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comparison CSP2/CSP2_env/env-d9b9114564458d9d-741b3de822f2aaca6c6caa4325c4afce/lib/python3.8/site-packages/pysam/bcftools.py @ 69:33d812a61356

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planemo upload commit 2e9511a184a1ca667c7be0c6321a36dc4e3d116d
author jpayne
date Tue, 18 Mar 2025 17:55:14 -0400
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equal deleted inserted replaced
67:0e9998148a16 69:33d812a61356
1 import pysam.utils
2
3 annotate = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'annotate')
4 call = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'call')
5 cnv = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'cnv')
6 concat = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'concat')
7 consensus = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'consensus')
8 convert = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'convert')
9 csq = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'csq')
10 filter = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'filter')
11 gtcheck = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'gtcheck')
12 head = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'head')
13 index = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'index')
14 isec = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'isec')
15 merge = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'merge')
16 mpileup = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'mpileup')
17 norm = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'norm')
18 plugin = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'plugin')
19 query = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'query')
20 reheader = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'reheader')
21 roh = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'roh')
22 sort = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'sort')
23 stats = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'stats')
24 view = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'view')
25
26 __all__ = [
27 'annotate', 'call', 'cnv', 'concat', 'consensus',
28 'convert', 'csq', 'filter', 'gtcheck', 'head',
29 'index', 'isec', 'merge', 'mpileup', 'norm',
30 'plugin', 'query', 'reheader', 'roh', 'sort',
31 'stats', 'view',
32 ]