Mercurial > repos > rliterman > csp2
diff CSP2/CSP2_env/env-d9b9114564458d9d-741b3de822f2aaca6c6caa4325c4afce/lib/python3.8/site-packages/pysam/bcftools.py @ 69:33d812a61356
planemo upload commit 2e9511a184a1ca667c7be0c6321a36dc4e3d116d
| author | jpayne |
|---|---|
| date | Tue, 18 Mar 2025 17:55:14 -0400 |
| parents | |
| children |
line wrap: on
line diff
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/CSP2/CSP2_env/env-d9b9114564458d9d-741b3de822f2aaca6c6caa4325c4afce/lib/python3.8/site-packages/pysam/bcftools.py Tue Mar 18 17:55:14 2025 -0400 @@ -0,0 +1,32 @@ +import pysam.utils + +annotate = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'annotate') +call = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'call') +cnv = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'cnv') +concat = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'concat') +consensus = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'consensus') +convert = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'convert') +csq = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'csq') +filter = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'filter') +gtcheck = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'gtcheck') +head = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'head') +index = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'index') +isec = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'isec') +merge = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'merge') +mpileup = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'mpileup') +norm = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'norm') +plugin = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'plugin') +query = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'query') +reheader = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'reheader') +roh = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'roh') +sort = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'sort') +stats = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'stats') +view = pysam.utils.PysamDispatcher('bcftools', 'view') + +__all__ = [ + 'annotate', 'call', 'cnv', 'concat', 'consensus', + 'convert', 'csq', 'filter', 'gtcheck', 'head', + 'index', 'isec', 'merge', 'mpileup', 'norm', + 'plugin', 'query', 'reheader', 'roh', 'sort', + 'stats', 'view', +]