+
+ATGAAAAAAATAACTTTATTTTTACTTTTCTTAAATTTAGTGTTTGGGCAAGATAAGATA
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ATGAAAAAAATAACTTTATTTTTACTTTTCTTAAATTTAGTGTTTGGGCAAGATAAGATA
+
+TTAAATAATTGGTTTAAAGAGTATAATATAAGCGGCACTTTTGTTTTTTATGATGGAAAA
+|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
+TTAAATAATTGGTTTAAAGAGTATAATACAAGCGGCACTTTTGTTTTTTATGATGGAAAA
+
+ACTTGGGCGAGTAACGACTTTTCAAGGGCTATGGAGACTTTCTCTCCCGCTTCCACTTTT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ACTTGGGCGAGTAACGACTTTTCAAGGGCTATGGAGACTTTCTCTCCCGCTTCCACTTTT
+
+AAAATTTTTAATGCTCTAATTGCACTTGATAGTGGTGTGATAAAAACTAAAAAAGAAATT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+AAAATTTTTAATGCTCTAATTGCACTTGATAGTGGTGTGATAAAAACTAAAAAAGAAATT
+
+TTTTATCACTATAGAGGTGAAAAAGTATTTTTATCTTCTTGGGCGCAAGATATGAATTTA
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+TTTTATCACTATAGAGGTGAAAAAGTATTTTTATCTTCTTGGGCGCAAGATATGAATTTA
+
+AGTTCAGCTATAAAATATTCTAATGTTCTTGCTTTTAAAGAAGTGGCAAGAAGAATTGGT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+AGTTCAGCTATAAAATATTCTAATGTTCTTGCTTTTAAAGAAGTGGCAAGAAGAATTGGT
+
+ATCAAAACTATGCAAGAATATTTAAACAAGCTTCATTATGGTAATGCTAAAATTTCCAAG
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ATCAAAACTATGCAAGAATATTTAAACAAGCTTCATTATGGTAATGCTAAAATTTCCAAG
+
+ATCGATACTTTTTGGCTTGACAACTCACTAAAAATAAGCGCTAAAGAACAAGCAATTTTG
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ATCGATACTTTTTGGCTTGACAACTCACTAAAAATAAGCGCTAAAGAACAAGCAATTTTG
+
+CTTTTTAGACTTTCACAAAATAGCTTACCTTTTTCTCAAGAAGCAATGAATAGTGTTAAG
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+CTTTTTAGACTTTCACAAAATAGCTTACCTTTTTCTCAAGAAGCAATGAATAGTGTTAAG
+
+GAAATGATTTATTTAAAAAATATGGAAAATTTAGAGCTTTTTGGAAAAACAGGTTTTAAT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+GAAATGATTTATTTAAAAAATATGGAAAATTTAGAGCTTTTTGGAAAAACAGGTTTTAAT
+
+GATGAGCAAAAAATTGCTTGGATTGTAGGTTTTGTGTATTTAAAAGATGAAAATAAATAT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+GATGAGCAAAAAATTGCTTGGATTGTAGGTTTTGTGTATTTAAAAGATGAAAATAAATAT
+
+AAGGCTTTCGCGCTAAATTTAGATATTGATAAATTTGAAGATTTATATAAAAGAGAAAAA
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+AAGGCTTTCGCGCTAAATTTAGATATTGATAAATTTGAAGATTTATATAAAAGAGAAAAA
+
+ATTTTAGAAAAATATTTAGATGAACTTGTAAAAAAAGTTAAAAATGATGGCTAG
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ATTTTAGAAAAATATTTAGATGAACTTGTAAAAAAAGTTAAAAATGATGGCTAG
+
+
+blaOXA-451, ID: 99.87 %, Alignment Length/Gene Length: 774/774, Coverage: 100.0, Positions in reference: 1..774, Contig name: Contig_17_116.474, Position: 33449..34222
+
+ATGAAAAAAATAACTTTATTTTTACTTTTCTTAAATTTAGTGTTTGGGCAAGATAAGATA
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ATGAAAAAAATAACTTTATTTTTACTTTTCTTAAATTTAGTGTTTGGGCAAGATAAGATA
