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| author | jpayne |
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| date | Mon, 11 Aug 2025 15:37:26 +0000 |
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+--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+ | Beta-lactam | +-------------------+------------+--------------------------------+------------+-------------------------+-------------------+----------------------+----------------------------------------------------------------------------------+-----------------+ | Resistance gene | Identity | Alignment Length/Gene Length | Coverage | Position in reference | Contig | Position in contig | Phenotype | Accession no. | |-------------------+------------+--------------------------------+------------+-------------------------+-------------------+----------------------+----------------------------------------------------------------------------------+-----------------| | blaOXA-193 | 99.8708 | 774/774 | 100 | 1..774 | Contig_17_116.474 | 33449..34222 | Unknown Beta-lactam | CP013032 | | blaOXA-61 | 99.8708 | 774/774 | 100 | 1..774 | Contig_17_116.474 | 33449..34222 | Amoxicillin, Amoxicillin+Clavulanic acid, Ampicillin, Ampicillin+Clavulanic acid | AY587956 | | blaOXA-489 | 99.8708 | 774/774 | 100 | 1..774 | Contig_17_116.474 | 33449..34222 | Unknown Beta-lactam | CP013733 | | blaOXA-453 | 99.8708 | 774/774 | 100 | 1..774 | Contig_17_116.474 | 33449..34222 | Unknown Beta-lactam | KR061507 | | blaOXA-452 | 99.8708 | 774/774 | 100 | 1..774 | Contig_17_116.474 | 33449..34222 | Unknown Beta-lactam | KR061505 | | blaOXA-451 | 99.8708 | 774/774 | 100 | 1..774 | Contig_17_116.474 | 33449..34222 | Unknown Beta-lactam | KR061504 | | blaOXA-450 | 99.8708 | 774/774 | 100 | 1..774 | Contig_17_116.474 | 33449..34222 | Unknown Beta-lactam | KR061502 | +-------------------+------------+--------------------------------+------------+-------------------------+-------------------+----------------------+----------------------------------------------------------------------------------+-----------------+ +--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+ | Tetracycline | +-------------------+------------+--------------------------------+------------+-------------------------+-------------------------------------------+----------------------+----------------------------------------+-----------------+ | Resistance gene | Identity | Alignment Length/Gene Length | Coverage | Position in reference | Contig | Position in contig | Phenotype | Accession no. | |-------------------+------------+--------------------------------+------------+-------------------------+-------------------------------------------+----------------------+----------------------------------------+-----------------| | tet(O) | 100 | 1920/1920 | 100 | 1..1920 | Contig_1_168.009_Circ [topology=circular] | 27131..29050 | Doxycycline, Tetracycline, Minocycline | M18896 | +-------------------+------------+--------------------------------+------------+-------------------------+-------------------------------------------+----------------------+----------------------------------------+-----------------+ ##################### beta-lactam ##################### blaOXA-193, ID: 99.87 %, Alignment Length/Gene Length: 774/774, Coverage: 100.0, Positions in reference: 1..774, Contig name: Contig_17_116.474, Position: 33449..34222 ATGAAAAAAATAACTTTATTTTTGCTTTTCTTAAATTTAGTGTTTGGGCAAGATAAGATA ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| 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##################### tet(O), ID: 100.00 %, Alignment Length/Gene Length: 1920/1920, Coverage: 100.0, Positions in reference: 1..1920, Contig name: Contig_1_168.009_Circ [topology=circular], Position: 27131..29050 ATGAAAATAATTAACTTAGGCATTCTGGCTCACGTTGACGCAGGAAAGACAACATTAACG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ATGAAAATAATTAACTTAGGCATTCTGGCTCACGTTGACGCAGGAAAGACAACATTAACG GAAAGTTTATTGTATACCAGTGGTGCAATTGCAGAACTAGGGAGCGTAGATGAAGGCACA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GAAAGTTTATTGTATACCAGTGGTGCAATTGCAGAACTAGGGAGCGTAGATGAAGGCACA ACAAGGACAGATACAATGAATTTGGAGCGTCAAAGGGGAATCACTATCCAGACAGCAGTG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ACAAGGACAGATACAATGAATTTGGAGCGTCAAAGGGGAATCACTATCCAGACAGCAGTG ACATCTTTTCAGTGGGAGGATGTAAAAGTCAACATTATAGATACGCCAGGCCATATGGAT |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ACATCTTTTCAGTGGGAGGATGTAAAAGTCAACATTATAGATACGCCAGGCCATATGGAT 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