+
+TTAAATAATTGGTTTAAAGAGTATAATACAAGCGGCACTTTTGTTTTTTATGATGGAAAA
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+TTAAATAATTGGTTTAAAGAGTATAATACAAGCGGCACTTTTGTTTTTTATGATGGAAAA
+
+ACTTGGGCGAGTAACGACTTTTCAAGGGCTATGGAGACTTTCTCTCCCGCTTCCACTTTT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ACTTGGGCGAGTAACGACTTTTCAAGGGCTATGGAGACTTTCTCTCCCGCTTCCACTTTT
+
+AAAATTTTTAATGCTCTAATTGTACTTGATAGTGGTGTGATAAAAACTAAAAAAGAAATT
+|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+AAAATTTTTAATGCTCTAATTGCACTTGATAGTGGTGTGATAAAAACTAAAAAAGAAATT
+
+TTTTATCACTATAGAGGTGAAAAAGTATTTTTATCTTCTTGGGCGCAAGATATGAATTTA
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+TTTTATCACTATAGAGGTGAAAAAGTATTTTTATCTTCTTGGGCGCAAGATATGAATTTA
+
+AGTTCAGCTATAAAATATTCTAATGTTCTTGCTTTTAAAGAAGTGGCAAGAAGAATTGGT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+AGTTCAGCTATAAAATATTCTAATGTTCTTGCTTTTAAAGAAGTGGCAAGAAGAATTGGT
+
+ATCAAAACTATGCAAGAATATTTAAACAAGCTTCATTATGGTAATGCTAAAATTTCCAAG
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ATCAAAACTATGCAAGAATATTTAAACAAGCTTCATTATGGTAATGCTAAAATTTCCAAG
+
+ATCGATACTTTTTGGCTTGACAACTCACTAAAAATAAGCGCTAAAGAACAAGCAATTTTG
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ATCGATACTTTTTGGCTTGACAACTCACTAAAAATAAGCGCTAAAGAACAAGCAATTTTG
+
+CTTTTTAGACTTTCACAAAATAGCTTACCTTTTTCTCAAGAAGCAATGAATAGTGTTAAG
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+CTTTTTAGACTTTCACAAAATAGCTTACCTTTTTCTCAAGAAGCAATGAATAGTGTTAAG
+
+GAAATGATTTATTTAAAAAATATGGAAAATTTAGAGCTTTTTGGAAAAACAGGTTTTAAT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+GAAATGATTTATTTAAAAAATATGGAAAATTTAGAGCTTTTTGGAAAAACAGGTTTTAAT
+
+GATGAGCAAAAAATTGCTTGGATTGTAGGTTTTGTGTATTTAAAAGATGAAAATAAATAT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+GATGAGCAAAAAATTGCTTGGATTGTAGGTTTTGTGTATTTAAAAGATGAAAATAAATAT
+
+AAGGCTTTCGCGCTAAATTTAGATATTGATAAATTTGAAGATTTATATAAAAGAGAAAAA
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+AAGGCTTTCGCGCTAAATTTAGATATTGATAAATTTGAAGATTTATATAAAAGAGAAAAA
+
+ATTTTAGAAAAATATTTAGATGAACTTGTAAAAAAAGTTAAAAATGATGGCTAG
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ATTTTAGAAAAATATTTAGATGAACTTGTAAAAAAAGTTAAAAATGATGGCTAG
+
+
+blaOXA-450, ID: 99.87 %, Alignment Length/Gene Length: 774/774, Coverage: 100.0, Positions in reference: 1..774, Contig name: Contig_17_116.474, Position: 33449..34222
+
+ATGAAAAAAATAACTTTATTTTTACTTTTCTTAAATTTAGTGTTTGGGCAAGATAAGATA
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ATGAAAAAAATAACTTTATTTTTACTTTTCTTAAATTTAGTGTTTGGGCAAGATAAGATA
+
+TTAAATAATTGGTTTAAAGAGTATAATACAAGCGGCACTTTTGTTTTTTATGATGGAAAA
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+TTAAATAATTGGTTTAAAGAGTATAATACAAGCGGCACTTTTGTTTTTTATGATGGAAAA
+
+ACTTGGGCGAGTAACGACTTTTCAAGGACTATGGAGACTTTCTCTCCCGCTTCCACTTTT
+||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
+ACTTGGGCGAGTAACGACTTTTCAAGGGCTATGGAGACTTTCTCTCCCGCTTCCACTTTT
+
+AAAATTTTTAATGCTCTAATTGCACTTGATAGTGGTGTGATAAAAACTAAAAAAGAAATT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+AAAATTTTTAATGCTCTAATTGCACTTGATAGTGGTGTGATAAAAACTAAAAAAGAAATT
+
+TTTTATCACTATAGAGGTGAAAAAGTATTTTTATCTTCTTGGGCGCAAGATATGAATTTA
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+TTTTATCACTATAGAGGTGAAAAAGTATTTTTATCTTCTTGGGCGCAAGATATGAATTTA
+
+AGTTCAGCTATAAAATATTCTAATGTTCTTGCTTTTAAAGAAGTGGCAAGAAGAATTGGT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+AGTTCAGCTATAAAATATTCTAATGTTCTTGCTTTTAAAGAAGTGGCAAGAAGAATTGGT
+
+ATCAAAACTATGCAAGAATATTTAAACAAGCTTCATTATGGTAATGCTAAAATTTCCAAG
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ATCAAAACTATGCAAGAATATTTAAACAAGCTTCATTATGGTAATGCTAAAATTTCCAAG
+
+ATCGATACTTTTTGGCTTGACAACTCACTAAAAATAAGCGCTAAAGAACAAGCAATTTTG
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ATCGATACTTTTTGGCTTGACAACTCACTAAAAATAAGCGCTAAAGAACAAGCAATTTTG
+
+CTTTTTAGACTTTCACAAAATAGCTTACCTTTTTCTCAAGAAGCAATGAATAGTGTTAAG
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+CTTTTTAGACTTTCACAAAATAGCTTACCTTTTTCTCAAGAAGCAATGAATAGTGTTAAG
+
+GAAATGATTTATTTAAAAAATATGGAAAATTTAGAGCTTTTTGGAAAAACAGGTTTTAAT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+GAAATGATTTATTTAAAAAATATGGAAAATTTAGAGCTTTTTGGAAAAACAGGTTTTAAT
+
+GATGAGCAAAAAATTGCTTGGATTGTAGGTTTTGTGTATTTAAAAGATGAAAATAAATAT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+GATGAGCAAAAAATTGCTTGGATTGTAGGTTTTGTGTATTTAAAAGATGAAAATAAATAT
+
+AAGGCTTTCGCGCTAAATTTAGATATTGATAAATTTGAAGATTTATATAAAAGAGAAAAA
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+AAGGCTTTCGCGCTAAATTTAGATATTGATAAATTTGAAGATTTATATAAAAGAGAAAAA
+
+ATTTTAGAAAAATATTTAGATGAACTTGTAAAAAAAGTTAAAAATGATGGCTAG
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ATTTTAGAAAAATATTTAGATGAACTTGTAAAAAAAGTTAAAAATGATGGCTAG
+
+
+##################### tetracycline #####################
+tet(O), ID: 100.00 %, Alignment Length/Gene Length: 1920/1920, Coverage: 100.0, Positions in reference: 1..1920, Contig name: Contig_1_168.009_Circ [topology=circular], Position: 27131..29050
+
+ATGAAAATAATTAACTTAGGCATTCTGGCTCACGTTGACGCAGGAAAGACAACATTAACG
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ATGAAAATAATTAACTTAGGCATTCTGGCTCACGTTGACGCAGGAAAGACAACATTAACG
+
+GAAAGTTTATTGTATACCAGTGGTGCAATTGCAGAACTAGGGAGCGTAGATGAAGGCACA
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+GAAAGTTTATTGTATACCAGTGGTGCAATTGCAGAACTAGGGAGCGTAGATGAAGGCACA
+
+ACAAGGACAGATACAATGAATTTGGAGCGTCAAAGGGGAATCACTATCCAGACAGCAGTG
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ACAAGGACAGATACAATGAATTTGGAGCGTCAAAGGGGAATCACTATCCAGACAGCAGTG
+
+ACATCTTTTCAGTGGGAGGATGTAAAAGTCAACATTATAGATACGCCAGGCCATATGGAT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ACATCTTTTCAGTGGGAGGATGTAAAAGTCAACATTATAGATACGCCAGGCCATATGGAT
+
+TTTTTGGCGGAAGTATACCGTTCTTTATCCGTATTAGACGGAGCAGTATTATTAGTTTCT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+TTTTTGGCGGAAGTATACCGTTCTTTATCCGTATTAGACGGAGCAGTATTATTAGTTTCT
+
+GCAAAGGATGGCATACAGGCACAGACCCGTATACTGTTTCATGCACTACAGATAATGAAG
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+GCAAAGGATGGCATACAGGCACAGACCCGTATACTGTTTCATGCACTACAGATAATGAAG
+
+ATTCCGACAATTTTTTTCATCAATAAAATTGACCAAGAGGGGATTGATTTGCCAATGGTA
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ATTCCGACAATTTTTTTCATCAATAAAATTGACCAAGAGGGGATTGATTTGCCAATGGTA
+
+TATCGGGAAATGAAAGCAAAGCTTTCTTCGGAAATTATAGTGAAGCAAAAGGTTGGGCAG
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+TATCGGGAAATGAAAGCAAAGCTTTCTTCGGAAATTATAGTGAAGCAAAAGGTTGGGCAG
+
+CATCCCCATATAAATGTAACGGACAATGACGATATGGAACAGTGGGATGCGGTAATTATG
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+CATCCCCATATAAATGTAACGGACAATGACGATATGGAACAGTGGGATGCGGTAATTATG
+
+GGAAACGATGAACTATTAGAGAAATATATGTCAGGGAAACCGTTTAAAATGTCAGAACTG
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+GGAAACGATGAACTATTAGAGAAATATATGTCAGGGAAACCGTTTAAAATGTCAGAACTG
+
+GAACAGGAAGAAAACAGGAGATTCCAAAACGGAACGTTATTTCCCGTTTATCACGGAAGC
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+GAACAGGAAGAAAACAGGAGATTCCAAAACGGAACGTTATTTCCCGTTTATCACGGAAGC
+
+GCTAAAAACAATCTGGGGACTCGGCAGCTTATAGAAGTAATTGCCAGTAAATTTTATTCA
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+GCTAAAAACAATCTGGGGACTCGGCAGCTTATAGAAGTAATTGCCAGTAAATTTTATTCA
+
+TCAACGCCTGAAGGTCAATCTGAACTATGCGGGCAGGTTTTTAAGATTGAATATTCAGAG
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+TCAACGCCTGAAGGTCAATCTGAACTATGCGGGCAGGTTTTTAAGATTGAATATTCAGAG
+
+AAAAGGCGGCGTTTTGTTTATGTGCGTATATATAGCGGAACATTGCATTTGAGGGATGTT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+AAAAGGCGGCGTTTTGTTTATGTGCGTATATATAGCGGAACATTGCATTTGAGGGATGTT
+
+ATTAGAATATCTGAAAAAGAGAAAATAAAAATCACAGAGATGTATGTTCCGACAAACGGT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ATTAGAATATCTGAAAAAGAGAAAATAAAAATCACAGAGATGTATGTTCCGACAAACGGT
+
+GAATTATATTCATCCGATACAGCCTGCTCTGGTGATATTGTAATTTTACCAAATGATGTT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+GAATTATATTCATCCGATACAGCCTGCTCTGGTGATATTGTAATTTTACCAAATGATGTT
+
+TTGCAGCTAAACAGTATTTTGGGGAACGAAATACTGTTGCCGCAGAGAAAATTTATTGAA
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+TTGCAGCTAAACAGTATTTTGGGGAACGAAATACTGTTGCCGCAGAGAAAATTTATTGAA
+
+AATCCTCTCCCTATGATCCAAACAACGATTGCAGTAAAGAAATCTGAACAGCGGGAAATA
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+AATCCTCTCCCTATGATCCAAACAACGATTGCAGTAAAGAAATCTGAACAGCGGGAAATA
+
+TTGCTTGGGGCACTTACAGAAATTTCAGATTGCGACCCTCTTTTAAAATATTATGTGGAT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+TTGCTTGGGGCACTTACAGAAATTTCAGATTGCGACCCTCTTTTAAAATATTATGTGGAT
+
+ACTACAACGCATGAGATTATACTTTCTTTTTTGGGGAATGTGCAGATGGAAGTCATTTGT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ACTACAACGCATGAGATTATACTTTCTTTTTTGGGGAATGTGCAGATGGAAGTCATTTGT
+
+GCCATCCTTGAGGAAAAATATCATGTGGAGGCAGAAATAAAAGAGCCTACTGTTATATAT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+GCCATCCTTGAGGAAAAATATCATGTGGAGGCAGAAATAAAAGAGCCTACTGTTATATAT
+
+ATGGAAAGACCGCTTAGAAAAGCAGAATATACCATCCACATAGAAGTCCCGCCAAATCCT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ATGGAAAGACCGCTTAGAAAAGCAGAATATACCATCCACATAGAAGTCCCGCCAAATCCT
+
+TTCTGGGCTTCTGTCGGGTTGTCCATAGAGCCGCTCCCTATTGGAAGCGGAGTGCAGTAT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+TTCTGGGCTTCTGTCGGGTTGTCCATAGAGCCGCTCCCTATTGGAAGCGGAGTGCAGTAT
+
+GAAAGCAGAGTTTCACTTGGATATTTAAATCAATCGTTCCAAAATGCGGTTATGGAGGGG
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+GAAAGCAGAGTTTCACTTGGATATTTAAATCAATCGTTCCAAAATGCGGTTATGGAGGGG
+
+GTTCTTTATGGCTGCGAGCAGGGGCTGTATGGATGGAAAGTGACAGACTGTAAAATCTGT
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+GTTCTTTATGGCTGCGAGCAGGGGCTGTATGGATGGAAAGTGACAGACTGTAAAATCTGT
+
+TTTGAATATGGATTGTATTATAGTCCTGTAAGTACCCCCGCAGACTTTCGGCTGCTTTCC
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+TTTGAATATGGATTGTATTATAGTCCTGTAAGTACCCCCGCAGACTTTCGGCTGCTTTCC
+
+CCTATCGTATTGGAGCAGGCTTTAAAAAAAGCAGGGACAGAACTATTAGAGCCATATCTC
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+CCTATCGTATTGGAGCAGGCTTTAAAAAAAGCAGGGACAGAACTATTAGAGCCATATCTC
+
+CACTTTGAAATTTATGCACCGCAGGAATATCTCTCACGGGCGTATCATGATGCTCCAAGG
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+CACTTTGAAATTTATGCACCGCAGGAATATCTCTCACGGGCGTATCATGATGCTCCAAGG
+
+TATTGTGCAGATATTGTAAGTACTCAGATAAAGAATGACGAGGTCATTCTGAAAGGAGAA
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+TATTGTGCAGATATTGTAAGTACTCAGATAAAGAATGACGAGGTCATTCTGAAAGGAGAA
+
+ATCCCTGCTAGATGTATTCAAGAATACAGGAACGATTTAACTTATTTCACAAATGGGCAG
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+ATCCCTGCTAGATGTATTCAAGAATACAGGAACGATTTAACTTATTTCACAAATGGGCAG
+
+GGAGTCTGCTTGACAGAGTTAAAAGGATACCAGCCAGCTATTGGTAAATTTATTTGCCAA
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+GGAGTCTGCTTGACAGAGTTAAAAGGATACCAGCCAGCTATTGGTAAATTTATTTGCCAA
+
+CCCCGCCGCCCGAATAGCCGTATAGATAAGGTTCGGCATATGTTCCACAAGTTAGCTTAA
+||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+CCCCGCCGCCCGAATAGCCGTATAGATAAGGTTCGGCATATGTTCCACAAGTTAGCTTAA
+
+